| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,967,770 | C→T | intergenic (+94/‑146) | rho → / → rfe | transcription termination factor Rho/UDP‑N‑acetylglucosamine‑‑undecaprenyl‑phosphate N‑acetylglucosaminephosphotransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,967,770 | 0 | C | T | 91.2% | 82.7 / 1.4 | 34 | intergenic (+94/‑146) | rho/rfe | transcription termination factor Rho/UDP‑N‑acetylglucosamine‑‑undecaprenyl‑phosphate N‑acetylglucosaminephosphotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); new base T (13/18); total (15/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.71e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.36e-02 | |||||||||||
CGACTCAGGAAGAACTGCAGAAAATGTGGATCCTGCGCAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACTTTCCCTTCTGAATAAAGGTCTTCGTGGTTATACTTCTGCTAATAATTTTCTCTGAGAGCATGCATTGTGAATTTACTGACAGTGAGTACTGATCTCATCAGTATTTTTTTATTCACGACACTGTTTCTGTTTTTTGCCCGTAAGGTGGCAAAAAAAGTCG > NC_000913/3967531‑3968009 | cGACTCAGGAAGAACTGCAGAAAATGTGGATCCTGCGCAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCTTGGAATTTGCt < 1:357137/251‑1 (MQ=255) aCTCAGGAAGAACTGCAGAAAATGTGGATCCTGCGCAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCTTGGAATTTGCTgg < 1:501082/251‑1 (MQ=255) ggATCCTGCGCAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGAGGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATTACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCTTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCaaa < 2:515103/251‑1 (MQ=255) cATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCTTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGcac < 1:258776/251‑1 (MQ=255) aTTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCTTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGcaca < 2:242479/251‑1 (MQ=255) tGGGCGAAATCGCTGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGCCAATGACCAAGACCAATGACGCTTTCTTCGAAATGATGACACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTGCGTGGCTTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGGTCTTAGGAAAATTCTTGGAATTTACAGGCCTGTTATGCAATTTGCATATCAAATGTTTAATTTTTTcacatggctggacg > 2:173722/1‑241 (MQ=255) cGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCTCTGGCGATGTTAGGAAAATTCTTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACg > 1:531123/1‑251 (MQ=255) caaaggAATTACTCCTTAATAAACTGGTAATGACCCAGACCAATGTTGATATCTTCGAAAGGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACCCCACGGGTTTACGTGGCGTGTTGCGTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCTTGGAATTAGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCCCAGGACTTGTGGGTTTGGAACGGTCtt < 2:504000/247‑1 (MQ=255) cAATTGAATTCCTCAGTAATAAACTGGCAATGTCCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCTTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACtt < 2:359458/251‑1 (MQ=255) cAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCTTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACtt < 1:626241/251‑1 (MQ=255) ccTCATTAATAAACTGGCTATGACCAAGCCCAATGACGATCTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCTCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCTTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACTTTCCCTTCTGa < 1:244636/251‑1 (MQ=255) aataaACTGGCAATGACCAAGACCAATGACTATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCTTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACTTTCCCTTCTGAATAAAgg < 1:124608/251‑1 (MQ=255) taaACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGCAAATTCTTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAAttttt > 2:331888/1‑202 (MQ=255) taaACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCTTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAAttttt < 1:331888/202‑1 (MQ=255) aaCTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTGCGAAATGATGAAATGCTCAGAAATTTGTCTTAGGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGTCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCTTGGAAGTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATGTTTGCACAGGACTGTTGGGTTTGGAACGGACTTTCCCTTCTGAATAAAGGTCtt < 2:430130/251‑1 (MQ=255) gaccaagaccaaTGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACTTTCCCTTCTGAATAAAGGTCTTCGTGGTtat > 2:243540/1‑250 (MQ=255) accaagaccaaTGACTATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCTACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGTCGATGTTAGGAAAATTCTTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACTTTCCCTTCTGAATAAAGGTCTTCGTGGTTATAc < 1:70157/251‑1 (MQ=255) accaagaccaaTGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCTTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACTTTCCCTTCTGAATAAAGGTCTTCGTGGTTATAc > 2:187946/1‑251 (MQ=255) caaTGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCTTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACTTTCCCTTCTGAATAAAGGTCTTCGTGGTTATACTTCTGCt > 2:116296/1‑250 (MQ=255) aTGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACTTTCCCTTCTGAATAAAGGTCTTCGTGGTTATACTTCTGCtaat < 1:243540/251‑1 (MQ=255) gATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCTTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACTTTCCCTTCTGAATAAAGGTCTTCGTGGTTATACTTCTGCTAATAAttt < 1:273210/251‑1 (MQ=255) atgatgAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCTTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTg < 2:124836/163‑1 (MQ=255) atgatgAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCTTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTg > 1:124836/1‑163 (MQ=255) atgatgAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCTTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACTTTCCCTTCTGAATAAAGGGCTTCGTGGTTATACTTCTGCTAATAATTTTCTCTGAGAgc > 2:213819/1‑250 (MQ=255) tgaAACGCTCATAAATTTGTCTTATGACAAAAACGCCACGTGTTTACGAGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGAGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCTTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTACTTTTTGCACAGGACTGGTGGTTTTGGACAGGACTTTCCCTTCTGAATAAAGGTCTTCGTGGTTATCCTTAGGATCATAATTTTCACTGATAgcatgcc > 2:472257/1‑250 (MQ=255) aCGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCatat > 1:330586/1‑105 (MQ=255) gtgtTTACGAGGCGTTTTGCTTTTATATCTGACATCTTAATGCCGAGCTGGCGATGTTAGGAAAATTATTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCACTTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACTTTCCCTTCTGAATAAAGGTCTTCGTGGTTATACTTCTGCTAATAATTTTCTCTGAGAGCATTCATTGTGAATTTACTGACAGTGAGTACTgttttcataagtt > 2:38518/1‑239 (MQ=255) tgtTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCTTGGAATTTGCTAGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACTTTCCCTTCTGAATAAAGGTCTTCGTGGTTATACTTCTGCTAATAATTTTCTCTGAGAGCATGCATTGTGAATTTACTGACAGTGCGTACTGTTCTCATCAGTAt > 1:28101/1‑251 (MQ=255) gtTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCTTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACTTTCCCTTCTGAATAAAGGTCTTCGTGGTTATACTTCTGCTAATAATTTTCTCTGAGAGCATGCATTGTGAATTTACTGACAGTGAGTACTGAGCTCATCAGTAtt < 2:132583/251‑1 (MQ=255) aaTCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCTTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACTTTCCCTTCTGAATAAAGGTCTTCGTGGTTATACTTCTGCTAATAATTTTCTCTGAGAGCATGCATTGTGAATTTACTGACAGTGAGTACTGATCTCATCAGTATTTTTTTATTCACGACACTGTTTCTGtttttt < 1:377206/251‑1 (MQ=255) tAATGCCGCGCTGGCGCTGTTAGGAAAATTCTTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACTTTCCCTTCTGAATAAAGGTCTTCGTGGTTATACTTCTGCTAATAATTTTCTCTGAGAGCATGCATTGTGAATTTACTGACAGTGAGTACTGATCTCATCAGTATTTTTTTATTCACGACACTGTTTCTGTTTTTTGCCCg > 2:20726/1‑251 (MQ=255) gcTGGCGATGTTAGGAAAATTCTTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACTTTCCCTTCTGAATAAAGGTCTTCGTGGTTATACTTCTGCTAATAATTTTCTCTGAGAGCATGCATTGTGAATTTACTGACAGTGAGTACTGATCTCATCAGTATTTTTTTATTCACGACACTGTTTCTGTTTTTTGCCCGTAAGGTGGc < 1:472257/251‑1 (MQ=255) ttAGGAAAATTCTTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACTTTCCCTTCTGAATAAAGGTCTTCGTGGTTATACTTCTGCTAATAATTTTCTCTGAGAGCATGCATTGTGAATTTACTGACAGTGAGTACTGATCTCATCAGTATTTTTTTATTCACGACACTGTTTCTGTTTTTTGCCCGTAAGGTGGCAAAAAAAGTc > 1:533278/1‑251 (MQ=255) tAGGAAAATTCTTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACTTTCCCTTCTGAATAAAGGTCTTCGTGGTTATACTTCTGCTAATAATTTTCTCTGAGAGCATGCATTGTGAATTTACTGACAGTGAGTACTGCTCTCATCAGTATTTTTTTATTCACGCCACTGTTTCTGTTTTTTGCCCGTAAGGTGTCAAAAAAAGTCg > 2:116817/1‑251 (MQ=255) | CGACTCAGGAAGAACTGCAGAAAATGTGGATCCTGCGCAAAATCATTCACCCGATGGGCGAAATCGATGCAATGGAATTCCTCATTAATAAACTGGCAATGACCAAGACCAATGACGATTTCTTCGAAATGATGAAACGCTCATAAATTTGTCTTATGCCAAAAACGCCACGTGTTTACGTGGCGTTTTGCTTTTATATCTGTAATCTTAATGCCGCGCTGGCGATGTTAGGAAAATTCCTGGAATTTGCTGGCATGTTATGCAATTTGCATATCAAATGGTTAATTTTTGCACAGGACTGGTGGGTTTGGAACGGACTTTCCCTTCTGAATAAAGGTCTTCGTGGTTATACTTCTGCTAATAATTTTCTCTGAGAGCATGCATTGTGAATTTACTGACAGTGAGTACTGATCTCATCAGTATTTTTTTATTCACGACACTGTTTCTGTTTTTTGCCCGTAAGGTGGCAAAAAAAGTCG > NC_000913/3967531‑3968009 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |