| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,516,959 | C→T | P253P (CCG→CCA) | fecR ← | ferric citrate regulator FecR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,516,959 | 0 | C | T | 94.6% | 246.0 / ‑5.8 | 95 | P253P (CCG→CCA) | fecR | ferric citrate regulator FecR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); major base T (44/43); minor base G (5/0); total (51/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.83e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TCGAACGAGAAGGGTAAAAAGGACAATCGAAATAAGAATTATTTTCCTTACAGTGGTGAAATGTTTATCCAGTACCGCGTAATAGACTGAATTTTAACGGGAAGCGTTTGCGCGATAACGTTCAGGATCGCATCG‑GTATTTTTCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAA‑CGGGTTAGCGTGGCTATCACCTC‑ACCC‑AG‑CGGTTTATC‑GCTGAAGCTCAGGATGTCCTTCGTCCAGCTTGTACTCTCGTCATCCAG‑CGGTTT‑CACT‑G‑CGCCAA‑ACTCAGAGGCGCTGAACTGCAGGCTTTCACCAGCGTTCACGATGCGTTTTTGCGCGGGGGCACTGGCGAGAAGCACTTCCACAGCGTGCTGCTGCACGTCAAGCTGCGTGAAATTATCCTGCTGGCGGACGGTAAATTCTGTCCCTAAAGCAGTGAGCTGGCCCTGACGGGT > NC_000913/4516717‑4517204 | gcGAACGAGAAGGGTAAAAAGGACAAGCGAAATAAGAATTATTTTCCTTACAGTGGTGAAATGTTTATCCAGTACCGCGTAATAGACTGAATTTTAACGGGAGGCGTTTGCGCGATAACGTTCAGGATCGCATCG‑GTATTTTTCAGCGGGAACGTCCCGCGCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAA‑CGGGTTAGCGTGGCTATCACCTC‑ACCC‑AG‑TGGTTTATc < 1:403821/250‑1 (MQ=255) gAACGAGAAGGGTAAAAAGGACAATCGAAATAAGAATTATTTTCCTTACAGTGGTGAAATGTTTATCCAGTACCGCGTAATAGACTGAATTTTAACGGGAAGCGTTTGCGCGATAACGTTCAGGATCGCATCG‑GTATTTTTCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGGAA‑CGGGTTAGCGGGGCTATCACCTC‑ACCC‑AG‑TGGGTTATC‑Gc > 1:285162/1‑251 (MQ=255) cGAGAAGGGTAAAAAGGACAATCGAAATAAGAATTATTTTCCTTACAGTGGTGAAATGTTTATCCAGTACCGCGTAATAGACTGAATTTTAACGGGAAGCGTTTGCGCGATAACGTTCAGGATCGCATCG‑GTATTTTTCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAA‑CGGGTTAGCGTGGCTATCACCTC‑ACCC‑AG‑TGGTTTATC‑GCTGa < 1:664282/251‑1 (MQ=255) gagaAGGGTAAAAAGGACAATCGAAATAAGAATTATTTTCCTTACAGTGGTGAAATGTTTATCCAGTACCGCGTAATAGACTGAATTTTAACGGGAAGCGTTTGCGCGATAACGTTCAGGATCGCATCG‑GTATTTTTCAGCGGGAACGTCCCGCTCAGGCGCAGCCCGGCAACGGCGGGATCGCAGCGCAGCACGCCGTTGCGGTAA‑CGGGTTAGCGTGGCTATCACCTC‑ACCC‑AG‑TGGTTTATC‑GCTGa > 1:293106/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |