| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 966 | T→C | S210S (TCT→TCC) | thrA → | fused aspartate kinase/homoserine dehydrogenase 1 |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 966 | 0 | T | C | 97.9% | 149.1 / NA | 48 | S210S (TCT→TCC) | thrA | fused aspartate kinase/homoserine dehydrogenase 1 |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (29/18); minor base A (1/0); total (30/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 | |||||||||||
GCCGGCGTATTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACTGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGCCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTGCTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCTGCTGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAGCTTTCCTACTTCGGCGCTAAAGTTCTTCACCCCCGCACCATTACCCCCATCGCCCAGTTCCAGATCCCTTGCCTGATTAAAAATACCGGAAATCCTCAA > NC_000913/739‑1203 | gCCGGCGTATTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACCGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGAGGTGGCTGCCTGttt > 2:441901/1‑251 (MQ=255) ggCGTATTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACCGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTa > 1:428024/1‑249 (MQ=255) aTTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACCGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGGCGCCTGTTTTCGCGccc > 2:94603/1‑250 (MQ=255) aGCGCGCGGTCACAACGTTACCGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGCTGCCGTTTTACGCCCCGgttgtt > 2:88358/1‑251 (MQ=255) gTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGCTATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTTCGAGATTTGGGAGGACGTTgg > 1:583021/1‑250 (MQ=255) aTCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGCTTGTTGAGAGATTTGGACGGACGTTGACgg > 1:55842/1‑251 (MQ=255) cGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGAGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAACAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGGTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGGGATTTGGAGCGACGTTGACgggg > 1:669483/1‑251 (MQ=255) gctgGCAGTGGGGCATTACCTCGAATATACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCAGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGGATTGGACGGACGGTGACGGGGGCGATACCTGCGACCcgc > 1:250280/1‑251 (MQ=255) tgGCAGTGGGGAATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGACCACCCGCCGTAATGAGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACAACTCAGCGACGGGGGCGGCGGCCTGTTTACGAGCCGATTGGTGAGAGGATTGGACGGGCGTTGAGgggggggatacaggcgagccgcgg > 2:642952/1‑231 (MQ=255) ggCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGACGTATTGCGGCAAGTCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGAAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTACTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCCGCGGCGGGGCTGGCTGCCTGTTTACGGGACGATTTTTGCGAGATTTGGGCGGACGTTGACGGGGTCTTTACCTGCGACCCGCGTc > 1:2111/1‑251 (MQ=255) 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GCCGGCGTATTAGAAGCGCGCGGTCACAACGTTACTGTTATCGATCCGGTCGAAAAACTGCTGGCAGTGGGGCATTACCTCGAATCTACCGTCGATATTGCTGAGTCCACCCGCCGTATTGCGGCAAGCCGCATTCCGGCTGATCACATGGTGCTGATGGCAGGTTTCACCGCCGGTAATGAAAAAGGCGAACTGGTGGTGCTTGGACGCAACGGTTCCGACTACTCTGCTGCGGTGCTGGCTGCCTGTTTACGCGCCGATTGTTGCGAGATTTGGACGGACGTTGACGGGGTCTATACCTGCGACCCGCGTCAGGTGCCCGATGCGAGGTTGTTGAAGTCGATGTCCTACCAGGAAGCGATGGAGCTTTCCTACTTCGGCGCTAAAGTTCTTCACCCCCGCACCATTACCCCCATCGCCCAGTTCCAGATCCCTTGCCTGATTAAAAATACCGGAAATCCTCAA > NC_000913/739‑1203 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |