| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,318,215 | G→A | L184L (CTG→TTG) | phnK ← | carbon‑phosphorus lyase subunit PhnK |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,318,215 | 0 | G | A | 96.0% | 215.0 / ‑3.9 | 77 | L184L (CTG→TTG) | phnK | carbon‑phosphorus lyase subunit PhnK |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base A (46/27); total (48/29) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACC‑ACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCTCGCCGATATTGCCG > NC_000913/4317969‑4318456 | ggCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACC‑ACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCgg > 1:93329/1‑251 (MQ=255)ggCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACC‑ACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCgg > 1:610489/1‑251 (MQ=255) ccGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACC‑ACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGc > 1:186750/1‑251 (MQ=255) ggATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTTCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGACTAAATAATGGGGGCCAATCACCACCACGAGGATCAGCTCCCCC‑CACACGCAGAGCAGCAGGTCGAGCAATCGGGCCt > 2:205195/1‑251 (MQ=255) agaaggaggttACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATGCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGGGTAGACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACGTGCCCCTGTTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACC‑ACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGc < 2:74311/242‑1 (MQ=255) gTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACC‑ACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGac > 1:535373/1‑250 (MQ=255) gTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACC‑ACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGac > 1:158904/1‑250 (MQ=255) 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gCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACC‑ACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCgg > 1:568556/1‑251 (MQ=255) cccTAAATCATGGGTGCCAATCCCCACCGCGAGGTTCAGCCCCCCC‑ACCAGGCCGCGCGGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCCCCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCgg < 1:410776/250‑1 (MQ=255) cTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACC‑ACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTg > 1:447203/1‑251 (MQ=255) aTGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACC‑ACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGACAAGGTGGTCGGCAGGTCGTGGATCCGGTTGGAGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGGGCGGTGGccc > 2:371638/1‑246 (MQ=255) gTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACC‑ACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATc > 1:593354/1‑251 (MQ=255) ggctctcccgatctgAGGTTCAGCTCCACC‑ACCAGGCCGCGCAGCAGGCCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGcc < 1:252482/237‑1 (MQ=255) aaTCCCCACCGCGAGGTTCAGCCCCACC‑ACCAGCCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCTGGCACCGACACATCCACCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGt < 1:468407/251‑1 (MQ=255) caccacCGCGAGGTTCAGCTCCACC‑ACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAAt > 1:610589/1‑251 (MQ=255) caccGCGAGGTTCAGCTCCACC‑ACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGTCCTCCACCGTCACATCCAGCCCGCCTGCCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCCGCTCCTTCACCAGGTTTCGGGCCATCTGCAAACCCTGCTGCATACCGCCGGAAACGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGACTCTCCACCTCCTCCAGCCCCTTCTGCGCGGTGGCACGATTATCGCCGTATTGAc > 1:326198/1‑251 (MQ=255) 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aGGTTCAGCTCCACC‑ACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGcccc > 1:183352/1‑251 (MQ=255) cAGCTCCACC‑ACCAGGCCGCGCAGCAGGTAGAGCAAGCGGGCCCGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCAGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCCGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGCAATCTCCACCTCTTCCAGCCACGTCTGCGGGGTGGCGCGCATATCGCCGTACTGCAGTGCCCCggcgc > 2:4523/1‑248 (MQ=255) aGCTCCACC‑ACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGc > 1:407637/1‑251 (MQ=255) 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ggTCGAGCAAGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCTCGCCGATATTgccg < 1:166445/251‑1 (MQ=255) | GGCCGGATAAGGCGTTTACGCCGCATCCGGCACCGGCTCAATTCTGCAAAACCGATGACACCAGCAGCTGTGTATACGGATGATGCGGGTCGTCGAGCACGCGGTCGGTTAACCCACTCTCCACCACTTGCCCCTGCTTCATCACCAGCAAACGGTCCGCCAGCAGGCGGGCGACGCCTAAATCATGGGTGACAATCACCACCGCGAGGTTCAGCTCCACC‑ACCAGGCCGCGCAGCAGGTCGAGCAGGCGGGCCTGCACCGACACATCCAGCCCGCCGGTCGGTTCATCCATAAACACCAGCTTCGGATGCGTCACCAGGTTGCGGGCAATCTGCAAACGCTGCTGCATACCGCCGGAAAAGGTGGTCGGCAGGTCGTCGATCCGGTTGGCGGGAATCTCCACCTCTTCCAGCCACTTCTGCGCGGTGGCACGAATATCGCCGTAATGACGTGCCCCGGTCGCCATCAGCCGCTCGCCGATATTGCCG > NC_000913/4317969‑4318456 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |