| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,513,044 | T→C | S122S (TCA→TCG) | fecC ← | ferric citrate ABC transporter membrane subunit FecC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,513,044 | 0 | T | C | 99.0% | 309.7 / NA | 98 | S122S (TCA→TCG) | fecC | ferric citrate ABC transporter membrane subunit FecC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (39/57); minor base A (1/0); total (40/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.12e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
GACCACCACCGGCAAGAGCTGCCAGACATCCTGCCAGCGGGCGTGGGACACTCCGCCTGCCAGCCAGTAAAAGATGCCGTAAGCATGATCTTCGGCCAGCAGCAGGGTGATGCGGGTAAGGCCCATACAAAAGGCCGACAGCGCGATACCCGCGAGGATCAGTTTGTTTCTGTCATGGGTATGACGAAATCCGCCTCCTGCGGTCATGACCAGCAGCCAGCTCACGCCGCCCCCGCATGCCGCGATGAATGACAGAGAATAGCCTGCAATCGGCGTCGGACTCAGCGCGCTGGTAAGCGCCATAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGC‑GAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGTTTTGCACCAGCGCTTCTGGTAGCGTTGGCGTGTGTCCAGGCAGCAGGGCGCG > NC_000913/4512795‑4513289 | gcccccccccGGCAAGGGCTCCCAGACATCCTGCCAGCGGGGGTGGGACACTCCGCCTGCCAGCCAGTAAAAGATGCCGTAAGCATGATCTTCGGCCAGCAGCAGGGTGATGCGGGTAAGGCCCATACAAAAGGCCGACAGCGCGATACCCGCGAGGATCAGTTTGTTTCTGTCATGGGTATGACGAAATCCGCCTCCTGCGGTCATGACCAGCAGCCAGCTCACGCCGCCCCCGCATGCCGCGatgaatg < 2:19263/243‑1 (MQ=255) ccccccccGGAAAGAGCGGCCAGACACCCTGCCAGCGGGCGTGGGACACTCCGCCGGCCAGCCAGTAAAAGATGCCGTAAGCATGATCTTCGGCCAGCAGCAGGGTGATGCGGGTAAGGCCCATACAAAAGGCCGACAGCGCGATACCCGCGAGGATCAGTTTGTTTCTGTCATGGGTATGACGAAATCCGCCTCCTGCGGTCATGACCAGCAGCCAGCTCACGCCGCCCCCGCATGCCGCGATGAACGAc < 2:594849/245‑1 (MQ=255) caccaccGGCAAGAGCTGCCAGCCTTCCTGCCAGCGGGCGTGGGACACTCCGCCTGCCAGCCAGTAAAAGATGCCGTAAGCATGATCTTCGGCCAGCAGCAGGGTGATGCGGGTAAGGCCCATACAAAAGGCCGACAGCGCGATACCCGCGAGGATCAGTTTGTTGCTGTCATGGGTATGACGAAATCCGCCTCCTGCGGTCATGACCAGCAGCCAGCTCACGCCGCCCCCGCATGCCGCGATGAACGACa < 1:652703/251‑1 (MQ=255) gCAAGAGCGGCCAGACATCCTGCCAGCGGGCGTGGGACACTCCGCCTGCCAGCCAGTAAAAGATGCCGTAAGCATGATCTTCGGCCAGCAGCAGGGTGATGCGGGTAAGGCCCATACAAAAGGCCGACAGCGCGATACCCGCGAGGATCAGTTTGTTTCTGTCATGGGTATGACGAAATCCGCCTCCTGCGGTCATGACCAGCAGCCAGCTCACGCCGCCCCCGCATGCCGCGATGAACGACAGAGAATAg < 1:367158/251‑1 (MQ=255) gCAAGACCTGCCAGACATCCTGCCAGCGGGCGTGGGACTCTCCGCCTGCCAGCCAGTAAAAGATGCCGTAAGCATGATCTGCGGCCAGCAGCAGGGTGATGCGGGTAAGGCCCATACAAAAGGCCGACAGCGCGATACCCGCGAGGATCAGTTTGTTTCTGTCATGGGTATGACGAAATCCGCCTCCTGCGGTCATGACCAGCAGCCAGCTCACGCCGCCCCCGCATGCCGCGATGAACGACAGAGAATAg < 1:663689/251‑1 (MQ=255) aaGAGCTGCCAGACATCCTGCCAGCGGGCGTGGGACACTCCGCCTGCCAGCCAGTAAAAGATGCCGTAAGCATGATCTTCGGCCAGCAGCAGGGTGATGCGGGTAAGGCCCATACAAAAGGCCGACAGCGCGATACCCGCGAGGATCAGTTTGTTTCTGTCATGGGGATGACGAAATCCGCCTCCTGCGGGCATGACCAGCCTCCAGCTCCAGCCGCCCCCGCCTGCCGCGATGAAAGCCAGAGAATAGcc > 2:490912/1‑251 (MQ=255) agCTGCCAGACATCCTGCCAGCGTGCGTGGGACACTCCGCATGCCAGCCAGTAAAAGATGCCGTAAGCATGATCTTCGGCCAGCAGCAGGGAGATGCGGGTAAGGCCCATACATAAGGCCGACAGCGCGATACCAGCGAGGATCAGTTTGTTTCTGTCATGGGTATGACGCAATCAGCCTACTGCGGTCATGACCAGCCTCCAGCTCACGCCGCCCCCGCATGGCGCGATGAACGACACAGAATAGCCTGc > 2:342692/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |