| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,281,093 | G→A | A372T (GCG→ACG) | yjcE → | putative transporter YjcE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,281,093 | 0 | G | A | 96.7% | 253.5 / ‑1.5 | 94 | A372T (GCG→ACG) | yjcE | putative transporter YjcE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base A (47/40); total (50/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.97e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.67e-01 | |||||||||||
GTCTGCAGCTGCCGGGTATTCTGGAGACGTCGCTGATGGCAGCAGAAATCGACCCTAACGTCGAAATCTGGATGCTGTTTACCAATATTATTCTGATATATGCGGCGCTGATG‑CTGGTCCGTTTCGGCTGGCTGTGGACGATGAAAAAGTTCAGCAACCGCTTCCTGAAGAAGAAGCCGATGGAGTTTGGTTCGTGGACCACACGAGAAATCCTGATCGCGTCTTTCGCCGGGGTGCGTGGGGCGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTGCCGGATGGTAACGTCTTCCCGGCGCGCTATGAGCTGGTGTTCCTGGCGG‑CTGGCGTCATTCTCTTCTCGCTGTTTGTCGGCGTGGTGATGTTGCCTATTCTGCTACAACACATTGAAGTCGCGGATCATTCGCAACAATTGAAAGAGGAACGTATTGCGCGAGCGGCAACGGCAGAAGTGGCGATTGTGGCG > NC_000913/4280851‑4281326 | gTCTGCAGCTGCCGGGTATTCTGGAGACGTCGCTGATGGCAGCAGAAATCGACCCTAACGTCGAAATCTGGATGCTGTTTACCAATATTATTCTGATATATGCGGCGCTGATG‑CTGGTCCGTTTCGGCTGGCTGTGGACGATGAAAAAGTTCAGCAACCGCTTCCTGAAGAAGAAGCCGATGGAGTTTGGTTCGTGGACCACACGAGAAATCCTGATCGCGTCTTTCGCCGGGGTGCGTGGGACGATCAct < 1:171602/251‑1 (MQ=255) gCAGCTGCCGGGTATTCTGGAGACGTCGCTGATGGCAGCAGAAATCGACCCTAACGTCGAAATCTGGATGCTGTTTACCAATATTATTCTGATATATGCGGCGCTGATG‑CTGGTCCGTTTCGGCTGGCTGTGGACGATGAAAAAGTTCAGCAACCGCTTCCTGAAGAAGAAGCCGATGGAGTTTGGTTCGTGGACCACACGAGAAATCCTGATCGCGTCTTTCGCCGGGGTGCGTGGGACGATCActct < 1:128389/249‑1 (MQ=255) aGCTGCAGGGTATTCTTGAGACGTCGCTGATGGCAGCAGAAATCGACCCTAACGTCGAAATCTGGATGCTGTTTACCAATAGTATTCTGATATATGCGGCGCTGATG‑CTGGTCCGTTTCGGCTGGCTGTGGACGATGAAAAAGTTCAGCACCCGCTTCCTGAAGAAGAAGCCGATGGAGTTTGGTTCGTGGACCACACGAGAAATCCTGATCGCGTCTTTCGCCGGGGTGCGTGGGACGATCACTCTGGcc < 2:537233/251‑1 (MQ=255) tGCCGGGTATTCTGGAGACGTCGCTGATGGCAGCAGAAATCGACCCTAACGTCGAAATCTGGATGCTGTTTACCAATATTATTCTGATATATGCGGCGCTGATG‑CTGGTCCGTTTCGGCTGGCTGTGGACGATGAAAAAGTTCAGCAACCGCTTCCTGAAGAAGAAGCCGATGGAGTTTGGTTCGTGGACCACACGAGAAATCCTGATCGCGTCTTTCGCCGGGGTGCGTGGGACGATCACTCTGGCCGgt > 1:360285/1‑251 (MQ=255) cGGGTATTCTGGAGACGTCGCTGATGGCAGCAGAAATCGACCCTAACGTCGAAATCTGGATGCTGTTTACCAATATTATTCTGATATATGCGGCGCTGATG‑CTGGTCCGTTTCGGCTGGCTGTGGACGATGAAAAAGTTCAGCAACCGCTTCCTGAAGAAGAAGCCGATGGAGTTTGGTTCGTGGACCACACGAGAAATCCTGATCGCGTCTTTCGCCGGGGTGCGTGGGACGATCACTCTGGCCGGtgtg > 1:23764/1‑251 (MQ=255) ggAGACGTCGCTGATGGCAGCAGAAATCGACCCTAACGTCGAAATCTGGATGCTGTTTACCAATATTATTCTGATATATGCGGCGCTGATG‑CTGGTCCGTTTCGGCTGGCTGTGGACGATGAAAAAGTTCAGCAACCGCTTCCTGAAGAAGAAGCCGATGGAGTTTGGTTCGTGGACCACACGAGAAATCCTGATCGCGTCTTTCGCCGGGGTGCGTGGGACGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATcc > 1:610139/1‑251 (MQ=255) aCGTCGCTGATGGCAGCAGAAATCGACCCTAACGTCGAAATCTGGATGCTGTTTACCAATATTATTCTGATATATGCGGCGCTGATG‑CTGGTCCGTTTCGGCTGGCTGTGGACGATGAAAAAGTTCAGCAACCGCTTCCTGAAGAAGAAGCCGATGGAGTTTGGTTCGTGGACCACACGAGAAATCCTGATCGCGTCTTTCGCCGGGGTGCGTGGGACGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCgct < 1:167447/251‑1 (MQ=255) cGTCGCTGATGGCAGCAGAAATCGACCCTAACGTCGAAATCTGGATGCTGTTTACCAATATTATTCTGATATATGCGGCGCTGATG‑CTGGTCCGTTTCGGCTGGCTGTGGACGATGAAAAAGTTCAGCAACCGCTTCCTGAAGAAGAAGCCGCGGGAGTTTGGTTCGTGGACCACACGAGAAATCCTGATCGCGTCTTTCGCCGGGGGGCGTGGGCCGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTTTCCCgccg > 2:117015/1‑249 (MQ=255) tGATGGCAGCAGAAATCGACCCTAAAGTAGAAATATGGATGCTGTTTACCAATATTATTCTGATATATGCGGCGCTGATG‑CTGGTCCGTTTCGGCTGGCTGTGGACGATGAAAAAGTTCAGCAACCGCTTCCTGAAGAAGAAGCCGATGGAGTTTGGTTCGTGGACCACACGCGAAATCCTGATCGCGTCTTTCGCCGGGGTGCGTGGGACGATCACTCTGGCCGGTGTGCTCTCTATCCCGCTGCTCTTg > 1:549681/1‑251 (MQ=255) gagggctgcagAAATTGACCCTAACGGCGAAAGCTGGATGCTGTTTACCAATATTATTCTGATATATGCGGAGCTGATG‑TTTGGCCGTTTCGGCTGGCTGTGGACGATGAAAAAGTGCATCGACCGCTTCCTGAAGAAGAAGCCGATGGGGTTTGGTTCGTGGACCACACGAGAGATCCTGATCGCGTCTTTCGCCGGGGTGCGTGGGTCGTTCACTCTGGACGGTGTGCTCTCTATCCCGTAGCTCtt < 2:81406/242‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |