| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,320,344 | G→A | A107V (GCC→GTC) | phnI ← | carbon‑phosphorus lyase core complex subunit PhnI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,320,344 | 0 | G | A | 94.7% | 260.4 / NA | 102 | A107V (GCC→GTC) | phnI | carbon‑phosphorus lyase core complex subunit PhnI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/2); major base A (40/50); minor base C (3/2); total (47/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.56e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 103 total aligned reads displayed.
GCGTGAGCAGGGGTAAACCGGCGGCGTGCGGGTGATGTCATCCGGCTGTGCGCCGCTATCCTCTTCAAACTTCGCCAGCCCCTGACGCGCCAGCAGGCTGAAAACGTGCGGCGACGGCTGCTGTT‑CGCTGTCGGCGGTGGT‑CAGCGTCGG‑CGCTTCGCCGTTTGCCAGCAGGGTAAAATCGAGCAGGCGATGGGTG‑TAGT‑CGTAGGTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGGCGGAGATAC‑GGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTC‑GCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAGCTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTATCGC > NC_000913/4320097‑4320590 | gCGTGAGCAGGGGTAAACCGGCGGCGTGCGGGTGATGTCATCCGGCTGTGCGCCGCTATCCTCTTCAAACTTCGCCAGCCCCTGACGCGCCAGCAGGCTGAAAACGTGCGGCGACGGCTGCTGTT‑CGCTGTCGGCGGTGGT‑CAGCGTCGG‑CGCTTCGCCGTTTGCCAGCAGGGTAAAATCGAGCAGGCGATGGGTG‑TAGT‑CGTAGGTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAAcgacgg < 1:562146/251‑1 (MQ=255) cGTGAGCAGGGGTAAACCGGCGGCGTGCGGGTGATGGCATCCGGCGGTGCGCCGCTATCCTCTTCAAACTTCGCCAGCCCCTGACGCGCCAGCAGGCTGAAAACGTGCGGCGACGGCTGCTGTT‑CGCTGTCGGCGGTGGT‑CAGCGTCGG‑CGCTTCGCCGTTTGCCAGCAGGGTAAAATCGAGCAGGCGATGGGTG‑TAGT‑CGTAGGTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGACGga < 1:58611/251‑1 (MQ=255) ggAGCGGGGGAAAACCGGCGGCGGGCGGGTGATGTCATCCGGCTGGGCGCCGCTATCCTCTCCAATCTACGCCAGCCCCTGACGCGCCAGCAGGCTGAAAGCGTGCGGCGACGGCTGCTGTT‑CGCTGTCGGCGGTGGT‑CAGCGTCGG‑CGCTTCGCCGTTTGCCAGCAGGGTAAAATCGAGCAGGCGATGGGTG‑TAGT‑CGTAGGTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGTCGgaga < 2:27042/250‑1 (MQ=255) gAGCAGGGGTAACCCGGCGGCGTGCGGGTGATGTCATCCGGCTGTGCGCCGCTATCCTCTTCAAACTTCGCCAGCCCCTGACGCGCCAGCAGGCTGAAAACGTGCGGCGACGGCTGCTGTT‑CGCTGTCGGCGGTGGT‑CAGCGTCGG‑CGCTTCGCCGTTTGCCAGCAGGGTAAAATCGAGCAGGCGATGGGTG‑TAGT‑CGTAGGTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGACGgaga < 1:140105/250‑1 (MQ=255) 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aacccGGCGGCGTGCGGGTGATGGCAACGGGTGGGGCGGCGGTATCCTCCGCAAACTCCGCCAACCCCAGACGGGCCAGCAGGCTGAAAACGTGCGGGGACGGCGGCTGTT‑CGCGGTCGGCGGTGGT‑CAGCGTCGG‑CGCTTTGCCGTCTGCCAGCAGGGTAAAAGCGAGCAGGCGATGGGTG‑TAGT‑CGTAGGTTGGGCCACGCAGCTGTCCTCCGGGAATGTCTGTAGAAACGACGGAGATAC‑GTCGTTc < 2:321231/247‑1 (MQ=255) aaaCCGGCGGCGTGCGGGTGATGTCATCCGGCTGTGCGCCGCTATCCTCTTCAAACTTCGCCAGCCCCTGACGCGCCAGCAGGCTGAAAACGTGCGGCGACGGCTGCTGTT‑CGCTGTCGGCGGTGGT‑CAGCGTCGG‑CGCTTCGCCGTTTGCCAGCAGGGTAAAATCGAGCAGGCGATGGGTG‑TAGT‑CGTAGGTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGACGGAGATAC‑GGCGTTCg < 1:211128/251‑1 (MQ=255) ccGGCGGCGTGCGGGTGATGTCATCCGGCTGTGCGCCGCTATCCTCTTCAAACTTCGCCAGCCCCTGACGCGCCAGCAGGCTGAAAACGTGCGGCGACGGCTGCTGTT‑CGCTGTCGGCGGTGGT‑CAGCGTCGG‑CGCTTCGCCGTTTGCCAGCAGGGTAAAATCGAGCAGGCGATGGGGG‑TAGT‑CGTAGGTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGACGGAGATAC‑GGCGTTCggg > 1:216720/1‑248 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |