| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 1,133,273 | G→A | G234S (GGC→AGC) | flgE → | flagellar hook protein FlgE |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,133,273 | 0 | G | A | 94.7% | 152.3 / ‑1.0 | 59 | G234S (GGC→AGC) | flgE | flagellar hook protein FlgE |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/2); new base A (30/24); total (32/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.87e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.96e-01 | |||||||||||
GATGCAGATCAACCTGAATTCCAGTGATCCGCTTCCTAC‑TGTTACGCCATTCAGCGCCAGCAATGCGGATAGCTATAACAAAAAAGGTTCGGTGACTGTTTTCGACAGTCAGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAA‑TAACTGGCAGGTCTACACCCAGGATAGCAGTGATCCAAACAGCATTGCGAAGACAGCGACAACACTGGAATTTAATGCTAATGGCACATTAGTGGATGGTGCGATGGCGAATAATATCGCAACCGGCGCAATTAAC‑GGTGCAGAACCCGCCACGTTTAGTCTGAGCTTCCTCAACTCCATGCAGCAAAATACCGGCGCTAACAATATTGTGGCAACCACCCAGAACGGCTACAAACCGGGCGATCTGGTGAGTTATCAAATCAATGATGACGGTACGGTTGTCGGCAACTATTCCAACGAACAAACCCAACTGCTGGGGC > NC_000913/1133032‑1133510 | gATGCAGATCAACCTGAATTCCAGTGATCCGCTTCCTAC‑TGTTACGCCATTCAGCGCCAGCAATGCGGATAGCTATAACAAAAAAGGTTCGGTGACTGTTTTCGACAGTCAGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAA‑TAACTGGCAGGTCTACACCCAGGATAGCAGTGATCCAAACAGCATTGCGAAGACAGCGACAACACTGGAATTTAATGCTAATAGCACAtt > 1:307439/1‑249 (MQ=255) cAACCTGAATTCCAGTGATCCGCTTCCTAC‑TGTTACGCCATTCAGCGCCAGCAATGCGGATAGCTATAACAAAAAAGGTTCGGTGACTGTTTTCGACAGTCAGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAA‑TAACTGGCAGGTCTACACCCAGGATAGCAGTGATCCAAACAGCATTGCGAAGACAGCGACAACACTGGAATTTAATGCTAATAGCACATTAGTGGATGGt < 1:253643/250‑1 (MQ=255) gAATTCCAGTGATCCGCTTCCTAC‑TGTTACGCCATTCAGCGCCAGCAATGCGGATAGCTATAACAAAAAAGGATCGGTGACTGTTTTCGACAGTCAGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAA‑TAACTGGCAGGTCTACACCCAGGATAGCAGTGATCCAAACAGCATTGAGAAGACAGCGCCAACACTGGAATTTAATGCTAATAGCAAATTAGTGGCTgggccgctgg > 1:37482/1‑243 (MQ=255) aaTTCCAGTGATCCGCTTCCTAC‑TGTTACGCCATTCAGCGCCAGCAATGCGGATAGCTATAACAAAAAAGGTTCGGTGACTGTTTTCGACAGTCAGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAA‑TAACTGGCAGGTCTACACCCAGGATAGCAGTGATCCAAACAGCATTGCGAAGACAGCGACAACACTGGAATTTAATGCTAATGGCACATTAGTGGATGGTGCGATGGc < 1:256964/251‑1 (MQ=255) aaTTCCAGTGATCCGCTTCCTAC‑TGTTACGCCATTCAGCGCCAGCAATGCGGATAGCTATAACAAAAAAGGTTCGGTGACTGTTTTCGACAGTCAGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAA‑TAACTGGCAGGTCTACACCCAGGATAGCAGTGATCCAAACAGCATTGCGAAGACAGCGACAACACTGGAATTTAATGCTAATAGCACATTAGTGGATGGTGCGATGGc < 2:545332/251‑1 (MQ=255) ttCCAGTGATCCGCTTCCTAC‑TGTTACGCCATTCAGCGCCAGCAATGCGGATAGCTATAACAAAAAAGGTTCGGTGACTGTTTTCGACAGTCAGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAA‑TAACTGGCAGGTCTACACCCAGGATAGCAGTGATCCAAACAGCATTGCGAAGACAGCGACAACACTGGAATTTAATGCTAATAGCACATTAGTGGATGGTGCGATGGCg > 1:251175/1‑250 (MQ=255) ccAGTGATCCGCTTCC‑ACATGTTAATCCATTCAGTGCCATCAATGCGGATAGCTATAACAAAAAAGGTTCGGGGACGGGGTGTGACAGTCAGGGTAATGCTCATGACATGATCGTCTACTTTGTGAAGACCTGGGATAA‑TAACTGGCAGTGCTACATCCAGGATAGCAGTGATCCAAACAGCATTGCGAAGACAGCGACAACACTGGAATGTAATGCGAATAGCACATTATTGTAGGTTGCGAGGGCGaat < 2:443832/251‑1 (MQ=255) 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ccgctttccgatcgtggAAGACAGCCAAAACACTGAATTTTAATGCTAAATGCATATTAGTGGGTGGTGGGATGGCGAATATTTCCGCACCCGGCCCATGTACC‑GGGCCATAACCCGCCACGTTTAGTCTGAGCTTCCTCAACTCCATGCAGCAAAATACCGGCGCTAACAATATTGTGTCAACCTCCCAGAACGGCTTCAAACCGGGCGATCTGTTGAGTTATCAATTCAATGATGACGGTACGGTTggc < 2:664798/235‑3 (MQ=255) ccaaaacatcattcggAAGACAGCAACAACACTGAAATTTCTTCCAAATAGCTCATTGGTGGATGTGGCGATGGCTAATAATATCGCAACCGGCGCAATTACC‑GGTGCAGACCCCGCCACGTTTAGTCTGAGCTTCCTCAACTCCATGCAGCAAAATACCGGCGCTAACAATATTGTGGCAACCACCCAGAACGGCTACAAACCGGGCGATCTGGTGAGTTATCAAATCAATGATGACGGTACGGTTGTCg < 2:578478/236‑1 (MQ=255) gCGAAGACAGCGACAACACTGGAATTTAATGCTAATAGCACATTAGTGGATGGTGCGATGGCGAATAATATCGCAACCGGCGCAATTAAC‑GGTGCAGAACCCGCCACGTTTAGTCTGAGCTTCCTCAACTCCATGCAGCAAAATACCGGCGCTAACAATATTGTGGCAACCACCCAGAACGGCTACAAACCGGGCGATCTGGTGAGTTATCAAATCAATGATGACGGTACGGTTGTc > 1:664798/1‑237 (MQ=255) gAAGACAGCGACAACACTGGAATTTAATGCTAATAGCACATTAGTGGATGGTGCGATTGCGAATAATATCGCAACCGGCGCAATTAAC‑GGTGCAGAACCCGCCACGTTTAGTCTGAGCTTCCTCAACTCCATGCAGCAAAATACCGGCGCTAACAATATTGTGGCAACCACCCAGAACGGCTACAAACCGGGCGATCTGGTGAGTTATCAAATCAATAATGACGGTACGGTTGTCGGCAACTATTCCAACg > 1:127272/1‑251 (MQ=255) aCAGCGACAACACTGGAATTTAATGCTAATGGCACATTAGGGGATGGTGCGATGGCGAATAATATCGCAACCGGCGCAATTAAC‑GGTGCAGAACCCGCCACGTTTAGTCTGAGCTTCCTCAACTCCATGCAGCAAAATACCGGCGCTAACAATATTGTGGCAACCACCCAGAACGGCTACAAACCGGGCGATCTGGTGAGTTATCAAATCAATGATGACGGTACGGTTGTCGGCAACTATTCCAACGAACa < 1:619044/251‑1 (MQ=255) acTGGAATGTAATGCTAATAGCACATGAGTGGATGGTGCGAGGGCGAAAAATCGCGCAACCGGCGCAATTAAC‑GGTGCAGAACCCGCCACGTTTAGTCTGAGCTTCCTCAACTCCATGCAGCAAAATACCGGCGCTAACAATATTGTGGCAACCACCCAGAACGGCTACAAACCGGGCGATCTGGTGAGTTATCAAATCAATGATGACGGTGCGGTTGTCGGCAACTATTCCAACGAACAAACCCAActgc < 2:324121/251‑1 (MQ=255) cTGGAATTTAATGCTAATAGCACATTAGTGGATGGTGCGATGGCGAATAATATCGCAACCGGCGCAATTAAC‑GGTGCAGAACCCGCCACGTTTAGTCTGAGCTTCCTCAACTCCATGCAGCAAAATACCGGCGCTAACAATATTGTGGCAACCACCCAGAACGGCTACAAACCGGGCGATCTGGTGAGTTATCAAATCAATGATGACGGTACGGTTGTCGGCAACTATTCCAACGAACAAACCCAActgct > 1:13063/1‑251 (MQ=255) aaTTTACTGCTAATAGCACATTAGTGGATGGTGAGATGGCGAATAATATCGCAACAGGCGCAATTAAC‑GGTGCAGAAACCGCCACGTTTAGTGTGAGCTTCCTCAACTCCATGCAGAAAAATACCGGCGCTAACAATATTGTGGCCACCACCCAGAACTGCTACAAACCGGGCGCTCCGGTGAGTTAACAAATCAATGATGACGGTACGGTTGTCGGCCACTATTGCAACGAACACAACCAACTGATgggg > 2:63231/1‑251 (MQ=255) tAATGCTAATAGCACATTAGTGGATGGTGCGATGGCGAATAATATCGCAACCGGCGCAATTAAC‑GGTGCAGAACCCGCCACGTTTAGTCTGAGCTTCCTCAACTCCATGCAGCAAAATACCGGCGCTAACAATATTGTGGCAACCACCCAGAACGGCTACAAACCGGGCGATCTGAGGAGGTATCAAATCAATGATGACGGTACGGTTGTCGGCAACTATTCCTAAGAACAAACCCCACTGCTGGGGc > 2:465639/1‑248 (MQ=255) | GATGCAGATCAACCTGAATTCCAGTGATCCGCTTCCTAC‑TGTTACGCCATTCAGCGCCAGCAATGCGGATAGCTATAACAAAAAAGGTTCGGTGACTGTTTTCGACAGTCAGGGTAATGCTCATGACATGAGCGTCTACTTTGTGAAGACCGGGGATAA‑TAACTGGCAGGTCTACACCCAGGATAGCAGTGATCCAAACAGCATTGCGAAGACAGCGACAACACTGGAATTTAATGCTAATGGCACATTAGTGGATGGTGCGATGGCGAATAATATCGCAACCGGCGCAATTAAC‑GGTGCAGAACCCGCCACGTTTAGTCTGAGCTTCCTCAACTCCATGCAGCAAAATACCGGCGCTAACAATATTGTGGCAACCACCCAGAACGGCTACAAACCGGGCGATCTGGTGAGTTATCAAATCAATGATGACGGTACGGTTGTCGGCAACTATTCCAACGAACAAACCCAACTGCTGGGGC > NC_000913/1133032‑1133510 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |