| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,126,518 | C→T | A121V (GCC→GTC) | yceH → | DUF480 domain‑containing protein YceH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,126,518 | 0 | C | T | 98.2% | 172.9 / ‑4.5 | 56 | A121V (GCC→GTC) | yceH | DUF480 domain‑containing protein YceH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (27/28); total (28/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.53e-01 | |||||||||||
CAGAAAACGAACCGTGAACCGGTCATGAATCTGAGTGAATCCGAAGTGCAGGAACAGCTGGATAATCTGGTCAAACGTCATTATCTACGCACAGTGAGCGGTTTTGGTAATCGGGTCACCAAATATGAGCAACGTTTTTGTAATTCAGAATTTGGCGATCTGAAACTGAGCGCAGCGGAAGTGGCGTTAATCACCACGTTGTTATTGCGTGGTGCCCAGACGCCAGGTGAACTGCGCAGCCGCGCCGCGCGAATGTATGAATTCAGCGATATGGCGGAAGTGGAGTCGACGCTGGA‑ACAACTGGCAAATCGCGAAGATGGTCCTTTT‑GTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACATGCATCTTTTCAGTGGTGAGGTTGAAGATCAGCCGGCGGTGACGGATATGTCGAACGCGGTTGACGGTGATTTACAGGCCCGCGTCGAAGCCCTGGAAATCGAAGTGGCAGAACT > NC_000913/1126274‑1126761 | cAGAAAACGAACCGTGAACCGGTCATGAATCTGAGTGAATCCAAAGTGCAGGAACAGCTGGATAATCTGGTCAAACGTCATTATCTACGCACAGTGAGCGGTTTTGGTAATCGGGTCACCAAATATGAGCAACGTTTTTGTAATTCAGAATTTGGCGATCTGAAACTGAGCGCAGCGGAAGTGGCGTTAATCACCACGTTGTTATTGCGTGGTGCCCAGACGCCAGGTGAACTGCGCAGCCGCGTcgcgcg < 1:37561/251‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tATTGCGTGGTGCCCAGACGCCAGGTGAACTGCGCAGCCGCGTCGCGCGAATGTATGAATTCAGCGATATGGCGGAAGTGGAGTCGACGCTGGA‑ACAACTGGCAAATCGCGAAGATGGTCCTTTT‑GTGGTGCGTCTg < 1:106894/137‑1 (MQ=255) gcggggtgCCCAGGCGCCAGGTTAACTGCGCAGCCGCGTCGCGCGAATGTATGAATTCAGCGATATGGCGGAAGTGGGGGCGACGCTTGA‑GCAACTGGCAAATCGCGAAGATTGTCCTTTT‑GTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGGAAACGCGAAAACCGCTACATGCATCTTTTCAGTGGTGAGGTTGAAGATCAGCCGGCGGTGACGGATATGTCGAACGCGGTTGACGGTGATTTACAGGCCcgcg < 2:561599/247‑1 (MQ=255) gggtgCCCAGCCGCCAGGTGAACGGCGCAGCCGCGTCGCGCGAATGTATGAATTCAGCGATATGGCGGAAGTGGAGTCGACGCTGGA‑ACAACTGGCAAATCGAGAAGATGGTCCTTTT‑GAGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACATGCATCTTTTCAGTGGTGAGGTTGAAGATCAGCCGGCGGTGACGGATATGTCGAACGCGGTTGACGGTGATTTACAGGCCCGCGTCg < 2:235451/250‑1 (MQ=255) aCGCCAGGTGAACTGCGCAGCCGCGTCGCGCGAATGTATGAATTCAGCGATATGGCGGAAGTGGAGGCGACGCTGGA‑ACAACTGGCAAATCGCGAAGATGGTCCTTTT‑GTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACATGCATCTTTTCAGTGGTGAGGTTGAAGATCAGCCGGCGGTGACGGATATGTCGAACGCGGTTGACGGTGATTTACAGGCCCGCGTCGAAGCCCTGGa < 1:494562/251‑1 (MQ=255) cAGGTGAACTGCGCAGCCGCGTCGCGCGAATGTATGAATTCAGCGATATGGCGGAAGTGGAGTCGACGCTGGA‑ACAACTGGCAAATCGCGAAGATGGTCCTTTT‑GTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACATGCATCTTTTCAGTGGTGAGGTTGAAGATCAGCCGGCGGTGACGGATATGTCGAACGCGGTTGACGGTGATTTACAGGCCCGCGTCGAAGCCCTGGAAATc > 1:37916/1‑251 (MQ=255) gcAGCCGCGTCGCGCGAATGTATGAATTCAGCGATATGGCGGAAGTGGAGTCGACGCTGGA‑ACAACTGGCAAATCGCGAAGATGGTCCTTTT‑GTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACATGCATCTTTTCAGTGGTGAGGTTGAAGATCAGCCGGCGGTGACGGATATGTCGAACGCGGTTGACGGTGATTTACAGGCCCGCGTCGAAGCCCTGGAAATCGAAGTGGCAGaa < 1:572443/251‑1 (MQ=255) aGCCGCGTCGCGCGAATGTATGAATTCAGCGATATGGCGGAAGTGGAGTCGACGCTGGA‑ACAACTGGCAAATCGCGAAGATGGTCCTTTT‑GTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACATGCATCTTTTCAGTGGTGAGGTTGAAGATCAGCCGGCGGTGACGGATATGTCGAACGCGGTTGACGGTGATTTACAGGCCCGCGTCGAAGCCCTGGAAATCGAAGTGGCAGAACt < 1:73738/251‑1 (MQ=255) | CAGAAAACGAACCGTGAACCGGTCATGAATCTGAGTGAATCCGAAGTGCAGGAACAGCTGGATAATCTGGTCAAACGTCATTATCTACGCACAGTGAGCGGTTTTGGTAATCGGGTCACCAAATATGAGCAACGTTTTTGTAATTCAGAATTTGGCGATCTGAAACTGAGCGCAGCGGAAGTGGCGTTAATCACCACGTTGTTATTGCGTGGTGCCCAGACGCCAGGTGAACTGCGCAGCCGCGCCGCGCGAATGTATGAATTCAGCGATATGGCGGAAGTGGAGTCGACGCTGGA‑ACAACTGGCAAATCGCGAAGATGGTCCTTTT‑GTGGTGCGTCTGGCCCGCGAACCGGGTAAACGCGAAAACCGCTACATGCATCTTTTCAGTGGTGAGGTTGAAGATCAGCCGGCGGTGACGGATATGTCGAACGCGGTTGACGGTGATTTACAGGCCCGCGTCGAAGCCCTGGAAATCGAAGTGGCAGAACT > NC_000913/1126274‑1126761 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |