| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,540,111 | A→G | intergenic (‑610/‑846) | nanC ← / → fimB | N‑acetylneuraminate outer membrane channel/Type 1 fimbriae regulatory protein FimB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,540,111 | 0 | A | G | 91.3% | 57.1 / ‑1.6 | 24 | intergenic (‑610/‑846) | nanC/fimB | N‑acetylneuraminate outer membrane channel/Type 1 fimbriae regulatory protein FimB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base G (12/9); total (13/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.76e-01 | |||||||||||
GTGATGTTTGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCTTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCAGATTTGCAATTCGTGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTATTAAGA‑GT‑CTAAACAAGGGGAGCTTTGCAAGCTAACTCAGTGAGCTTGGTGAAAATCAGTGTTTACCCGCCATCAGGCTGAGCATAATTCTCATCATGAAATATGTTTCCTGGTTTGTGGCTTGTAACTGGTCACTTCTGAAGTCGATCTGGAGAGGCTTGTTGATGTTGGTGTTTTCAGGATGATGTTTCACTTAGTTTGTTTGCCGTATCGCCCG > NC_000913/4539870‑4540328 | gTGATGTTTGCCATAGATTGCGAGATGCCCTGTCTCATTGACTATCTTGGTGCACCGTTATACCTGTTATACCAGATCAAAAATCACGCAATCCATACAACAAAACCATATTTGCAATTCGGGTCACAAAATATGTCGATCTTTTTCTAAGAGGAAGATGCCATGTGAAGCCAGACGAACACTTGCGGTGGTCTTCAAAAACTAAAGATCTTAGTTTAACTATTTGTTTTATAAATAATTTGTTTAGA‑GT‑c < 2:619914/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |