| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,112,209 | C→T | D449D (GAC→GAT) | opgH → | osmoregulated periplasmic glucans biosynthesis protein H |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,112,209 | 0 | C | T | 98.7% | 236.2 / NA | 76 | D449D (GAC→GAT) | opgH | osmoregulated periplasmic glucans biosynthesis protein H |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base T (49/25); minor base G (0/1); total (49/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.47e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GAACGCCGGGATCATTCAGTCGTCGCCGAAAGCGTCCGGTATGGATACGCTGTATGCGCGCTGTCAGCAGTTCGCGACCCGCGTGTATGGGCCACTGTTTACAGCCGGTTTGCACTTCTGGCAACTTGGCGAGTCGCACTACTGGGGACATAACGCGATTATCCGCGTGAAACC‑GTTTATCGAGCACTGCGCACTGGCTCCGCTGCCGGGCGAAGGTTCCTTTGCCGGTTCAATCCTGTCACATGACTTCGTGGAAGCGGCGTTGATG‑CGCCGTGCAGGTTGGGGGGTCTGGATTGCTTACGATCTCCCGGGTTCTT‑ATGAAGAATTGCCGCCTAACTTGCTTGATGAGCTAAAACGTGACCGCCGATGGTGCCAC‑GGTAACCTGATGAACTTCCGTCTGTTCCTGGTGAAGGGTATGCACCCGGTTCACCGTGCGGTGTTCCTGACGGGCGTGATGTCTTATCTCTCCGCTCCGCTGTGGTTTATGTTCCTC > NC_000913/1111963‑1112455 | gAACGCCGGGATCATTCAGTCGTCGCCGAAAGCGTCCGGTATGGATACGCTGTATCCGCGCTGTCAGCAGTTCGCGACCCGCGTGTCTGGGCCACTGTTTACAGCCGGTTTGCACTTCTGGCAACTTGGCGAGTCGCACTACTGGGGACATAACGCGATTATCCGCGTGAAACC‑GTTTATCGAGCACTGCGCACTGGCTCCGCTGCCGGGCGAAGGTTCCTTTGCCGGTTCAATCCTGTCACATGATTTCg > 1:88458/1‑251 (MQ=255) 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ggTTCCTTTGCCGGTTCAATCCTGTCACATGATTTCGTGGAAGCGGCGTTGATG‑CGCCGTGCAGGTTGGGGGGTCTGGATTGCTTACGATCTCCCGGGTTCTT‑ATGAAGAATTGCCGCCTAACTTGCTTGATGAGCTAAAACGTGACCGCCGATGGTGCCAC‑GGTAACCTGATGAACTTCCGTCTGTTCCTGGTGAAGGGTATGCACCCGGTTCACCGTGCGGTGTTCCTGACGGGCGTGATGTTTTAtct > 1:299713/1‑251 (MQ=255) cTTTGACGGTTCAATCCCATCAAATGATTTCGTGGAAGCGGCGTTTATG‑CGCAGTGCACGTTGGGGGATCTTGATTGCTTACGATCGCCCGGGTTCTT‑ATGACGAATTGCCGCCTAACTTGCTTGATGAGCTAAAACGTGACCGCCGATGGCGCCAC‑GGTAACCTGATGTCCTTCCGTCTGTTCCTAGTGACGGTAATGCAACCGGTTCACCGTGCGTAGTTCATGCAGGGCGTGATGTTTTATCTctccg > 2:85107/1‑251 (MQ=255) tGCCGGTTCAATCCTGTCACCTGATTTCGTGGAAGCGGCGTTGATG‑CGCCGTGCAGGTTGGGGGGTCTGGATTGCTTACGATCTCCCGGGTTCTT‑ATGAAGAATTGCCGCCTAACTTGCTTGATGCGCTAAAACGTGCCCGCCGATGGTGCCAC‑GGTAACCTGATGAACTTCCGTCTGTTCCTGGCGAAGGGTATGCACCCGGTTCACCGGGCGGGGTTCCTGACGGGCGTGATGTTTAATCTctccgctc > 2:161424/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |