| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,530,252 | C→A | intergenic (‑9/+3) | sgcC ← / ← sgcB | putative PTS enzyme IIC component SgcC/putative PTS enzyme IIB component SgcB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,530,252 | 0 | C | A | 88.6% | 169.6 / 6.6 | 70 | intergenic (‑9/+3) | sgcC/sgcB | putative PTS enzyme IIC component SgcC/putative PTS enzyme IIB component SgcB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/2); new base A (41/21); total (47/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
CCTGCGCCAACGTCAAAGACATGCAGGGCTAGGCCGAAACGCTCAATCATCACTTTGATAGGGGGACTGAGGCTGTCGATCGCCATGACGATCACCAGTC‑CCATACCGACAAAACCAAT‑CCCAACCGTTACCCCTGCCTTAATCGCCTGCAGCCAGGGGATGCGGAAGA‑TAAGGCCAAT‑CACGATCATGATGATAGGGACGAAAACGGTACCGCCGAGAGACAGGATGTAATCAAACATAATGCCTCCTTTTATTGAGTTAACAGAGC‑CTTGATTTGTTGTTTTAACGCGTCGTCGTTGATCCCTGTGAGCAGGGCGGCGCCATTAAGCGTAGGGATGCCGTAATCACTGTTGGTTCGCATGGAGGTTACAATAAGGTCCATACCGTTACAGTTAAGAGGGATCTCATTCAGACAGCATTGGGCGGTAGTGGCTGAAATGCCCTGTTCAGTCAGGAACTCTTGCAGCTTGTGTGCAATCATGGTTGAAGTCGAC > NC_000913/4530005‑4530498 | ccTGCGCCAACGTCAAAGACATGCAGGGCTAGGCCGAAACGCTCAATCATCACTTTGATAGGGGGACTGAGGCTGTCGATCGCCATGACGATCACCAGTC‑CCATACCGACAAAACCAAT‑CCCAACCGTTACCCCTGCCTTAATCGCCTGCAGCCAGGGGATGCGGAAGA‑TAAGGCCAAT‑CACGATCATGATGATAGGGACGAAAACGGTACCGCCGAGAGACAGGATGTAATCAAACATAATGCCTCAttt > 1:607342/1‑251 (MQ=255) tGCGCCAACGTCAAAGACATGCAGGGCTAGGCCGAAACGCTCAATCATCACTTTGATAGGGGGACTGAGGCTGTCGATCGCCATGACGATCACCAGTC‑CCATACCGACAAAACCAAT‑CCCAACCGTTACCCCTGCCTTAATCGCCTGCAGCCAGGGGATGCGGAAGA‑TAAGGCCAAT‑CACGATCATGATGATAGGGACGAAAACGGTACCGCCGAGAGACAGGATGTAATCAAACATAATGCCTCAtttt > 1:189702/1‑250 (MQ=255) aaCGTCAAAGACATGCAGGGCTAGGCCGAAACGCTCAATCATCACTTTGATAGGGGGACTGAGGCTGTCGATCGCCATGACGCTCACCAGTC‑CCATACCGACAAAACCAAT‑CCCAACCGTTACCCCTGCCTTAATCGCCTGCAGCCAGGGGATGCGGAAGA‑TAAGGCCAAT‑CACGATCATGATGATAGGGACGAAAACGGTACCGCCGAGAGAACGGATGTAATCAAACATAATGCCTCATTTTATTGAGt > 1:403656/1‑251 (MQ=255) aaCGTAAAAGACATGCAGGGCTAGGCCGAAACGCTCAATCATCACTTTGATAGGGGGACTGAGGCTGTCGATCGCCATGACGATCACCAGTC‑CCATACCGACAAAACCAAT‑CACAACCGTTACCCATGCCTTAATCGCCTGCAGCCAGGGGATGCGGAAGA‑TAAGGCCAAT‑CACGATCATGATGCTAGGGACGAAAACGGTACCGCCGAGAGACAGGATGTAATCAAACATAATGCCTCATTTTATTGAGt > 1:194302/1‑251 (MQ=255) 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aaTGCCTCATTTTATTGAGTTAACAGAGC‑CTTGATTTGTTGTTTTAACGCGTCGTCGTTGATCCCTGTGAGCAGGGCGGCGCCATTAAGCGTAGGGATGCCGTAATCACTGTTGGTTCGCATGGAGGTTACAATAAGGTCCATACCGTTACAGTTAAGAGGGATCTCATTCAGACAGCATTGGGCGGTAGTGGCTGAAATGCCCTGTTCAGTCAGGAACTCTTGCAGCTTGTGTGCAATCATGGTTGAAGt < 1:533454/251‑1 (MQ=255) cctcatTTTATTGAGTTAACAGAGC‑CTTGATTTGTTGTTTTAACGCGTCGTCGTTGATCCCTGTGAGCAGGGCGGCGCCATTAAGCGTAGGGATGCCGTAATCACTGTTGGTTCGCATGGAGGTTACAATAAGGTCCATACCGTTACAGTTAAGAGGGATCTCATTCAGACAGCATTGGGCGGTAGTGGCTGAAATGCCCTGTTCAGTCAGGAACTCTTGCAGCTTGTGTGCAATCATGGTTGAAGTCGAc < 1:446500/251‑1 (MQ=255) | CCTGCGCCAACGTCAAAGACATGCAGGGCTAGGCCGAAACGCTCAATCATCACTTTGATAGGGGGACTGAGGCTGTCGATCGCCATGACGATCACCAGTC‑CCATACCGACAAAACCAAT‑CCCAACCGTTACCCCTGCCTTAATCGCCTGCAGCCAGGGGATGCGGAAGA‑TAAGGCCAAT‑CACGATCATGATGATAGGGACGAAAACGGTACCGCCGAGAGACAGGATGTAATCAAACATAATGCCTCCTTTTATTGAGTTAACAGAGC‑CTTGATTTGTTGTTTTAACGCGTCGTCGTTGATCCCTGTGAGCAGGGCGGCGCCATTAAGCGTAGGGATGCCGTAATCACTGTTGGTTCGCATGGAGGTTACAATAAGGTCCATACCGTTACAGTTAAGAGGGATCTCATTCAGACAGCATTGGGCGGTAGTGGCTGAAATGCCCTGTTCAGTCAGGAACTCTTGCAGCTTGTGTGCAATCATGGTTGAAGTCGAC > NC_000913/4530005‑4530498 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |