| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,806,897 | C→A | R296R (CGC→CGA) | proW → | glycine betaine ABC transporter membrane subunit ProW |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,806,897 | 0 | C | A | 91.1% | 119.5 / ‑3.0 | 49 | R296R (CGC→CGA) | proW | glycine betaine ABC transporter membrane subunit ProW |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/1); major base A (4/37); minor base G (3/1); total (9/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 9.16e-03 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TTGCTCTGCCGCCGATTATCCGTCTGACCATTCTGGGGATTAACCAGGTTCCGGCGGATC‑TGATTGAAGCCTCGCGCTCATTCGGTGCCAGCCCGCGCCAGATGCTGTTCAAAGTTCAGTTACCGCTGGCGATGCCGACCATTATGGCGGGCGTTA‑ACCAGACGCTGATGCTGGCCCTTTCTATGGTGGT‑CATCGCCTCGATGATTGCCGTCGGCGGGTTGGGTCAGATGGTACTT‑CGCGGTATCGGTCGTCTGGATATGGGGCTTGCCACCGTTGGCGGCGTCGGGATTGTGATCCTCGCCATTATCCTCGATCGTCTGACGCAGGCCGTTGGGCGCGACTCACGCAGTCGCGGCAACCGTCGCTGGTACACCACTGGCCCTGTTGGTCTGCTGACCCGCCCATTCATTAAGTAACTCTGCACTTGCCCGGTGACGCCGGGCATTATCACCCTGCCAAAAAAAGGAATAACAATGCG > NC_000913/2806659‑2807136 | ttGCTCTGCCGCCGATTATCCGTCTGACCATTCTGGGGATTAACCAGGTTCCGGCGGATC‑TGATTGAAGCCTCGCGCTCATTCGGTGCCAGCCCGCGCCAGATGCTGTTCAAAGTTCAGTTACCGCTGGCGATGCCGACCATTATGGCGGGCGTTA‑ACCAGACGCTGATGCTGGCCCTTTCTATGGTGGT‑CATCGCCTCGATGATTGCCGTCGGCGGGTTGGGTCAGATGGTACTT‑CGAGGTATCGgtc < 1:277953/249‑1 (MQ=255) gCTCTGCCGCCGATTATCCGTCTGACCATTCTGGGGATTAACCAGGTTCCGGCGGATC‑TGATTGAAGCCTCGCGCTCATTCGGTGCCAGCCCGCGCCAGATGCTGTTCAAAGTTCAGTTACCGCTGGCGATGCCGACCATTATGGCGGGCGTTA‑ACCAGACGCTGATGCTGGCCCTTTCTATGGTGGT‑CATCGCCTCGATGATTGCCGTCGGCGGGTTGGGTCAGATGGTACTT‑CGAGGTATCGgtcgtc < 1:625459/250‑1 (MQ=255) ccggggaggctCCGTATGCCCATTCTGGGGATTAACCAGGGTCCGGTGGATCGTAATT‑AAGTCTCGGGCTCATTCGGGGCTAGCCCGCGCCAGATGCTGTTAAAAGTTCAGTTACCTCTTGCGATACCGACCATTATGGCGGGCGTTA‑ACCAGACGCTGATGCTGGCCCTTTCTATGGTGGT‑CATTGCCTCGATGATTGCCGTCGGCGGGTTGGGTCAGATGGTACTT‑CGAGGTATTGGCCGTCTGGata < 2:157963/240‑1 (MQ=255) cgccgATTATCCGTCTGACCATTCTGGGGATTAACCAGGTTCCGGCGGATC‑TGATTGAAGCCTCGCGCTCATTCGGTGCCAGCCCGCGCCAGATGCTGTTCAAAGTTCAGTTACCGCTGGCGATGCCGACCATTATGGCGGGCGTTA‑ACCAGACGCTGATGCTGGCCCTTTCTATGGTGGT‑CATCGCCTCGATGATTGCCGTCGGCGGGTTGGGTCAGATGGTACTT‑CGAGGTATCGGTCGTCTGGATATg < 1:541624/251‑1 (MQ=255) 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gATGCTGGCCCTTTCTATGGTGGT‑CATCGCCTCGATGATTGCCGTCGGCGGGTTGGGTCAGATGGTACTT‑CGAGGTATCGGTCGTCTGGATATGGGGCTTGCCACCGTTGGCGGCGTCGGGATTGTGATCCTCGCCATTATCCTCGATCGTCTGACGCAGGCCGTTGGGCGCGACCCACGCAGTCGCGGCAACCGTCGCTGGTACACCACTGGCCCTGTTGGTCTGCTGACCCGCCCATTCATTAAGTAAc > 1:20729/1‑251 (MQ=255) gCTGGCCCTTTCTATGGTGGT‑CATCGCCTCGATGATTGCCGTCGGCGGGTTGGGTCAGATGGTACTT‑CGCGGTATCGGTCGTCTGGGTATGGGGCTTGCCACCGTTGGCGGCGTCGGGATTGTGATCCTCGCCATTATCCTCGATCGTCTGACGCCGGCCGTTGGGCGCGGCTCCCCCCGTCGCGGCCACCGTCGCTGGGACACCACTGGCCCCGTTGGTCTGCCGACACGCCCCTTCATTAAGTAActct > 2:578144/1‑251 (MQ=255) tGGCCCTTTCTATGGTGGT‑CATCGCCTCGATGATTGCCGTCGGCGGGTTGGGTCAGATGGTACTT‑CGAGGTATCGGTCGTCTGGATATGGGGCTTGCCACCGTTTGCGGCGTCGGGATTGTGATCCTCGCCATTATCCTCGATCGTCTGACGCAGGCCGTTGGGCGCGACTCACGCAGTCGCGGCAACCGTCCCCGGTACACCACTGGCCCTGTTGGTCTGCTGACCCGCCCATTCATTAAGTAActcttc > 1:316248/1‑249 (MQ=255) ggCCCTTTCTATG‑TGGTGCAGCGCTTCGTTGCTTGCCTTCGGCGGGGTGGGTCCGACGGTTCTT‑TGTGGTATCGTGCGTCTGGATAGGGGTCTTGCCACCGTTGGCGGGGGCGGGATTGTGAGCCTCGCCATTATCCTCGAGCGTCTGACGCAGTCCGTTGGGCGCGACTCACGCAGTCGCGGCAACCGTCGCTGGTATACCACTGGTCCTGTTGGTCTGCTTTCCCGCCCATTCATTAAGTAACGCTGc < 2:437377/250‑1 (MQ=255) ttCTATGGTGGT‑CAGCGCCGAGATGATGGCCGTCGGCGGGTGGGGTCAGAGGGTGCTT‑CGAGGGATCGGTCGTCTGGATATGGGGCTTGCCACCGTTGGCGGCGTCGGGATTGGTTTCCTCGCCATTATCCTCGATCGTCTGACGCAGGCCGTTGGGCGCGACTCACGCAGTCGCGGCAACCGTCGCTGGTACACCACTGGCCCTGTTGGTCTGCTGACCCGCCCATTCATTAAGTAACTCTGCACTTg < 2:523883/249‑1 (MQ=255) ggtggt‑CATCGCCTCGATGATTGCCGTCGGCTGGTTGGGTCAGATGGTACTT‑CGCGGTATCGGTCGTCTGGATATGGGGCTTGCCACCGTTGGCGGCGTCGGGATTGTGATCCTCGCCATTATCCTCGATCGTCTGACGCAGGCCGTTGGGCGCGACTCACGCAGTCGCGGCAACCGTCGCTGGTACACCACTGGCCCTGTTGGTCTGCTGACCCGCCca > 1:26734/1‑220 (MQ=255) t‑CATCGCCTCGATGATTGCCGTCGGCGGGTTGGGTCCGATGGTACTT‑CGAGGTATCGGTCGTCTGGATATGGGGCTTGCCACCGTTGGCGGCGTCGGGATTGTGATCCTCGCCATTATCCTCGaacggctg > 1:497449/1‑124 (MQ=255) t‑CATCGCCTCGATGATTGCCGTCGGCGGGTTGGGTCAGATGGTACTT‑CGAGGTATCGGTCGTCTGGATATGGGGCTTGCCACCGTTGGCGGCGTCGGGATTGTGATCCTCGCCATTATCCTCGATCGTCTg < 2:497449/131‑1 (MQ=255) tctCGCCTCGGTGATTGCCGTCGTCGGGTTGGGTCAGCTGGTACTT‑CGGGGTATCGGTCGGTTGGAGATGGGGCTGGCCACCGTTGGCCGCGTCGTGATTGTGATCCTCGCCATTATCCTCGATCGTCTGACGCAGGCCGTTGGGCGCGACTCACGCAGGCGCGGCAACCGTCGCTGGTACACCACTGGCCCTGTTGGTCTGCTGACCCGCCCATTCATTAAGTAACTCTGCACTTGCCCGGTGACGCCg < 2:58150/248‑1 (MQ=255) cGATGATTGCCGGCGGCGGGTTGGGTCAGATGGTACTT‑CGAGGTATCGGTCGTCTGGATATGGGGCTTGCCACCGTTGGCGGCGTCGGGATTGTGATCCTCGCCATTATCCTCGATCGTCTGACGCAGGCCGTTGGGCGCGACTCACGCAGTCGCGGCAACCGTCGCTGGTACACCACTGGCCCTGTTGGTCTGCTGACCCGCCCATTCATTAAGTAACTCTGCACTTGCCCGGTGACGCCGGGCATTATc < 1:646283/251‑1 (MQ=255) gCCGTCGGCGGGTTGGGTCAGATGGTACTA‑CGAGGTATCGGTCGTCTGGATATGGGGCTTGCCACCGTTGGCGGCGTCGGGATTGTGACCCTCGCCATTATCCTCGATCGTCTGACGCAGGCCGTTGGGCGCGACTCACGCAGTCGCGGCAACCGTCGCTGGTACACCACTGGCCCTGTTGGTCTGCTGACCCGCCCATTCATTAAGTAACTCTGCACTTGCCCGGTGACGCCGGGCATTATCACCCTGc < 1:316307/250‑1 (MQ=255) cggcggGTTGGGTCCAATGGTACTT‑CGGGGGATTGGGCGTCTGGGTATGGGGCTTGCCACCGTTGGCGGCGTCGGGATTGTGATCCTCGCCCTTTTCCTCGATCGTATGGCGCCGGCCGTTTGGGGCGGCTCCCTCCGTCGCCGCAACCGTCGCTGGGTCACCCCTGGCCCCTTTTGTCTCTTCACCCGCCCCTTTATTTAGGTACTTTCCACTTGCCCCGTGACGCCCGGCCTTATCcccccctccaaa > 2:160872/1‑242 (MQ=255) gcggGTTGGGTCAGATGGTACTT‑CGAGGTCTCGGTCGTCTGGTTATGGGGCTTGCCACCGTTGGCGGCGTCGGGATTGTGATCCTCGCCATTATCCTCGATCGTCTGACGCAGGCCGTTGGGCGCGACTCACGCAGTCGCGGCAACCGTCGCTGGTACACCACTGGCCCTGTTGGTCTGCTGACCCGCCCATTCATTAAGTAACTCTGCACTTGCCCGGTGACGCCGGGCATTATCACCCTGCCaaaaaaa < 1:123722/251‑1 (MQ=255) cggGTTGGGTCAGATGGTACTT‑CGAGGTATCGGTCGTCTGGATATGGGGCTTGCCACCGTTGGCGGCGTCGGGATTGTGATCCTCGCCATTATCCTCGATCGTCTGACGCAGGCCGTTGGGCGCGACTCACGCAGTCGCGGCAACCGTCGCTGGTACACCACTGGCCCTGTTGGTCTGCTGACCCGCCCATTCATTAAGTAACTCTGCACTTGCCCGGTGACGCCGGGCATTATCACCCTGCCAAAAAAAg < 1:578144/251‑1 (MQ=255) aTGGTACTT‑CGAGGTATCGGTCGTCTGGATATGGGGCTTGCCACCGTTGGCGGCGTCGGGATTGTGATCCTCGCCATTATCCTCGATCGTCTGACGCAGGCCGTTGGGCGCGACTCACGCAGTCGCGGCAACCGTCGCTGGTACACCACTGGCCCTGTTGGCCTGCTGACCAGCCCATTCATTAAGTAAATCTGCACCTGCCCGGTGACGCCGGGCATTATCACCCTGCCAAAACAAGGGATAACAATGCg > 2:158926/1‑251 (MQ=255) | TTGCTCTGCCGCCGATTATCCGTCTGACCATTCTGGGGATTAACCAGGTTCCGGCGGATC‑TGATTGAAGCCTCGCGCTCATTCGGTGCCAGCCCGCGCCAGATGCTGTTCAAAGTTCAGTTACCGCTGGCGATGCCGACCATTATGGCGGGCGTTA‑ACCAGACGCTGATGCTGGCCCTTTCTATGGTGGT‑CATCGCCTCGATGATTGCCGTCGGCGGGTTGGGTCAGATGGTACTT‑CGCGGTATCGGTCGTCTGGATATGGGGCTTGCCACCGTTGGCGGCGTCGGGATTGTGATCCTCGCCATTATCCTCGATCGTCTGACGCAGGCCGTTGGGCGCGACTCACGCAGTCGCGGCAACCGTCGCTGGTACACCACTGGCCCTGTTGGTCTGCTGACCCGCCCATTCATTAAGTAACTCTGCACTTGCCCGGTGACGCCGGGCATTATCACCCTGCCAAAAAAAGGAATAACAATGCG > NC_000913/2806659‑2807136 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |