| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,431,220 | C→T | L453L (CTG→TTG) | cycA → | D‑serine/alanine/glycine/:H(+)symporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,431,220 | 0 | C | T | 98.0% | 152.6 / ‑4.5 | 51 | L453L (CTG→TTG) | cycA | D‑serine/alanine/glycine/:H(+)symporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (23/26); total (25/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
GCGTTCACGATGATTACAACCGTTTCCGCGATTCTGTTTATGTTCGTCTGGACGATTATCCTTTGCTCGTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGCTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTA‑AGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGGCGCAATGCCATCCAGCTTTTAGATCACTCACCCGCCAGCGCGCGTGGGAACAGTACATTGTTTTCCAGAC‑TGATGTGATCCATCAGGTCATCAATCAGTTCATTAATGCCGTTATACATCGCTTTCCAGGTGGTGCAGGCTTCTGGCGGCG > NC_000913/4430974‑4431448 | gcgTTCACGATGATTACAACCGTTTCCGCGATTCTGTTTATGTTCGTCTGGACGATTATCCTTTGCTCGTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACGCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTggg < 2:202580/251‑1 (MQ=255) cACGATGATTACAACCGTTTCCGCGATTCTGTTTATGTTCGTCTGGACGATTATCCTTTGCTCGTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGGGGTTTATCGCGTTGGGGTTgg > 2:268799/1‑251 (MQ=255) atgatTACAACCGTTTCCGCGATTCTGTTTATGTTCGTCTGGACGATTATCCTTTGCTCGTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTCTGGCGTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGggctg > 1:34834/1‑251 (MQ=255) aaCCGTTTCCGCGATTCTGGTTAGGTTCGGCTGGACTATTATCCTTTGCTCGTTCCTTGTGTATCGCAAACATCGTCCTCATCTACTTGAGAATTCGATCTACAAGATGCCGTTCGGTAGTCTGATGTGCTGGGTATGTATGGCTTTCTTTGTTTTCGTGGTCGTGTTTCTGCCACGGGAAGATGACACGCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTa < 1:612168/251‑1 (MQ=255) tCCGCGATTCTGTTTATGTTCGTCTGGACGATTATCCTTTGCTCGTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTa < 1:233628/250‑1 (MQ=255) cGTCTGGACGATTATCCTTTGCTCGTCCCTTGTTTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATATACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTA‑AGAAGCGGGCTGCTGAACTGc < 2:359754/251‑1 (MQ=255) gTCTGGACGATTATCCTTTGCTCGGACCTTGTGAATCGAAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGAAAGCTTATGTGCTGGGTATGTCTAACGTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGATGCTGGCAATGGCAGTTGACACTCGCCAGGCGATGCTGGTTACCCCACAGTGGGTTATCACGATGGGGTTGGGCAGGCCGGTTATTGGGATAGA‑GCGGGctgctgcccggcg > 2:93672/1‑244 (MQ=255) cGATTATCCTTTGCTCGTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGACAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTA‑AGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGACATa > 1:629572/1‑250 (MQ=255) tATCCTTGTCTCGTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGGGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTA‑AGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCg < 2:492979/250‑1 (MQ=255) tCCTTTGCTCGTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGCTGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTA‑AGAAGCGGGCTGCTGTACTGCGGAAATAACCGCAt > 2:223814/1‑251 (MQ=255) cctttgttctttcctggtgtATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGAGGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTA‑AGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCAtt < 2:86623/235‑1 (MQ=255) gTACCTTGTGTATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGCTCTACCAGGTGCCGCTCGGCAAGCTGGTGTGCTGGGTATGTATGGCGATCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTA‑AGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAGTAACCGCGTTATCATGCTg > 2:237092/1‑251 (MQ=255) gTACCTTGTGGATCGCAAACAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGAGCTGCAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTA‑AGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTg < 2:34834/251‑1 (MQ=255) 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aaaCAGCGTCCTCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTA‑AGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGGCGCAATGCCAt < 1:268799/251‑1 (MQ=255) acagcgtcctatttttcATGAGAAGGCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTA‑AGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGGCGCAATGCCATcc < 2:319212/235‑1 (MQ=255) gTCCTCATCTACATTAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGTTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTA‑AGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGGCGCAATGCCATCCAGCtt < 1:662209/251‑1 (MQ=255) tCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTA‑AGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCa < 1:158974/219‑1 (MQ=255) tCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTA‑AGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCa > 2:158974/1‑219 (MQ=255) tCATCTACATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTA‑AGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGTTGGCGCAATGCCATCCAGCtttt > 2:375679/1‑249 (MQ=255) cATGAGAAGTCGATCTACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGGGCTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTA‑AGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGGCGCAATGCCATCCAGCTTTTAGAtcactc < 2:31285/251‑1 (MQ=255) tACAAGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTA‑AGAAGCGGGCTGCTGACCTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGGCGCAATGCCATCCAGCTTTTAGATCACTCACCCGCCAGcgcgcg > 1:159870/1‑251 (MQ=255) aaGATGCCGCTCGGCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTA‑AGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGGCGCAATGCCATCCAGCTTTTAGATCACTCACCCGCCAGCGCGCGTgg > 1:407779/1‑251 (MQ=255) 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ggCAAGCTGATGTGCTGGGTATGTATGGCGTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTA‑AGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGGCGCAATGCCATCCAGCTTTTAGATCACTCACCCGCCAGCGCGCGTGGGACCAGTACAtt > 2:264607/1‑251 (MQ=255) gCTGATGGTCTGGGTATGTATGGCTTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCGGACCCTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCTCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGTTGTTTATTGGTA‑AGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCTCATTATCATGCTGGATGGCGCAATGCCATCCAGCTTTTAGATCACTCACCCGCCAGCGCGCGTGGGAACAGTACATTGtttt < 1:584362/251‑1 (MQ=255) tgctgagCTGGGTATGTATGGCGTTCTGTGTGTTAGTGGTCATGTTGCTGACACTGGAAGATGAAACTCGACAGGAGCTGCTGGTAACCACGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCAGGCTGTTTATTGGTA‑AGAAGCGGGATGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGGGGAAATGCACTCCAGCTTTTAGATCCCTCAACCGCCAGCGCGCGTGGGTACAGGTCATTGTTTTcc > 2:82205/7‑251 (MQ=255) ggTATGAATGGCGTTCTTTGTGGTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTAGATTATCGCGTAGGGGTTGGGATGGCTGTTTATTGGTA‑AGGAGCGGGCTGCTGAACTACGGAAATAACCGCATTATCATGCTGAATAGAGCAATGCACTCCAGCATTTAGATCACTCACCCGCCCGTGCGAGTGAGAACAGTACGATGTTTTTAAGAC‑Tgtagt > 2:434767/1‑247 (MQ=255) tatgtatgGCGTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTA‑AGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGGCGCAATGCCATCCAGCTTTTAGATCACTCACCCGCCAGCGCGCGTGGGAACAGTACATTGTTTTCCAGAC‑TGAtgtg > 1:21650/1‑250 (MQ=255) atgtatgGCGTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTA‑AGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGGCGCAATGCCATCCAGCTTTTAGATCACTCACCCGCCAGCGCGCGTGGGAACAGTACATTGTTTTCCAGAC‑TGATGTGAt > 1:498066/1‑251 (MQ=255) gttgggCGTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTTTTGCCGCAACTGGAAGATGCCACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTCCCCCGCTGTGGTTTAGCGCGTTGGGGTGGGGCTGGCTTTTTATTGGTA‑AGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGGCGCAATGCCATCCAGTTTTTATATCACTCACCCGCCAGCGCGCGTGGGAACAGTACATTGTTTTCCAGAC‑TGATGTGATc < 2:21650/246‑1 (MQ=255) atgGCGTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTA‑AGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGCTGGCGCAATGCCATCCAGCtt > 2:147984/1‑186 (MQ=255) atgGCGTTCTTTGTGTTCGTGGTCGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCAGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTTGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTA‑AGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGGCGCAATGCCATCCAGCtt < 1:147984/186‑1 (MQ=255) ggTTCTTTTTTTTCGTGGTGGTGTTGCTGACACTGGAAGATGACACTCGCCGGGCGCTGCTGGTTACCCCGCTGTGGTTTATCGCGTGGGGGTTGGGCTGGCTGTTTATTGGTA‑AGAAGCGGGCTGCTGAACTGCGGAAATAACCGCATTATCATGCTGGATGGCGCAATGCCATCCAGCTTTTAGATCACTCACCCGCCAGCGCGCGTGGGAACAGTACATTGTTTTCCAGAC‑TGATGTGATCCATCAgg < 1:465626/250‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |