| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,110,033 | G→A | Q233Q (CAG→CAA) | opgG → | osmoregulated periplasmic glucans biosynthesis protein G |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,110,033 | 0 | G | A | 92.9% | 111.6 / ‑1.2 | 43 | Q233Q (CAG→CAA) | opgG | osmoregulated periplasmic glucans biosynthesis protein G |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base A (20/19); total (23/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.96e-01 | |||||||||||
CGGGGCCAGCTATTTCCGCGTGATTGGTGCAGGTCAGGTTTATGGCCTTTCTGCCCGCGGCCTGGCAATTGATACCGCCTTGCCATCGGGTGAAGAATTTCCGCGCTTCAAAGAGTTCTGGATCGAGCGTCCAAAACCGACTGATAAACGTTTAACCATCTATGCATTGCTTGACTCGCCGCGTGCGACAGGTGCTTACAAATTCGTGGTTATGCCAGGGCGTGACACGGTTGTGGATGTGCAGTCGAAAATCTATCTGCGCGATAAAGTCGGCAAACTGGGGGTTGCACCGTTAACCAGTATGTTCCTGTTTGGGCCGAACCAACCGTCGCCTGCAAATAACTATCGTCCGGAGTTGCACGACTCTAACGGTCTCTCTATCCATGCCGGTAATGGCGAATGGATCTGGCGTCCGTTGAATAACCCGAAACATTTAGCGGTCAGCAGCTTCTCCATGGAAAACCCGCAAGGCTTTGG > NC_000913/1109790‑1110266 | cGGGGCCAGCTATTTCCGCGTGATTGGTGCAGGTCAGGTTTATGGCCTTTCTGCCCGCGGCCTGGCAATTGATACCGCCTTGCCATCGGGTGAAGAATTTCCGCGCTTCAAAGAGTTCTGGATCGAGCGTCCAAAACCGACTGATAAACGTTTAACCATCTATGCATTGCTTGACTCGCCGCGTGCGACAGGTGCTTACAAATTCGTGGTTATGCCAGGGCGTGACACGGTTGTGGATGTGCAATCGaaaa < 1:619374/251‑1 (MQ=255) aTTGGTGCAGGTCAGGTTTATGGCCTTTCTGCCCGCGGCCTGGCAATTGATACCGCCTTGCCATCGGGTGAAGAATTTCCGCGCTTCAAAGAGTTCTGGATCGAGCGTCCAAAACCGACTGATAAACGTTTAACCATCTATGCATTGCTTGACTCGCCGCGTGCGACAGGTGCTTACAAATTCGTGGTTATGCCGGGGCGTGACACGGTTGTGGATGTGCAATCGAAAATCTATCTGCGCGATAAAGTCgg > 1:142055/1‑251 (MQ=255) aTTGGTGCAGGTCAGGGTTATGGCCTTTCTGCCCGCGGCCTGGCAATTGATACCGCCTTGCCATCGGGTGAAGAATTTCCGCGCTTCAAAGAGTTCTGGATCGAGCGTCCAAAACCGACTGATAAACGTTTAACCATCTATGCATTGCTTGACTCGCCGCGTGCGACAGGTGCTTACAAATTCGTGGTTATGCCAGGGCGTGACACGGTTGTGGATGTGCAATCGAAAATCTATCTGCTCGATAAAGTCgg < 1:162420/251‑1 (MQ=255) gCAGGTCAGGTTTATGGCCTTTCTGCCCGCGGCCTGGCAATTGATACCGCCTTGCCATCGGGTGAAGAATTTCCGCGCTTCAAAGAGTTCTGGATCGAGCGTCCAAAACCGACTGATAAACGTTTAACCATCTATGCATTGCTTGCCTCGCCGCGTGCGACAGGTGCGTACAAATTCGTGGTTATGCCAGGGCGTGACACGGTTGTGGATGTGCAATCGAAAATCTATCTGCGCGATAAAGTCGGCAAACt < 1:247193/251‑1 (MQ=255) 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cGTGACACGGTTGTGGATGTGCAATCGAAAATCTATCGGCGCGATAAAGTCGGCAAACTGGGGGTTGCACCGTTAACCAGTATGTTCCTGTTTGGGCCGAACCAACCGTCGCCTGCAAATAACTATCGt < 1:96663/129‑1 (MQ=255) gTGAAACGGTTGTGGATGTGCAATCGAAAATCTATCTGCGCGATAAAGTCGGCAAACTGGGGGTTGCACCGTTAACCAGTATGTTCCTGTTAGGGCCGAACAAACCGTCGCCTGCAAATAACTATCGTCCGGAGTTGCTCGACTCTAACGGTCTCTCTATCCATGCCGGTAATGGCGAATGGCTCTGGCGTCCGGTGAATACCCATAAACATTTAGCGGTCAGCAGCTTCTCCAAGGAAAACCCGCAAGGc > 2:358936/1‑251 (MQ=255) acGGTTGTGGATGTGCAATCGAAAATCTTTCTGCGCGATACAGTCGGCAAACTGGGGGGTGCACCGTTAACCAGTATGTTCCTGGTTGGGCCGAACCAACCGTCGCCTGCAAATAACTATCGTCCGGAGTTGGACGACTCTAACGGTCTCTCTATCCATGCCGGTAATGGCGAATGGAACTAGCGTCCGTTGCATAACCCGAAACATTTAGCGGTCAGCAGCTTCTCCATGGCAAACCCGCCAGGCTTTgg > 2:25453/1‑251 (MQ=255) acGGATGTGGATGTGCAATCGACACTCTATCTGCGCGATACAGACGGCAAACTGGGAGTTGCACCGCTAACCAGTATGTTCCTGTTTGGGCCGAACCAACCGTCGCCTGCAAATAACTATCGTCCGGAGTTGCACGACTCTAACGGCCTCTCTATCCATGCCGGTAATGGCGAATGGATCTGGCGTCCGTTGAATAACCCGAAACATTTAGCGGTCCGCACCTTCTCCATGGAAAACCCggcgggctttgt > 2:597629/1‑240 (MQ=255) | CGGGGCCAGCTATTTCCGCGTGATTGGTGCAGGTCAGGTTTATGGCCTTTCTGCCCGCGGCCTGGCAATTGATACCGCCTTGCCATCGGGTGAAGAATTTCCGCGCTTCAAAGAGTTCTGGATCGAGCGTCCAAAACCGACTGATAAACGTTTAACCATCTATGCATTGCTTGACTCGCCGCGTGCGACAGGTGCTTACAAATTCGTGGTTATGCCAGGGCGTGACACGGTTGTGGATGTGCAGTCGAAAATCTATCTGCGCGATAAAGTCGGCAAACTGGGGGTTGCACCGTTAACCAGTATGTTCCTGTTTGGGCCGAACCAACCGTCGCCTGCAAATAACTATCGTCCGGAGTTGCACGACTCTAACGGTCTCTCTATCCATGCCGGTAATGGCGAATGGATCTGGCGTCCGTTGAATAACCCGAAACATTTAGCGGTCAGCAGCTTCTCCATGGAAAACCCGCAAGGCTTTGG > NC_000913/1109790‑1110266 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |