| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,623,641 | G→A | L159L (CTC→CTT) | lplA ← | lipoate‑‑protein ligase A |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,623,641 | 0 | G | A | 98.7% | 231.0 / ‑4.5 | 76 | L159L (CTC→CTT) | lplA | lipoate‑‑protein ligase A |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (44/31); total (44/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.21e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.79e-01 | |||||||||||
GGCGGGCAAAGGTTTCGGCGAAGTTTGGCAAGTCTGGCGTTTTGTTCGGGGAGATGATTTCCGCTTCCACGCGCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTCGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTGAGGTCGGCATTGAGT‑AGCAAGGTGCCGTGGTGGAAGCCGCGATCTTTGGTTTCGCGATAGGCCGAGCCTGAGACTTTGCGGTCGCCTTCGACGGTTTTCACCACCAGATCGTTACGTCCGGACGCTTCGGCGCTGACGCCGAGCGCGTTCAGCGCATTGAGCACAATCGACGTGGAGATAGTTTTATCGTACTCCGGCTTGCCAGCCATAAAGGTAAAGCAGGTATTGCCGAGATCGTGGAACAC > NC_000913/4623403‑4623886 | gacgtgCAAAGGTTTCGGCGAAGTTTGGCAAGTTGGGTGTGTTGGCCGGGGAGATGATTGCCGCTTCTACACGCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCCCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCTGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCAtt < 2:625020/245‑1 (MQ=255) gTTTCGGCGAAGTTTGGCAAGTCTGGCGTTTTGTCCGGGGAGATGATTTCCGCTTCTACACGCTCGCCATACTGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAAGGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGAGAGTTTGCCAAGCGGCTAAGGGCGGCCTTGACC‑AGCAAggg > 2:322347/1‑250 (MQ=255) ggCGAAGTTTGGCAAGTCTGGCGTTTTGTCCGGGGAGATGATTTCCGCTTCTACACGCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTGAGC‑AGCAAGGTGCCgt > 1:584754/1‑251 (MQ=255) ggCGAAGTTTGGCAAGTCTGGCGTTTTGTCCGGGGAGATGATTTCCGCTTCTACACGCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCCGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTGAGC‑AGCAAGGTGCCgt > 1:83547/1‑251 (MQ=255) ggCGAAGTTTGGCAAGACTGGCGTTTTGTCCGGGGAGATGCTTTCAGCTTCTACACGCTCGCCATACTGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTAGGTGAGGTTGGTACCGCGGGAAAGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGGTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTGGCCCGGCGGCTAAGGTCGGCATT‑TGTCAGCAAGGTGCCgg > 2:538409/1‑250 (MQ=255) gAAGTTTGGCAAGTCTGGCGTTTTGTCCGGGGAAATGATTTCCGCTTCTACACTCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCGGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTGAGC‑AGCAAGGTGCCgtggt < 2:641912/251‑1 (MQ=255) ggCAAGTCTGGCGTTTTGTCCGGGGAGATGATTTCCGCTTCTACACGCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTg > 1:369649/1‑225 (MQ=255) gCAAGTCTGGCGTTTTGTCCGGGGAGATGATTTCCGCTTCTACACGCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTGAGC‑AGCAAGGTGCCGTGGTGGAAGcca < 1:619667/251‑2 (MQ=255) cAAGTCTGTGGTTTTGTCCGGGGAGATGATTTCCGCTTCTACACGCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCCCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTGAGC‑AGCAAGGTGCCGTGGTGGAAGccac < 2:545451/251‑3 (MQ=255) cAAGTCTGGCGTTTTGCCCGGGGCGATGATTTCCGCTTCTACACGCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCTGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTGAGC‑AGCAAGGTGCCGTGGTGGAAGctcc > 2:382994/1‑248 (MQ=255) tGGCGTTTTGTCCGGGGAGATGATTTCCGCTTCTACACGCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTGAGC‑AGCAAGGTGCCGTGGTGGAAGCCACGATCtt > 1:363176/1‑251 (MQ=255) gggCGTTTGGTCCGGGGAGATGATTTCCGCTTCTACACGCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTGGGTCACGCGGGAACGCACTGATGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGTCATTGAGC‑AGCAAGGTGCCGTGGTGGAAGCCACGATCtt < 1:157567/250‑1 (MQ=255) gCGTTTTGTCCGGGGAGATGATTTCCGCTTCTACACGCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTTGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTGAGC‑AGCAAGGTGCCGTGGTGGAAGCCACGATCTTTg > 2:620229/1‑251 (MQ=255) cGTTTTGTCCGGGGAGATGATTTCCGCTTCTACACGCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTGAGC‑AGCAAGGTGCCGTGGTGGAAGCCACGATCTTTgg > 1:390881/1‑251 (MQ=255) ggtcgggggggATGATTTCCGCTTCTACACTGTCGACATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTAGGGCCTCGCAATCCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCGCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCTCGGAGGTAATTCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTGGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTGAGC‑AGCAAGGTGCCGTGGTGGAAGCCACGATCTTTGGTTTc < 2:584754/245‑1 (MQ=255) gtccGGGGAGATGATTTCAGCTTCTACACGCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGCTTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTGCGC‑AGCAAGGTGCCGTGGTGGAAGCCACGATCTTTGGTTTcgc > 2:109943/4‑251 (MQ=255) 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cttctacacgcTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTGAGC‑AGCAAGGTGACGAGGTGGAAGCCACGATTTTTGGTTTCGCGATAGGCCGAACCTGAGACt > 2:117934/9‑251 (MQ=255) tctacacgcTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTGAGC‑AGCAAGGGGCCGTGGTGGAAGCCACGATCTTTGGTTTCGCGATAGGCCGATCCTGAGGCttt > 2:339185/7‑251 (MQ=255) gCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTTGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAGCAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGCACTGAGGTAGTGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTGAGC‑AGCAAGGTGCCGTGGTGGAAGCCACGATCTTTGGTTTCGCGATAGGCCGATCCTGAGACTTTGCGGTCGCCtt > 1:295172/1‑251 (MQ=255) 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cgccAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTGAGC‑AGCAAGGTGCCGTGGTGGAAGCCACGATCTTTGGTTTCGCGATAGGCCGATCCTGAGACTTTGCGGTCGCCTTCGGCGGTTTTCACCACCAGATCGTTACGCCCGGACGCTTCGGCGCTGACGCCAAGCGCGTTCAGCGCATTGAGCACAATCGACGTGGGGATGGTTTTATCGTACTCCGGCTTgcc > 1:351187/1‑249 (MQ=255) gccAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTGAGC‑AGCAAGGTGCCGTGGTGGAAGCCACGATCTTTGGTTTCGCGATAGGCCGATCCTGAGACTTTGCGGTCGCCTTCGGCGGTTTTCACCACCAGATCGTTACGCCCGGACGCTTCGGCGCTGACGCCAAGCGCGTTCAGCGCATTGAGCACAATCGACGTGGAGATGGTTTTATCGTACTCCGGCTTgccagc < 1:170548/251‑1 (MQ=255) cAGTTTCTGTTTTTCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTGAGC‑AGCAAGGTGCCGTGGTGGAAGCCACGATCTTTGGTTTCGCGATAGGCCGATCCTGAGACTTTGCGGTCGCCTTCGGCGGTTTTCACCACCAGATCGTTACGCCCGGACGCTTCGGCGCTGACGCCAAGCGCGTTCAGCGCATTGAGCACAATCGACGTGGAGATTGTTTTATCGTACTCCGGCTTgccagcca < 2:469651/251‑1 (MQ=255) tCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTGAGC‑AGCAAGGTGCCGTGGTGGAAGCCACGATCTTTGGTTTCGCGATAGGCCGATCCTGAGACTTTGCGGTCGCCTTCGGCGGTTTTCACCACCAGATCGTTACGCCCGGACGCTTCGGCGCTGACGCCAAGCGCGTTCAGCGCATTGAGCACAATCGACGTGGAGATGGTTTTATCGTACTCCGGCTTGCCAGCCATaaa < 1:332549/250‑1 (MQ=255) ccGGATTGAGCTAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTGAGC‑AGCAAGGTGCCGTGGTGGAAGCCCCGATCTTTGGTTTCGCGATAGGCCGTTCCTTAGACTTTGCGGTCGCCTTCGGCGGTTTTCACCACCAGATCGTTACGCCCGGACGCTTCGGCGCTGACGCCAAGCGCGTTCAGCGCATTGAGCACAATCGACGTGGAGATGGTTTTATCGTACTCCGGCTTGCCAGCCATAAAGGTAAAGCa < 2:194225/250‑1 (MQ=255) ccGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTAAGGTCGGCATTGAGC‑AGCAAGGTGCCGTGGTGGAAGCCACGATCTTTGGTTTCGCGATAGGCCGATCCTGAGACTTTGCGGTCGCCTTCGGCGGTTTTCACCACCAGATCGTTACGCCCGGACGCTTCGGCGCTGACGCCAAGCGCGTTCAGCGCATTGAGCACAATCGACGTGGAGATGGTTTTATCGTACTCCGGCTTGCCAGCCATAAAGGGAAAGc > 1:524579/1‑249 (MQ=255) 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GGCGGGCAAAGGTTTCGGCGAAGTTTGGCAAGTCTGGCGTTTTGTTCGGGGAGATGATTTCCGCTTCCACGCGCTCGCCATAATGGGCGAAAAAGGCCTCGGTTATGGCCTCGCAAACCTGCTCATGGGTGATCCCCGGCAACAGCTCGGTGAGGTTGGTCACGCGGGAACGTACCGACGTAATGCCTTTCGCCGCCAGTTTCTTTTTATCCGGATTGAGATAGTTTGCCAGGCGGCTGAGGTCGGCATTGAGT‑AGCAAGGTGCCGTGGTGGAAGCCGCGATCTTTGGTTTCGCGATAGGCCGAGCCTGAGACTTTGCGGTCGCCTTCGACGGTTTTCACCACCAGATCGTTACGTCCGGACGCTTCGGCGCTGACGCCGAGCGCGTTCAGCGCATTGAGCACAATCGACGTGGAGATAGTTTTATCGTACTCCGGCTTGCCAGCCATAAAGGTAAAGCAGGTATTGCCGAGATCGTGGAACAC > NC_000913/4623403‑4623886 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |