| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,127,338 | G→A | G178D (GGC→GAC) | yceM → | putative oxidoreductase YceM |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,127,338 | 0 | G | A | 98.8% | 237.0 / NA | 83 | G178D (GGC→GAC) | yceM | putative oxidoreductase YceM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (41/41); minor base C (1/0); total (42/41) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.54e-01 | |||||||||||
GGCAGAAAATCTGCGCGATGCTGAACGGCTGGTGGAACTGGCGGCGCGGAAAAAACTGACGTTGATGGTCGGTTTTAACCGTCGTTTCGCACCACTCTACGGTGAGTTAAAAACGCAACTCGCCACCGCAGCCTCGCTAAGAATGGATAAACATCGTAGCAATAGCGTCGGGCCACACGATCTTTATTTCACGTTGCTGGATGATTATCTGCATGTGGTGGATACCGCGCTGTGGTTGTCGGGCGGCAAAGCCTCTCTGGATGGCGGTACGCTACTGACTAACGACGCTGGCGAAATGCTGTTTGCCGAGCACCATTTTTCGGCTGGTCCTTTGCAGATCACCACCTGTATGCATCGCCGTGCCGGAAGTCAGCGTGAAACCGTGCAGGCCGTGACTGACGGTGCGCTCATCGACATTACGGATATGCGCGAATGGCGTGAGGAGCGCGGGCAGGGCGTAGTGCATAAACCGATTCCTGGTTGG > NC_000913/1127093‑1127576 | ggCAGAAAATCTGCGCGATGCTGAACGGCTGGTGGAACTGGCGGCGCGGAAAAAACTGACGTTGATGGTCGGTTTTAACCGTCGTTTCGCACCACTCTACGGTGAGTTAAAAACGCAACTCGCCACCGCAGCCTCGCTAAGAATGGATAAACATCGTAGCAATAGCGTCGGGCCACACGATCTTTATTTCACGTTGCTGGATGATTATCTGCATGTGGTGGATACCGCGCTGTGGTTGTCGAGCGACaa > 1:500828/1‑249 (MQ=255) 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acacGATCTTTATTTCACGTTGCTGGATGATTATCTGCATGTGGTGGATACCGCGCTGTGGTTGTCGAGCGACAAAGCCTCTCTGGATGGCGGTACGCTACTGACTAACGACGCTGGCGAAATGCTGTTTGCCGAGCACCATTTTTCGGCTGGTCCTTTGCAGATCACCACCTGTATGCATCGCCGTGCCGGAAGTCAGCGTGAAACCGTGCAGGCCGTGACTGACGGTGCGCTCATCGACATTACGGata < 1:394018/251‑1 (MQ=255) cacGATCTTTATTTCACGTTGCTGGATGATTATCTGCATGTGGTGGATACCGCGCTGTAGTTGTCGAGCGACAAAGCCTCTCTGGATGGCGGTACGCTACTGACTAACGTCGCTGGCGAAATGCTGTTTGCCGAGCACCATTTTTCGGCTGGTCCTTTTCAGATCACCACCTGTATGCATCGCCGTGCCGGAAGTCAGCGTGAAACCGTGCAGGCCGTGACTGACGGTGCGCTCATCGACATTACGGatat < 2:525922/251‑1 (MQ=255) ttATTTCACGTTGCTGGATGATTATCTGCATGTGGTGGATACCGCGCTGTGGTTGTCGAGCGACAAAGCCTCTCTGGATGGCGGTACGCTACTGACTAACGACGCTGGCGAAATGCTGTTTGCCGAGCACCATTTTTCGGCTGGTCCTTTGCAGATCACCACCTGTATGCATCGCCGTGCCGGAAGTCAGCGTGAAACCGTGCAGGCCGTGACTGACGGTGCGCTCATCGACATTACGGATATGcgcg < 1:576035/248‑1 (MQ=255) ttATTTCACGTTGCTGGATGATTATCTGCATGTGGTGGAGACCGCGCTGTGGTTGTCGAGCGACAAAGCCTCTCTGGATGGCGGTACGCTACTGACTAACGACGCTGGCGAAATGCTGTTTGCCGAGCACCATTTTTCGGCTGGTCCTTTGCAGATCACCACCTGTATGCATCGCCGTGCCGGAAGTCAGCGTGAAACCGTGCAGGCCGTGACTGACGGTGCGCTCATCGACATTACGGATATGCGCGa < 1:304243/249‑1 (MQ=255) ttCACGTTGACGGATGATATTCTTCAGGTGGTGGATACCGCGCTGTGGTTGTCGAGCGACAAAGCCGCTCTGGATGGCGGTACGCTACTGTCTAACGGCGCTGGCGAAATGCTGTTTGCCGAGCACCATTTTTCGGCTGGTCCTTTGCAGATCGCCGCCGGTATGCATCGCCGTGCCGGAAGTCAGCTTGAAACCGTGCAGGCCGTGACTGACGGTGCGCTCTTCGACATTACGGATCTGCGCGTATGGc < 2:261479/250‑1 (MQ=255) gTTGCTGGATGATTCTCTGCATGTGGTGGATACCGCGCTGTGGTTGTCGAGCGACAAAGCCTCTCTGGATGGCGGTACGCTACTGACTAACGACGCTGGCGAAATGCTGTTTGCCGCGCACCATTTTTCGGCTGGTCCTTTGCAGATCACCACCTGTATGCATCGCCGTGCCGGAGGTCAACGTGAACACGTGCCGGCAGTGACTGACGGTGCGCTCCTCCAAATTCCGTATATGCGCGAATTGGGTgagg > 2:117395/1‑251 (MQ=255) 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ggTTGTCGAGCGACAAAGCCTCTCTGGATGGCGGTACGCTACTGACTAACGACGCTGGCGAAATGCTGTTTGCAGAGCACCATTTTTCGGCTGGTCCTTTGCAGATCACCACCTGTATGCATCGCCGTGCCGGAAGTCAGCGTGAAACCGTGCAGGCCGTGACTGACGGTGCGCTCATCGACATTACGGATATGCGCGAATGGCGTGAGGAGCGCGGGCAGGGCGTAGTGCATAAACCGATTCTTGGATgg > 1:399848/1‑251 (MQ=255) | GGCAGAAAATCTGCGCGATGCTGAACGGCTGGTGGAACTGGCGGCGCGGAAAAAACTGACGTTGATGGTCGGTTTTAACCGTCGTTTCGCACCACTCTACGGTGAGTTAAAAACGCAACTCGCCACCGCAGCCTCGCTAAGAATGGATAAACATCGTAGCAATAGCGTCGGGCCACACGATCTTTATTTCACGTTGCTGGATGATTATCTGCATGTGGTGGATACCGCGCTGTGGTTGTCGGGCGGCAAAGCCTCTCTGGATGGCGGTACGCTACTGACTAACGACGCTGGCGAAATGCTGTTTGCCGAGCACCATTTTTCGGCTGGTCCTTTGCAGATCACCACCTGTATGCATCGCCGTGCCGGAAGTCAGCGTGAAACCGTGCAGGCCGTGACTGACGGTGCGCTCATCGACATTACGGATATGCGCGAATGGCGTGAGGAGCGCGGGCAGGGCGTAGTGCATAAACCGATTCCTGGTTGG > NC_000913/1127093‑1127576 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |