| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,363 | G→A | S210S (TCG→TCA) | thrC → | threonine synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,363 | 0 | G | A | 93.4% | 209.4 / ‑0.1 | 78 | S210S (TCG→TCA) | thrC | threonine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/2); new base A (31/40); total (36/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 | |||||||||||
ATTCTGACCGCGACCTCCGGTGATACCGGAGCGGCAGTGGCTCATGCTTTCTACGGTTTACCGAATGTGAAAGTGGTTATCCTCTATCCACGAGGCAAAATCAGTCCACTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGA‑AGAACTGAAAGTGGCGCTAGGGTTAAACTCGGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCTGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAGACGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGTTTTATTGCTGCGACCAACGTGAACGATACCGTGCCACGTTTCCTGCACGACGGTCAGTGGTCACCCAAAGCG > NC_000913/4118‑4609 | aTTCTGACCGCGACCTCCGGTGATACCGGAGCGGCAGTGGCTCATGCTTTCTACGGTTTACCGAATGTGAAAGTGGTTATCCTCTATCCACGAGGCAAAATCAGTCCACTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGA‑AGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTaa < 1:259999/251‑1 (MQ=255) gACCGCGACCTCCGGTGATACCGGAGCGGCAGTGGCTCATGCTTTCTACGGTTTACCGAATGTGAAAGTGGTTATCCTCTATCCACGAGGCAAAATCAGTCCACTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGA‑AGAGCTTAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGa < 1:467670/251‑1 (MQ=255) cgcgACCTCCGGTGATACCGGAGCGGCAGTGGCTCATGCTTTCTACGGTTTACCGAATGTGAAAGTGGTTATCCTCTATCCACGAGGCAAAATCAGTCCACTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGA‑AGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTa < 1:190235/251‑1 (MQ=255) ggTGATACCGGAGCGGCAGTGGCTCATGCTTTCTACGGTTTACCGAATGTGAAAGTGGTTATCCTCTATCCACGAGGCAAAATCAGTCCACTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGA‑AGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCg > 1:316306/1‑251 (MQ=255) gtgcgaCCGGAGAGACAGTGGCTAATGCTTTCTACGGTTTACCGAATGGGAAAGAGGTTATCCTCTATACACGAGGCAAAATCAGTCCACTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGTCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGA‑AGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCgg < 2:120943/246‑2 (MQ=255) gTGATACCGGAGCGGCAGTGGCTCATGCTTTCTACGGTTTACCGAATGTGAAAGTGGTTATCCTCTATCCACGAGGACATATCAGTCCACTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCTGTTGATGATGA‑AGGGCTGACAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGt > 2:364255/1‑251 (MQ=255) ggAGCCGCAGGGGCTCATGCTTTCTACCGTTTACCGAAGGTGAAAGTGGTTATCCTGTATCCACGAGGCAAAATCAGTCCACTGCAAGAAAAACTGTTCTGGACATTGGGCGGCAATATCGAAACTTTGGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGTTGAGGCAGGCGTTTGATGATGA‑AGAGCTTAAAGTGTCGCTGGGGTTAATCACAGCTAACTCGCTTAACATGAGTCGTTTGCTGgc < 2:655131/251‑1 (MQ=255) cGGCAGAGGCTCATGCTATCTACGGTTTACCGAATGTGCAAGTGGTTATACTCTATCCACGAGGCAAAATCAGTCCCCTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAAATGTTGCCATAGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGA‑AGAGCAGAAAGGGGCGCTGTGGTTAAACTCAACTAACTCGATTAACATCAGCTGTTTGCTGgcgac > 2:560991/1‑248 (MQ=255) ggCAGTGGCTCATTATTTCTCCGGATTACCGAATGTGAAAGGGGTTATCCTCTATCCAAGCGGCAAAATCAGTCCACTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCAAAACTGTTGCAATAGACGGCGATTTAGATGACTGTCAGGCGCTGGAGAAGCAGGAGTTTAATGATGA‑CGAGCTGAAAGGGGCGCTGGGGGTAAAATCCGCTAACTCGTTTAACAACAGCAGTTTGCGGGCGCAgg > 2:468910/1‑250 (MQ=255) aGTGGCTCATGCTTTCTACGGTTTACCGAATGTGAAAGTGGTTATCCTCTATCCACGAGGCAAAATCAGTCCACTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGA‑AGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGAttt < 1:325572/251‑1 (MQ=255) 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cAAAATCAGTCCACTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGA‑AGAGCTGAACGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGtct > 2:279846/1‑251 (MQ=255) cAAAATCAGGCCCCTGAAAGAAAAACTGGTCTGTACATTGGGAGGCAATATCGAAACTGTTGCCACCGACGGCGATGTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGA‑AGAACTGAAAGTGTCACTAGGGTTAAAATCGGCTAACTCGATGAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTCCTACTTGGAAGCTGTTGCGCGGCTGCCGCAGGAGACGCGCAACCAGCTGGTTGtct < 2:51029/251‑1 (MQ=255) aTCAGTCCACTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGA‑AGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGt < 1:537250/251‑1 (MQ=255) 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tCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGA‑AGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGttt < 1:431307/250‑1 (MQ=255) ccTGGCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGA‑AGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACGCAGCTAAGCCGATGAACATCAGCCGGTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCTATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGTTTTATtgct < 2:397026/251‑1 (MQ=255) cAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGGTTGATGATGA‑AGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGTTTTATTGCTGCGAc < 2:316306/251‑1 (MQ=255) ggagaccggCGTTTGATGATGA‑AGAGCTGAAAGGGGCGCTGGGGTAAAACTAAGCTAACTCGATTAACAACAGCGGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGTTTTATTGCTGCGACCAGCGTGAAc < 2:4511/244‑1 (MQ=255) aGGCGTTTGATGATGA‑AGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGTTTAAACTCAGCTAACTCGCTTAACATCGGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCACCCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGGCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGTTTTa < 2:542452/225‑1 (MQ=255) ggCGTTTGATGATGA‑AGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGTTTTATTGCTGCGACCAACGTGAACGATACCg < 1:268960/251‑1 (MQ=255) tgatgatga‑AGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGTTTTTTTTCTGCGACCAACGTGAACGATACCGTGcccc > 1:193019/1‑249 (MQ=255) ggatga‑AGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACAGCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTct < 2:19485/176‑1 (MQ=255) gatga‑AGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACCCAGCTAACTCGATTAACAGCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCGGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGTTTTATTGCTGCGACCAACGTGAACGATACCGTGCCACGttt < 2:193019/251‑1 (MQ=255) 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aaaGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGTTTTATTGCTGCGACCAACGTGAACGATACCGTGCCACGTTTCCTGCACGACgg < 1:36973/251‑1 (MQ=255) tGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGCCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTAACTCGGTCTGCCGGTGGAAAGTTTTTTTGTTGCGACCCACGTGAAAGATAACGTGCCCCGTTTTCTGcccgccgggccg > 1:428663/1‑240 (MQ=255) ggCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCTGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGTTGCGCAGCTGGCGCAGGAAGCGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCATGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGTTTTATTGCTGCGACCAACGTGAACGATACCGTGCCACGTTTCCTGCACGACGGTCAg < 1:222900/250‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |