| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,176,602 | C→T | P392P (CCC→CCT) | lolC → | lipoprotein release complex ‑ inner membrane subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,176,602 | 0 | C | T | 98.5% | 202.1 / ‑4.5 | 66 | P392P (CCC→CCT) | lolC | lipoprotein release complex ‑ inner membrane subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (26/38); total (27/39) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.15e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.62e-01 | |||||||||||
GATGGTCTTTATGGTGCAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAGCGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGCCAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCCTGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCCGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATG > NC_000913/1176359‑1176837 | gatgGTCTTTATGGTGCAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAGCGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGCCAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCCTGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAgg < 1:431121/251‑1 (MQ=255)gatgGGCTTTAGGGTGAAAGGTGCCAGCGCCGGGATTAGCGGTGCGGTCCTCGGAGCGGCGCTGGGCGCCCGGTTTGCCAGCCAGTTAAATAATCTGAGGCCGTTAATCGGCGTCCTGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGGGATGGCTTGCGCGCTGCTGTCTACGCTTTCCCCTTCAGGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAgg < 2:310087/251‑1 (MQ=255) tagTCTTTATGGTGCAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAGCGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGCCAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCCTGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCt > 1:66222/3‑251 (MQ=255) gTCTGTATGGTGCAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAGCGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGCCAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCCTGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCttt < 1:448920/251‑1 (MQ=255) ggTGCAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAGCGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGCCAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCCTGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATg > 1:679346/1‑251 (MQ=255) gTGCAAGGGGTCAGCGCCGGGATTAGCGTGGCGATACTCGGAGCGGCGCGTGGGGCCCGGCTTGCCAGCCAGTTAAATAATCTGAGGGCGATAATCGGCGTCCTGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCGGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGa < 2:182420/251‑1 (MQ=255) gCAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAGCGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGCCAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCCTGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAAt < 1:161832/251‑1 (MQ=255) 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gCGATCCGCGGAGCGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGCCAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCCTGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCtgt < 1:390474/251‑1 (MQ=255) aGCGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGCCAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCCTGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTAt > 1:128304/1‑251 (MQ=255) cgcCCTGCTTGCCAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCCTGATTGATGGCGCGGCGCTGCCGGAGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGATGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCCTGGCGCGCTGTCGCCACTCACCCTGCTGAGGCTTTACGTTTTGAATAAGATCCTGTTGCCATGCGACAACCtgttacagcgatatgcggaaggcggt > 2:580886/1‑228 (MQ=255) 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2:84866/1‑159 (MQ=255) gctgTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCg < 1:84866/159‑1 (MQ=255) gTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGc < 1:152187/251‑1 (MQ=255) gCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTg < 1:194662/159‑1 (MQ=255) gCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTg > 2:194662/1‑159 (MQ=255) ttACCCTGCAGGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCGTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCGGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGa < 1:327763/249‑1 (MQ=255) tCATGGCTCGCTGCCGCCACTCAACCGGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGGTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGAACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAAt < 2:393553/250‑1 (MQ=255) cgcgcTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGCTTTTTAATGGTCAGc > 1:141636/1‑251 (MQ=255) gcTGCCGCCACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCaa < 1:106651/251‑1 (MQ=255) ccgccACTCAACCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATg > 1:627737/1‑249 (MQ=255) aaCCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTattg > 2:166662/1‑226 (MQ=255) aaCCTGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATg < 1:166662/229‑1 (MQ=255) tcccGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGAt < 2:566710/214‑1 (MQ=255) aCCCGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGAt > 1:566710/1‑215 (MQ=255) | GATGGTCTTTATGGTGCAAGGGGCCAGCGCCGGGATTATCGGTGCGATCCTCGGAGCGGCGCTTGGCGCCCTGCTTGCCAGCCAGTTAAATAATCTGATGCCGATAATCGGCGTCCTGCTTGATGGCGCGGCGCTGCCGGTGGCTATCGAACCTTTACAGGTCATTGTTATTGCGCTGGTGGCGATGGCTATCGCGCTGCTGTCTACGCTTTACCCTTCATGGCGCGCTGCCGCCACTCAACCCGCTGAGGCTTTACGTTATGAATAAGATCCTGTTGCAATGCGACAACCTGTGCAAACGCTATCAGGAAGGCAGTGTGCAAACCGATGTGCTGCACAATGTCAGTTTCAGCGTCGGCGAAGGTGAAATGATGGCGATCGTCGGTAGCTCTGGTTCCGGTAAAAGTACCTTGCTGCACCTGCTGGGCGGGCTGGATACGCCAACCTCCGGCGATGTGATTTTTAATGGTCAGCCAATG > NC_000913/1176359‑1176837 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |