| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,621,302 | T→C | D140D (GAT→GAC) | deoD → | purine nucleoside phosphorylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,621,302 | 0 | T | C | 98.6% | 227.5 / NA | 71 | D140D (GAT→GAC) | deoD | purine nucleoside phosphorylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (41/29); total (41/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.90e-01 | |||||||||||
ATGGGTCACGGTATGGGTATCCCGTCCTGCTCCATCTACACCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGCATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTCGACATGGTGCGTAACGCAGTAGATGCAGCTAAAGCACTGGGTATTGATGCTCGCGTGGGTAACCTGTTCTCCGCTGACCTGTTCTACTCTCCGGACGGCGAAATGTTCGACGTGATGGAAAAATACGGCATTCTCGGCGTGGAAATGGAAGCGGCTGGTATCTACGGCGTCGCTGCAGAATTTGGCGCGAAAGCCCTGACCATCTGCACCGTATCTGACCACATCCGCACTCACGAGCAGACCACTGCCGCTGAGCGTCAGACT > NC_000913/4621063‑4621542 | aTGGGTCACGGTATGGGTATCCCGTCCTGCTCCATCTACACCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACATGGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGc < 2:579985/251‑1 (MQ=255) gggTCACGGTATGGGTATCCCGTCCTGCTCCATCTACACCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACATGGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCa < 1:498800/250‑1 (MQ=255) ggTATGGGTATCCCGTCCTGCTCCATCTACACCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACATGGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGtgt > 1:344305/1‑249 (MQ=255) aTGGGTATCCCGTCCTGCTCCATCTACACCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACATGGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGTGTTg > 1:508958/1‑250 (MQ=255) gggTATCCCGTCCTGCTCCATCTACACCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGAAGCAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCCGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACATGGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACCGGGTGTTggtg > 2:267503/1‑248 (MQ=255) ccGTCCTGCTCCATCTACAACAAAGAACTGATCACCGATTGCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTAGCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTGAACCGTATCCGTGTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACATGGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGTGTTGATGCTCGCGt < 2:120955/251‑1 (MQ=255) cGTCCTGCTCCATCTACACCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACATGGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGTGTTGATGCTCGCGTg > 1:261271/1‑251 (MQ=255) ccTGCTCCATCTACACCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACATGGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGTGTTGATGCTCGCGTgggg > 2:209549/1‑250 (MQ=255) gCTCCATCTACACCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGAAGAAAATTCTCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCCCGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTCTGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACAGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACATGGAGCGTAACGCGGTAGACGAGGCAAAAGCACTGGGTGTTGATGcacgggttgggaac > 2:444011/1‑238 (MQ=255) gCTCCATCTACACCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACATGGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGGGTTGATGCTCGCGTGGGTAAc > 1:422671/1‑251 (MQ=255) tCCATCTACACCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGAGAAGAACATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAACGACCATGAATTTGCAGCTATAGCTGACTTTGACATGGTGCGTAACGCGGAAGACGCGGCTAAAGCACTGGGTGGTGATGCACGCGTGTGTAACCt > 2:586317/1‑251 (MQ=255) cccATCTACACCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACATGGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGTGTTGATGCTCGCGTGGGTAACCt < 1:325602/250‑1 (MQ=255) cATCTACACCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCTTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACATGGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGTGTTGATGCTCGCGTGGGTAACCTGt > 1:169865/1‑251 (MQ=255) 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gATTTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACATGGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGTGTTGATGCTCGCGTGGGTAACCTGTTCTCCGCTGACCTGTTCTACTCTcc < 1:645574/251‑1 (MQ=255) tttCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACATGGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGTGTTGATGCTCGCGTGGGTAACCTGTTCTCCGCTGACCTGTTCTACTCTCCgg > 1:171848/1‑251 (MQ=255) cGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGTATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACATGGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGTGTTGATTCTCTCGTGTGTAACCTGTGCTCCGCTGTCCTGTTCTACTCTCCGGAc < 1:250254/250‑1 (MQ=255) 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ccgtaTCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACATGGTGCGTAACGCGGTAGCCGCGGCTAAAGCACTGGGTGTTGATGCTCGCGTGGGTAACCTGTTCTCCGCTGACCTGTTCTACTCTCCGGACGGCGAAATGTTCGCCGTGATGGACAAATACGGCATCCTCGGCGTGGAAATGGAAGCGGCTGGTATCTACGGCTTCGCTGCAGAGTTTGGCGCGAAAGCCCTGCCCATCt > 2:462255/5‑251 (MQ=255) tttAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACATGGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGTGTTGATGCTCGCGTGGGTCACCTGTTCTCCGCTGACCTGTTCTACTCTCCGGACGGCGAAATGTTCGACGTGATGGAAAAATACGGCATCCTCGGCGTGGAAATGGAAACGGCTGGTATTTACGGCGGTGCTGCAGAGTTTGGCCCGGAAGCCCTGACCctctcaccctggtc > 2:529508/1‑241 (MQ=255) tttAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACATGGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGTGTTGATGCTCGCGTGGGTAACCTGTTCTCCGCTGACCTGTTCTACTCTCCGGACGGCGAAATGTTCGACGTGATGGAAAAATACGGCATCCTCGGCGTGGAAATGGAAGCGGCTGGTATCTACGGCGTCGCTGCAGAGTTTGGCGCGAAAGCCCTGACCATCTGCACCGtgtc > 1:370306/1‑248 (MQ=255) aaaGTCCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACATGGTGCGTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGTGTTGATGCTCGCGTGGGTAACCTGTTCTCCGCTGACCTGTTCTACTCTCCGGACGGCGAAATGTTCGACGTGATGGAAAAATACGGCATCCTCGGCGTGGAAATGGAAGCGGCTGGTATCTACGGCGTCGCTGCAGAGTTTGGCGCGAAAGCCCTGACCATCTGCACCGTGTCTg < 1:86812/250‑1 (MQ=255) aaaGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTTGACATGGTGCGAAACGCGGTAGACGCGGATAAAGCACTGGGTGTTGATGCTCGCGTGGGAAACCTGTTCTCCGCTGACCTGTTCTACTCTCCGGACGGCGAAATGTTCGACGTGATGGAAACATACGGAATCCTCGGCGTGGAAATGGAAGCGGCTGGTATCTAAGGCGCCGCCGCAGAGTTTGGCGCGAAAGCCCTGTCCATCCGCACCgggtctgc > 1:471707/1‑244 (MQ=255) gACCATGACTTGGCCGCTTACGCCGCTTTCGACAAGATGCGTAACGCCGTCGACGCGGCTAAAGCACTGGGGGATGATGCTCGCGTGGGTAACCTGGTCACAGTTGTCCCGTTCTACTCTCCGGCCGGCGAAATGTTCGACGTGATGGAAAAATAGGGCATCCCCGGCGCGGAAATGGAAGCGGCTGGTACCCTCGGCGTCGCTTCAGAGTTTGGCTCGAAAGTCCTGACCATCTGCTCCGTTTCTGTCca < 2:35702/251‑1 (MQ=255) 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gtaccgctgTAGACGCGGCTAAAGCACTGGTTGTTTATGCCCGCGTGGGTAACCTGTTCTCCGCTGACCTTTTTTCCTCCCCGTCCGGCGTAATTGTCGCCGTGATGGAAAAATCCGGCATCCCCGGCGTGGAAATGGAAGCGTCTGGTATCTCCGGTGTCGCTTCTGAGTTTGGCGCGAAAGCCCTGACCATCTGCACCGTGTCTGACCTCTTCCGCCCTCACGAGCAGACCACTTCCGCTGAGCGTCAg < 2:422671/243‑1 (MQ=255) gTAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGTGTTGATGCTCGCGTGGGTAACCTGTTCTCCGCTGACCTGTTCTACTCTCCGGACGGCGAAATGTTCGACGTGATGGAAAAATACGGCATCCTCGGCGTGGAAATGGAAGCGGCTGGTATCTACGGCGTCGCTGCAGAGTTTGGCGCGAAAGCCCTGACCATCTGCACCGTGTCTGACCACATCCGCACTCACGAGCAGACCACTGCCGCTGCGCGTc > 1:229620/1‑249 (MQ=255) tAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGTGTTGATGCTCGCGTGGGTAACCTGTTCTCCGCTGACCTGTTCTACTCTCCGGACGGCGAAATGTTCGACGTGATGGAAAAAt > 1:430738/1‑113 (MQ=255) tAACGCGGTAGACGCGGCTAAAGCACTGGGTGTTGATGCTCGCGTGGGTAACCTGTTCTCCGCTGACCTGTACTACTCTCCGGACGTCGAAATGTTCGACGTGATGGAAAAAt < 2:430738/113‑1 (MQ=255) 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ATGGGTCACGGTATGGGTATCCCGTCCTGCTCCATCTACACCAAAGAACTGATCACCGATTTCGGCGTGAAGAAAATTATCCGCGTGGGTTCCTGTGGCGCAGTTCTGCCGCACGTAAAACTGCGCGACGTCGTTATCGGTATGGGTGCCTGCACCGATTCCAAAGTTAACCGCATCCGTTTTAAAGACCATGACTTTGCCGCTATCGCTGACTTCGACATGGTGCGTAACGCAGTAGATGCAGCTAAAGCACTGGGTATTGATGCTCGCGTGGGTAACCTGTTCTCCGCTGACCTGTTCTACTCTCCGGACGGCGAAATGTTCGACGTGATGGAAAAATACGGCATTCTCGGCGTGGAAATGGAAGCGGCTGGTATCTACGGCGTCGCTGCAGAATTTGGCGCGAAAGCCCTGACCATCTGCACCGTATCTGACCACATCCGCACTCACGAGCAGACCACTGCCGCTGAGCGTCAGACT > NC_000913/4621063‑4621542 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |