| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,926,772 | C→A | G155G (GGC→GGA) | ppnN → | nucleotide 5'‑monophosphate nucleosidase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,926,772 | 0 | C | A | 98.7% | 241.5 / NA | 78 | G155G (GGC→GGA) | ppnN | nucleotide 5'‑monophosphate nucleosidase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base A (35/41); total (36/42) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.68e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
GGAACTGATTAATCCCCCGGAAGAGGCTTTTGTCGATGGGCGAATTATTCGCGCTTTGCAGGCCAACTTGTTCGCGGTCCTGCGTGACATTCTCTTCGTTTACGGGCAAATCCATAACACCGTTCGTTTTCCCAACCTGAATCTCGACAACTCCGTCCACATCA‑CTAACCTGGTCTTTTCCATCTTGCGTAACGCTCGCGCGCTGCATGTGGGTGAAGCGCCAAATATGGTGGTCTGCTGGGGCGGTCACTCAA‑TTAACGAAAACGAGTATTTGTATGCCCGTCGCGTCGGAAACCAGCTGGGCCTGCGTGAGCTGAATATCTGCACCGGCTGTGGTCCGGGAGCGATGGAAGCGCCGATGAAAGGTGCTGCGGTCGGACACGCGCAGCAGCGTTACAAAGACAGTCGTTTTATTGGTATGACAGAGCCGTCGATTATCGCCGCTGAACCGCCTAACCCGCTGGTCAACGAATTGATCATCATGCC > NC_000913/2926529‑2927014 | ggAACTGATTAATCCCCCGGAAGAGGCTTTTGTCGATGGGCGAATTATTCGCGCTTTGCAGGCCAACTTGTTCGCGGTCCTGCGTGACATTCTCTTCGTTTACGGGCAAATCCATAACACCGTTCGTTTTCCCAACCTGAATCTCGACAACTCCGTCCACATCA‑CTAACCTGGTCTTTTCCATCTTGCGTAACGCTCGCGCGCTGCATGTGGGTGAAGCGCCAAATATGGTGGTCTGCTGGGGAGGTCAc < 1:276038/250‑1 (MQ=255) gATTAATCCCCCGGAAGAGGCTTTTGTCGATGGGCGAATTATTCGCGCTTTGCAGGCCAACTTGTTCGCGGTCCTGCGTGACATTCTCTTCGTTTACGGGCAAATCCATAACACCGTTCGTTTTCCCAACCTGAATCTCGACAACTCCGTCCACATCA‑CTAACCTGGTCTTTTCCATCTTGCGTAACGCTCGCGCGCTGCATGTGGGTGAAGCGCCAAATATGGTGGTCTGCTGGGGAGGTCACTCAA‑TTa < 1:173372/251‑1 (MQ=255) aaTCCCCCGGAAGAGGCTTTTGTCGATGGGCGAATTATTCGCGCTTTGCAGGCCAACTTGTTCGCGGTCCTGCGTGACATTCTCTTCGTTTACGGGCAAATCCATAACACCGTTCGTTTTCCCAACCTGAATCTCGACAACTCCGTCCACATCA‑CTAACCTGGTCTTTTCCATCTTGCGTAACGCTCGCGCGCTGCATGTGGGTGAAGCGCCAAATGTGGTGGTCTGCTGGGGTGGTCACTCAA‑TTAACg < 1:558230/250‑1 (MQ=255) tCCCCCGGAAGAGGCTTTTGTCGATGGGCGAATTATTCGCGCTTTGCAGGCCAACTTGTTCGCGGTCCTGCGTGACATTCTCTTCGTTTACGGGCAAATCCATAACACCGTTCGTTTTCCCAACCTGAATCTCGACAACTCCGTCCACATCA‑CTAACCTGGTCTTTTCCATCTTGCGTAACGCTCGCGCGCTGCATGTGGGTGAAGCGCCAAATATGGTGGTCTGCTGGGGAGGTCACTCAA‑TTaa < 1:412592/246‑1 (MQ=255) tCCCCCGGAAGAGGCTTTTGTCGATGGGCGAATTATTCGCGCTTTGCAGGCCAACTTGTTCGCGGTCCTGCGTGACATTCTCTTCGTTTACGGGCAAATCCATAACACCGTTCGTTTTCCCAACCTGAATCTCGACAACTCCGTCCACATCA‑CTAACCTGGTCTTTTCCATCTTGCGTAACGCTCGCGCGCTGCATGTGGGTGAAGCGCCAAATATGGTGGTCTGCTGGGGAGGTCACTCAA‑TTaa > 2:412592/1‑246 (MQ=255) ggAAGAGGCTTTTGTCGATGGGCGAATTATTCGCGCTTTGCAGGCCAACTTGTTCGCGGTCCTGCGTGACATTCTCTTCGTTTACGGGCAAATCCATAACACCGTTCGTTTTCCCAACCTGAATCTCGACAACTCCGTCCACATCA‑CTAACCTGGTCTTTTCCATCTTGCGTAACGCTCGCGCGCTGCATGTGGGTGAAGCGCCAAATATGGTGGTCTGCTGGGGAGGTCACTCAA‑TTAACGAAAACGAGt > 1:249354/1‑251 (MQ=255) gAAGAGGCTTTTGTCGATGGGCGAATTATTCGCGCTTTGCAGGCCAACTTGTTCGCGGTCCTGCGTGACATTCTCTTCGTTTACGGGCAAATCCATAACACCGTTCGTTTTCCCAACCTGAATCTCGACAACTCCGTCCACATCA‑CTAACCTGGTCTTTTCCATCTTGCGTAACGCTCGCGCGCTGCATGTGGGTGAAGCGCCAAATATGGTGGTCTGCTGGGGAGGTCACTCAA‑TTAACGAAAACGAGt > 1:456656/1‑250 (MQ=255) 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gcgGTCCTGCGTGACATTCTCTTCGTTTACGGGCAAATCCATAACACCGTTCGTTTTCCCAACCTGAATCTCGACAACTCCGTCCACATCA‑CTAACCTGGTCTTTTCCATCTTGCGTAACGCTCGCGCGCTGCATGTGGGTGAAGCGCCAAATATGGTGGTCTGCTGGGGAGGTCACTCAA‑TTAACGAAAACGAGTATTTGTATGCCCGTCGCGTCGGAAACCAGCTGGGCCTGCGTGAGCTGAATATCTg < 1:271812/251‑1 (MQ=255) gcgGTCCTGCGTGACATTCTCTTCGTTTACGGGCAAATCCATAACACCGTTCGTTTTCCCAACCTGAATCTCGACAACTCCGTCCACATCA‑CTAACCTGGTCTTTTCCATCTTGCGTAACGCTCGCGCGCTGCATGTGGGTGAAGCGCCAAATATGGTGGTCTGCTGGGGAGGTCACTCAA‑TTAACGAAAACGAGTATTTGTAGGCCCGTCGCGTCGGAAACCAGCTGGGCCTGCGTGAGCTGAATATCTg < 1:343363/251‑1 (MQ=255) cgttCCTGCTTGACATTCTCTTCGTGTTCGGGCAAATCCATAACACCTTTCGTTTTCCCAACCTGAATCTCTACAACTCCGTCCACATCA‑CTAACCTGGTCTTTTCCATCTTGCGTAACGCTCGCGCGCTGCATGTGTGTGAAGCGCCAAATATGGTGGTCTGCTGGGGAGGTCACTCAA‑TTAACGAAAACGAGTATTTGTATGCCAGGCGCGTCGGAAACCAGCTGTGCCTGCGTGAGCTGAATATCTGc < 2:392225/248‑1 (MQ=255) 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gCGTAACGCTCGCGCGCTGCATGTGGGTGAAGCGCCAAATATGGTGGTCTGCTGGGGAGGTCACTCAA‑TTAACGAAAACGAGTATTTGTATGCCCGTCGCGTCGGAAACCAGCTGGGCCTGCGTGAGCTGAATATCTGCACCGGCTGTGGTCCGGGAGCGATGGAAGCGCCGATGAAAGGTGCTGCGGTCGGACACGCGCAGCAGCGTTACAAAGACAGTCGTTTTATTGGTATGACAGAGCCGTCGAtt < 1:10265/250‑1 (MQ=255) ggTAACGCCCGCGCGTTGCATGGGGGTGAAGCGCCAAATATGGTGGTCTGCTGGGGAGGTCCCTCAA‑TTAACGAAAACGAGTATTTGTATGCCCGTCGCGTCGGAAACCAGCTGGGCCTGCGTGAGCTGAATATCTGCACCGGCTGTGGTCCGGGAGCGATGGAAGCGCCGATGAAAGGTGCTGCGGTCGGACACGCGCAGCAGCGTTACAAAGACAGTCGTTTTATTGGTATGACAGAGCCGTCGATTAt < 2:640850/250‑1 (MQ=255) aaCGCTCGCGCGCTGCATGTGGGTGAAGCGCCAAATATGGTGGTCTGCTGGGGAGGTCACTCAA‑TTAACGAAAACGAGTATTTGTATGCCCGTCGCGGCGGAAACCAGCTGGGCCTGCGGGAGCTGAATATCTGCTCCGGCTGTGGTCCGGGAGCGATGGAAGTGCCGATGAAAGGTGCTGCGGTCGGACACTCGCAGCAGCGTTACAAAGACAGTCGTTTTATTGGTATGACAGAGCCGTCGATTATcg < 1:655180/250‑1 (MQ=255) 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gtgGGTGAAGCGCCAAATATGGTGGTCTGCTGGGGAGGTCACTCAA‑TTAACGAAAACGAGTATTTGTATGCCCGTCGCGTCGGAAACCAGCTGGGCCTGCGTGAGCTGAATATCTGCACCGGCTGTGGTCCGGGAGCGATGGAAGCGCCGATGAAAGGTGCTGCGGTCGGACCCGTGCAGCAGCGTTAAAAAGACAGTCGTTTTATTGGTATGACAGAGCCGTCGATTATCGCCGCTGCACCGCCTAAccc > 2:266885/1‑251 (MQ=255) gtgGGTGAAGCGCCAAATATGGTGGTCTGCTGGGGAGGTCACTCAA‑TTAACGAAAACGAGTATTTGTATGCCCGTCGCGTCGGAAACCAGCTGGGCCTGCGTGAGCTGAATATCTGCACCGGCTGTGGTCCGGGAGCGATGGAAGCGCCGATGAAAGGTGCTGCGGTCGGACACGCGCAGCAGCGTTa < 1:323876/188‑1 (MQ=255) gtgGGTGAAGAGCCAAATATGGTGGTCTGCTGGGGAGGTCACTCAA‑TTAACGAAAACGAGTATTTGTATGCCCGTCGCGTCGGAAACCAGCTGGGCCTGCGTGAGCTGAATATCTGCACCGGCTGTGGTCCGGGAGCGATGGAAGCGCCGATGAAAGGTGCTGCGGTCGGACACGCGCAGCAGCGTTa > 2:323876/1‑188 (MQ=255) ggTGAAGCGCCAAATATGGTGGTCTGCTGGGGAGGTCACTCAA‑TTAACGAAAACGAGTATTTGTATGCCCGTCGCGTCGGAAACCAGCTGGGCCTGCGTGAGCTGAATATCTGCACCGGCTGTGGTCCGGGAGCGATGGAAGCGCCGATGAAAGGTGCTGCGGTCGGACACGCGCAGCAGCGTTACAAAGACAGTCGTTTTATTGGTATGACAGAGCCGTCGATTATCGCCGCTGAACCGCCTAACCCGCt < 1:90149/251‑1 (MQ=255) 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GGAACTGATTAATCCCCCGGAAGAGGCTTTTGTCGATGGGCGAATTATTCGCGCTTTGCAGGCCAACTTGTTCGCGGTCCTGCGTGACATTCTCTTCGTTTACGGGCAAATCCATAACACCGTTCGTTTTCCCAACCTGAATCTCGACAACTCCGTCCACATCA‑CTAACCTGGTCTTTTCCATCTTGCGTAACGCTCGCGCGCTGCATGTGGGTGAAGCGCCAAATATGGTGGTCTGCTGGGGCGGTCACTCAA‑TTAACGAAAACGAGTATTTGTATGCCCGTCGCGTCGGAAACCAGCTGGGCCTGCGTGAGCTGAATATCTGCACCGGCTGTGGTCCGGGAGCGATGGAAGCGCCGATGAAAGGTGCTGCGGTCGGACACGCGCAGCAGCGTTACAAAGACAGTCGTTTTATTGGTATGACAGAGCCGTCGATTATCGCCGCTGAACCGCCTAACCCGCTGGTCAACGAATTGATCATCATGCC > NC_000913/2926529‑2927014 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |