| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,054,855 | G→A | Q442* (CAG→TAG) | torS ← | sensor histidine kinase TorS |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,054,855 | 0 | G | A | 97.4% | 236.5 / NA | 79 | Q442* (CAG→TAG) | torS | sensor histidine kinase TorS |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base A (38/38); minor base C (2/0); total (41/38) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.94e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
AGCGGGCGCGGTTCAAAGGGCTCATCGCTGACCGAAACATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAACATTGCTGCGAAACGCATCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCGGGAAAGGGGAGTCAATATCACCGTCCAGCAGCCGTTGCAGCGCCTGCGTTTGTTCGGCA > NC_000913/1054608‑1055099 | ggcGGGCGCGGTTCAAAGGGCTCATCGCTGACCGAAACATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCctagct < 2:344302/250‑1 (MQ=255) gcgcGGTTCAAAGGGCTCATCGCTGACCGAAACATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCtt < 2:541084/251‑1 (MQ=255) cgcgGTTCAAAGGGCTCATCGCTGACCTAAACATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATTGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCttt < 1:32886/251‑1 (MQ=255) aaaGGGCTCATCGCTGACCTAAACATTCTTGCCCTCTGCGTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCTGTGTGCGGATCTCATGTCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCtt < 2:129315/251‑1 (MQ=255) aaGGGCTCATCGCTGACCGAAACATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTCGCTGGCTTTTTCTGCTTc > 1:96429/1‑251 (MQ=255) cTCATCGCTGACCGAAACATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGccc > 1:266905/1‑251 (MQ=255) gCTGACCGAAACATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCt < 1:387500/251‑1 (MQ=255) cATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCt < 1:632542/251‑1 (MQ=255) tCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATc > 1:680445/1‑251 (MQ=255) caggCCACCTGCGTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGGTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTATCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTggcg < 1:461493/237‑4 (MQ=255) cTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTCGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATcc > 2:145770/1‑250 (MQ=255) cTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTcc > 1:552391/1‑251 (MQ=255) gCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTg < 1:145770/251‑1 (MQ=255) 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gAATAATCGAGAATATCGGTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGt < 1:153894/251‑1 (MQ=255) cGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTACTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGGTCTATCAACAGTTCCTGCAAttacgctttacgcact > 2:369432/1‑237 (MQ=255) ggttagatCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTACCCAGAGTCCGTAATTTCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATTCCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCTGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTTCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTTCTGCAATTCAGCTGTTCGCGCtt < 2:401742/245‑1 (MQ=255) 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tATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAACATTGCTGCGAAACGCATCCATCAGCCGCCCGATGGTATcc > 1:432286/1‑251 (MQ=255) gCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAACATTGCTGCGAAACGCATCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAg < 1:186496/248‑1 (MQ=255) gCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTAGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAACATTGCTGCGAAACGCATCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCt < 2:278512/250‑1 (MQ=255) 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AGCGGGCGCGGTTCAAAGGGCTCATCGCTGACCGAAACATTCTTGCCACCTGCTTCGATAGCGGAATAATCGAGAATATCGTTGAGGATGGTCAGCAACGATTCACCAGAGTCAGTAATTGCCCGCAAATCATCACGCTGGGCGTTAAGTGCGGGGTTATCTGCCAGCAGTTGAGCAGTGCCGAGAATACCGTACAGCGGTGTGCGGATCTCATGGCTCATCGCCGCCAGAAACGCCGATTTTGCCTGGCTGGCTTTTTCTGCTTCCGCCCGTGCCTGTCGGTGTTCTATCACCAGTTCCTGCAATTCAGCTGTACGCGCTTTGACCTGCGCCGCCAGCTGTTCGCGGTGGCGATTCAGTGCATGAACATTGCTGCGAAACGCATCCATCAGCCGCCCGATGGTATCCAGCTCCCGTACGCCAGCGGTTTCCGGGAAAGGGGAGTCAATATCACCGTCCAGCAGCCGTTGCAGCGCCTGCGTTTGTTCGGCA > NC_000913/1054608‑1055099 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |