| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,549,223 | T→G | V139G (GTG→GGG) | fimH → | type 1 fimbriae D‑mannose specific adhesin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,549,223 | 0 | T | G | 98.0% | 134.6 / NA | 50 | V139G (GTG→GGG) | fimH | type 1 fimbriae D‑mannose specific adhesin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base G (23/26); total (23/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGG‑CCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCTCTCC > NC_000913/4548981‑4549464 | actttcgaagataaTCTTGTGTCATAAAGAGTATGCGTAAACAATAACAGACCATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTATGGGGGCGTGTTATCTAATGTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGTAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTGATAATGCGAGAACGGATAAGCCGTGG‑CCGGTGGCGCTTTATTGTACGCCTGTGAGCAGTTCGGGCGGGGGGGCGATTa < 2:216974/239‑1 (MQ=255) tcgaatcaaagtttttGCCATAACGATTATTCTGAATCCATTACATACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGTCTTATGGCGGCGTGTGATCTAATTTTTCCGGGTCCGTAAAATATAGTTGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCTCCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGG‑CCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGATCAGTGCGGTCGTGGGGGCGATTAAAg < 2:631737/238‑1 (MQ=255) gCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGG‑CCGGAGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGGGGCGATTAAAGCTGGCt > 1:367002/1‑251 (MQ=255) tttGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGG‑CCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGGGGCGATTAAAGCTGGCTCAtt < 1:85511/247‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tataATTCGAGAACGGATAAGCCGTGG‑CCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGGGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCgatga < 1:132285/140‑1 (MQ=255) tataATTCGAGAACGGATAAGCCGTGG‑CCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGGGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGtt < 1:9850/250‑1 (MQ=255) tcgtgaACGGATAAGCCGTGG‑CCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGGGCGGGCGGGGGGGCGATTAACGCTGGCTCATTAAGTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTACTTGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGGTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGc < 2:30996/246‑1 (MQ=255) ggATAAGCCGTGG‑CCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGGGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCctc < 1:131184/251‑1 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ggcgggGGGGAGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCTCTcc < 2:515340/249‑1 (MQ=255) | TCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCGTGG‑CCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGATGTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACCGTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCTCTCC > NC_000913/4548981‑4549464 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |