| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,296,481 | G→A | V25M (GTG→ATG) | dolP → | division and outer membrane stress‑associated lipid‑binding lipoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,296,481 | 0 | G | A | 98.0% | 311.2 / ‑4.2 | 101 | V25M (GTG→ATG) | dolP | division and outer membrane stress‑associated lipid‑binding lipoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base A (55/44); total (57/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
CCGGCTATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAA‑GGTT‑GTGTTGCCGCTGCCGTAGTGGGTACCGCTGC‑TGTGGGTACCAAAGCCGCAACTGACCCACGCAGTGTCGGCACCCAGGTGGACGATGGTACCCTGGAAGTGCGCGTGAACAGCGCATTGTCGAAAGACGAACAGATTAAGAAAGAAGCGCGCATTAATGTAACGGCCTATCAGGGCAAAGTGCTGCTGGTTGGGCA‑GTCAC‑CAAATGCTGAACTTTCGGCTCGCGCCAAACAGATTGCTATGGGCGTAGACGGTGCCAACG > NC_000913/3296236‑3296724 | ccGGCTATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTTCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAC‑GGTT‑GTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGt > 2:677436/1‑251 (MQ=255) cGGCTATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAA‑GGTT‑GTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTa < 1:181670/251‑1 (MQ=255) cGGCGATGACGGCGGAGAACTTGCATGTTTGTTAGTGCCACAGGATGGGGAGATCCGCATTCCGTCGCATCGTAGTGCTCGCAGTCAGGAAAGGCATATGCTGACTGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATGATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAA‑GGTT‑GTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTa < 2:352255/251‑1 (MQ=255) ggtgaTGACGGCGGCGAACTTTCAGGTTTGGTAGGGCCACAGGAGGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAAGTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAA‑GGTT‑GGGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTAc < 2:274076/247‑1 (MQ=255) cTATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAA‑GGTT‑GTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCg > 2:675188/1‑251 (MQ=255) tATGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCGTATGCTGACGGTAAATTGCCGGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAGGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTAGCAA‑GGTT‑GTGTGGCCGCTGCCGTAATGGGTACCgc > 2:146084/1‑251 (MQ=255) aTGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAA‑GGTT‑GTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCgct > 1:17282/1‑251 (MQ=255) tGACGGCGGCGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGTTGTGGAGATCCGCATGCCTTCGCATCGTAGTGCGCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCTCCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCTCTGCTGTTGCAA‑GGTT‑GTTTTGCCGCTGCCGTAATTGGTACCgct < 2:619814/250‑1 (MQ=255) ggcggcGAACTTGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGTGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAA‑GGTT‑GTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGC‑tgt > 1:589571/1‑251 (MQ=255) gcgggtaatgtGCAGGTTTGTTAGGGCCAAAGGATGTGGAGATCGGCAGTCCTGCGCATCTTAGGTCCCCCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGTTCTGATCGATAACGCGCTTTGCCCCCACCAGGATGATTAAGTAGAATACATGAAGGCATAACCGCCAATCGCAGGCCTTAGTTCTGCGCTGCTGTTGCAA‑GGTT‑GTGTTGCCGCTGCTGTAACGGGTAACgctgc‑tttg < 2:579773/241‑4 (MQ=255) 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gAACTTGCAGGTTTGGTAGGGCCACAGGATGTGGAGCTCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGCTGATTAAGGAGAATACATGACGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAA‑GGTT‑GTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTAcc > 2:599202/1‑237 (MQ=255) ttGCAGGTTTGTTAGGGCCACAGGATGAGGAGATCCGCATTCCTTCGCATCGTAGTGCTCGCATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCTGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTTCCGCGCTGCTGTTGCAA‑GGTT‑GTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGC‑TGTGGGTACCac > 1:366110/1‑249 (MQ=255) tgctggTTTGTTTGGGCACCAGGTTGTGGAGATCCGCATTCCTGCGCATCGTTGTGCTCGTATTCAGGAAATGCATATGCTGACGGTAAATTGCCGGTGCGATCTGATCGATAACACGCTTTTCCCTCACCAGGATGATTAAGGAGAATACATGAAGGCATTATCGCCAATCGCAGTCCTTATTGCCGCGCTGCTGTTGCAA‑GGTT‑GTGTTGCCGCTGCCGTAATGGGTACCGCTGC‑TGTGGGTACCaa < 2:480308/245‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |