| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,363,184 | C→T | W42* (TGG→TAG) | yjdC ← | putative DNA‑binding transcriptional regulator YjdC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,363,184 | 0 | C | T | 97.3% | 207.5 / ‑3.9 | 73 | W42* (TGG→TAG) | yjdC | putative DNA‑binding transcriptional regulator YjdC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/1); new base T (42/29); total (43/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.95e-01 | |||||||||||
TTTTTGCTGATCGGCCAGTTGATGAATAGGGTGGCCAGGATCGGGATAAAACGTACAGGCAGCGATAAATAGACAGCCCGGATAGCGGTTGTTTTTAACGCACTCCGATAACGCCTGATAACGTGCCAGCAGCTTTTGTTCGGCGGTTTGCGTTTCGTCCAGCATCAGCTGACGACGCCAGACATCTATCTGTTGG‑CTAAGATAACGCAGCGCATCGTAGAGGATTGCCTCTTTGTCTGGCCAGAAGCGGCGT‑AGCTCGTCCAGTGGATAATCCACACGTTCAGCAACCATCTCCAGCGTGGTGTTGGCAATCCCTTGTAATTCTAATAATTTCAGGGCTTCTCCCAGTACATCTTCACGTTGCACGCTATTTTCCTCCGTCTTTCCCACTGCAAGTGTCGTTCACGGTTGGCGATCGCGCAAATGTGCGCTGAAGGTTTCAGCATCCATAAAGCCCGTGACGCGTGCTTGTGGATGCTCCTGGC > NC_000913/4362943‑4363427 | tttgtGCTGATCGGCCAGGTGATGAATAGGGTGGCCAGGATCGGGATAAAACGTACAGGCAGCGATAAATAGACAGCCCGGATAGCGGTTGTTTTTAACGCATGCCGATAACGCCTGATAACGTGCCAGCAGCTTTTGTTCGGCGGTTTGCGTTTCGTCCAGCATCAGCTGACGACGCCAGACAGCTATCTGTTGG‑CTAAGATAACGCAGCGCATCGTAGAGGATTGCCTCTTTGTCTGGCTAGAAgcg < 2:543935/245‑1 (MQ=255) aTCGGCCAGTTGATGAATAGGGTGGCCAGGATCGGGATAAAACGTACAGGCAGCGATAAATAGACAGCCCGGATAGCGGTTGTTTTTAACGCACTCCGATAACGCCTGATAACGTGCCAGCAGCTTTTGTTCGGCGGTTTGCGTTTCGTCCAGCATCAGCTGACGACGCCAGACATCTATCTGTTGG‑CTAAGATAACGCAGCGCATCGTAAAGGATTGCCTCTTTGTCTTGCTAGAAGAGGCGT‑AGCTCGt > 1:340448/1‑251 (MQ=255) aaGGGTGGCCAGGATCGGGATAAAACGTACAGGCAGCGATAAATAGACAGCCCGGATAGCGGTTGTTTTTAACGCACTCCGATAACGCCTGATAACGTGCCAGCAGCTTTTGTTCGGCGGTTTGCGTTTCGTCCAGCATCAGCTGACGACGCCAGACATCTATCTGTTGG‑CTAAGATAACGCAGCGCATCGTAGAGGATTGCCTCTTTGTCTGGCTAGAAGCGGCGT‑AGCTCGTCCAGTGGATAATCcaca < 1:508475/250‑1 (MQ=255) gggTGGCCAGGATCGGGATAAAACGTACAGGCAGCGATAAATAGACAGCCCGGATAGCGGTTGTTTTTAACGCACTCCGATAACGCCTGATAACGTGCCAGCAGCTTTTGTTCGGCGGTTTGCGTTTCGTCCAGCATCAGCTGACGACGCCAGACATCTATCTGTTGG‑CTAAGATAACGCAGCGCATCGTAGAGGATTGCCTCTTTGTCTGGCTAGAAGCGGCGT‑AGCTCGTCCAGTGGATAATCCACACg > 1:117872/1‑251 (MQ=255) 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ctatctGTTGG‑CTAAGATATCGCAGCGCATCGTAGAGGATTGCCTCTTTTTCTGGCCAGAAGCGTCGT‑AGTTAGTCCAGTGGATAATCCACACGTTCAGCAACCATCTCCATCGTTGTGTTGGCaac < 2:517017/127‑2 (MQ=255) ctatctGTTGG‑CAAAGATAACGCAGCGCATCGTAGAGGATTGCCTCTTTGTCTGGCCAGAAGCGGCGT‑AGCTCGTCCAGTGGATAATCCACACGTTCAGCAACCATCTCCAGCGTGGAGTTGGCAAt > 1:517017/1‑127 (MQ=255) tatctGTTGG‑CTAAGATAACGCAGCGCAACGTATATGGTTGTCTCTTTTTCTGGCTAGAAGCGGCGT‑AGTGCGTCCATGGGATAATCCACACGTTCAGCAACCATCTCCAGCGTGGTGTTGGCAAGCCCTTGTAATTCTAATAAGTTCAGGGCTTCTCCCAGTACATCTGCACGTTGCACGCTAGTTTCCTCCTTCGAGCCCACTACAAGTGGCGTTCACGGGTGGTGGTCGCTCAAATGTGTGCTGAAg < 2:673764/250‑1 (MQ=255) atctGTTTG‑CTAAGAGAACGCAGCGCATCGTAGAGGATTGCCTCTTTGTCTGGCTAGAAGCGGCGT‑AGCTCGTCCAGTGGATAATCCACACGTTCAGCAACCATCTCCAGCGTGGTGTTGGCAATCCCTTGTAATTCTAATAATTTCAGGGCTTCTCCCAGTACATCTTCACGTTGCACGCTATTTTCCTCCGTCTTTCCCACTGCAAGTGTCGTTCACGGTTGGCGATCGCGCAAATGTGCGCTGAAgg < 2:7083/250‑1 (MQ=255) 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TTTTTGCTGATCGGCCAGTTGATGAATAGGGTGGCCAGGATCGGGATAAAACGTACAGGCAGCGATAAATAGACAGCCCGGATAGCGGTTGTTTTTAACGCACTCCGATAACGCCTGATAACGTGCCAGCAGCTTTTGTTCGGCGGTTTGCGTTTCGTCCAGCATCAGCTGACGACGCCAGACATCTATCTGTTGG‑CTAAGATAACGCAGCGCATCGTAGAGGATTGCCTCTTTGTCTGGCCAGAAGCGGCGT‑AGCTCGTCCAGTGGATAATCCACACGTTCAGCAACCATCTCCAGCGTGGTGTTGGCAATCCCTTGTAATTCTAATAATTTCAGGGCTTCTCCCAGTACATCTTCACGTTGCACGCTATTTTCCTCCGTCTTTCCCACTGCAAGTGTCGTTCACGGTTGGCGATCGCGCAAATGTGCGCTGAAGGTTTCAGCATCCATAAAGCCCGTGACGCGTGCTTGTGGATGCTCCTGGC > NC_000913/4362943‑4363427 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |