| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,544,464 | A→T | E54V (GAG→GTG) | fimC → | type 1 fimbriae periplasmic chaperone |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,544,464 | 0 | A | T | 93.9% | 135.1 / ‑0.8 | 49 | E54V (GAG→GTG) | fimC | type 1 fimbriae periplasmic chaperone |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (2/1); new base T (23/23); total (25/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.55e-01 | |||||||||||
GCGGCATCGCCAATGCCCAGGCCTGGTTCTCTTTAACCTATCAGTAATTGTTCAGCAGATAATGTGATAACAGGAACAGGACAGTGAGTAATAAAAACGTCAATGTAAGGAAATCGCAGGAAATAACATTCTGCTTGCTGGCAGGTATCCTGATGTTCATGGCAATGATGGTTGCCGGACGCGCTGAAGCGGGAGTGGCCTTAGGTGCGACTCGCGTAATTTATCCGGCAGGGCAAAAACAAGAGCAACTTGCCGTGACAAATAATGATGAAAATAGTACCTATTTAATTCAATCATGGGTGGAAAATGCCGATGGTGTAAAGGATGGTCGTTTTATCGTGACGCCTCCTCTGTTTGCGATGAAGGGAAAAAAAGAGAATACCTTACGTATTCTTGATGCAACAAATAACCAATTGCCACAGGACCGGGAAAGTTTATTCTG‑GATGAACGTTAAAGCGATTCCGTCAATGGATAAATCAAAATTGACTGA > NC_000913/4544221‑4544710 | gcggcATCGTCAATGCCCAGGCCTGGTTCTCGTTAACCTATCAGTAATTGGTCAGCAGCTAATGTTATAACAGGAACAGTACAGTGAGTAATAAAAACGTCAATGTAAGGAAATCGCAGGAAATAACAGTCTGCTTGCTTGCAGGTATCCTGATGTGCATGGCAATGATGGTTGCCGGACGCGCTGAAGCGGGAGTGGCCTTAGGTGCGAGCCTCGTAATTTATCCGGCAGGGCAAAAACAAGTGTAACtt < 2:427482/251‑1 (MQ=255) acgcgctaccgttctaGGCCTGGTTCTCTTTAACCTATCAGTAAGTGTTCAGCAGATAATGTGATAACAGGAACAGGACAGTGAGTAATAAAAACGTCAATGTAAGGAAATCGCAGGAAATAACATTCTGCTTGCTGGCAGGTAGCCTGATGTTCATGGCAATGATGGTTGCCGGACGCTCTGAAGCCGGAGTGGCCGTACGTGCGACTCGCGGAATTTATCCGGCAGGGCAAAAACAAGTGCAACTTGcc < 2:101233/236‑1 (MQ=255) aTCGCCAATGCCCAGGCCTGGTTCTCTTTAACCTATCAGTAATTGTTCAGCAGATAATGTGATAACAGGAACAGGACAGTGAGTAATAAAAACGTCAATGTAAGGAAATCGCAGGAAATAACATTCTGCTTGCTGGCAGGTATCCTGATGTTCATGGCAATGATGGTTGCCGGACGCGCTGAAGCGGGAGTGGCCTTAGGTGCGACTCGCGTAATTTATCCGGCAGGGCAAAAACAAGTGCAACTTGCCGt > 1:446349/1‑251 (MQ=255) cAATGCCCAGGCCTGGTTCTCTTTAACCTATCAGTAATTGTTCAGCAGATAATGTGATAACAGGAACAGGACAGTGAGTAATAAAAACGTCAATGTAAGGAAATCGCAGGAAATAACATTCTGCTTGCTGGCAGGTATCCTGATGTTCATGGCAATGATGGTTGCCGGACGCGCTGAAGCGGGAGTGGCCTTAGGTGCGACTCGCGTAATTTATCCGGCATGGCAAAAACAAGAGCAACTTGCCGTGACa > 2:60551/1‑250 (MQ=255) 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cGGGAGTGGCCTTAGGTGCGACTCGCGTAATTTATCCGGCAGGGCAAAAACAAGTGCAACTTGCCGTGACAAATAATGATGAAAATAGTACCTATTTAATTCAATCATGGGTGGAAAATGCCGATGGTGTAAAGGATGGTCGTTTTATCGTGACGCCTCCTCTGTTTGCGATGAAGGGAAAAAAAGAGAATACCTTACGTATTCTTGATGCAACAAATAACCAATTGCCACAGGACCGGGAAAGTTTATTc > 1:156374/1‑251 (MQ=255) gTGGCCTTAGGTGCGACTCGCGTAATTTATCCGGCAGGGCAAAAACAAGTGCAACTTGCCGTGACAAATAATGATGAAAATAGTACCTATTTAATTCAATCATGGGTGGAAAATGCCGATGGTGTAAAGGATGGTCGTTTTATCGTGACGCCTCCTCTGTTTGCGATGAAGGGAAAAAAAGAGAATACCTTACGTATTCTTGATGCAACAAATAACCAATTGCCACAGGACCGGGAAAGTTTATTCTG‑GAt > 1:219437/1‑251 (MQ=255) ccTTAGGTGCGACTCGCGTAATTTATCCGGCAGGGCAAAAACAAGTGCAACTTGCCGTGACAAATAATGATGAAAATAGTACCTATTTAATTCAATCATGGGTGGAAAATGCCGATGGTGTAAAGGATGGTCGTTTTATCGTGACGCCTCCTCTGTTTGCGATGAAGGGAAAAAAAGAGAATACCTTACGTATTCTTGATGCAACAAATAACCAATTGCCACAGGACCGGGAAAGTTTATTCTG‑GATGAAc > 1:601156/1‑251 (MQ=255) 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cAAGAGCAACTTGCCGTGACAAATAATGATGAAAATAGTACCTATTTAATTCAATCATGGGTGGAAAATGCCAATGGTGTAAAGGATGGTCGTTTTATCGTGACGCCTCCTCTGTTTGCGATGAAGGGAAAAAAAGAGAATACCTTACGTATTCTTGATGCAACAAATAACCAATTGCCACAGGACCGGGAAAGTTTATTCTG‑GATGAACGTTAAAGCGATTCCGTCAATGGATAAATCAAAATTGACTga < 1:336322/251‑1 (MQ=255) | GCGGCATCGCCAATGCCCAGGCCTGGTTCTCTTTAACCTATCAGTAATTGTTCAGCAGATAATGTGATAACAGGAACAGGACAGTGAGTAATAAAAACGTCAATGTAAGGAAATCGCAGGAAATAACATTCTGCTTGCTGGCAGGTATCCTGATGTTCATGGCAATGATGGTTGCCGGACGCGCTGAAGCGGGAGTGGCCTTAGGTGCGACTCGCGTAATTTATCCGGCAGGGCAAAAACAAGAGCAACTTGCCGTGACAAATAATGATGAAAATAGTACCTATTTAATTCAATCATGGGTGGAAAATGCCGATGGTGTAAAGGATGGTCGTTTTATCGTGACGCCTCCTCTGTTTGCGATGAAGGGAAAAAAAGAGAATACCTTACGTATTCTTGATGCAACAAATAACCAATTGCCACAGGACCGGGAAAGTTTATTCTG‑GATGAACGTTAAAGCGATTCCGTCAATGGATAAATCAAAATTGACTGA > NC_000913/4544221‑4544710 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |