| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 297,187 | G→C | intergenic (‑91/+194) | intF ← / ← yagP | putative phage integrase/putative LysR family substrate binding domain‑containing protein YagP |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 297,187 | 0 | G | C | 94.3% | 103.8 / 0.4 | 36 | intergenic (‑91/+194) | intF/yagP | putative phage integrase/putative LysR family substrate binding domain‑containing protein YagP |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base C (21/12); total (22/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.07e-01 | |||||||||||
GTTTTTTCCCTTCCGGTAAGGTGAATCTGCGAAGTCTTTCGAAGGTAAATTTTTGTCTTGAAAGCGCCATTTTTCGGCTCCAGTTGAGAATTGCTGTCTTACAATAATGTAACTGCTGGTGTAAGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTAATTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGGTGTTTTATAATATAAAGTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTAGTTAAAAATGCATTAACATCGCATTCGTAATGCGAAGGTCGTAGGTTCGACTCCTATTATCGGCACCATTAAAATCAAAGAGTTACCCCATATTTAAATACACCACGTTTCCTCCTGTGCCGTATTTGTGCCATTGTAACCTTGGCAATTCATCAAAATACTGTTCTGACATCAGGCAGTGCAGGTGCAGACATTTAAGCCAATTGCTGCCGCCATTCTTTGACGTAGTCAATCAGGGCGCGGAGCT > NC_000913/296952‑297433 | gtttTTTCCCTTCCGGAAAGGAGAATCTGCGAAGTCTTTCGAAGGTAAATTTTTGTCTTGAAAGCGCCATTTTTCGGCTCCAGTTGACAATTGCTGTCTTACAATAATGTAACTGCTGGTGTAAGTAAATGGAGGGAATAAACATCAACTTTTGTTACTTTCAATCAACGGGTTTATTGCTATAACTTGGTGTTTTATAATATAAATTATGTTGTTTTGATTGATTGCTCAAGTACTTACAAATGCATTa > 2:333446/1‑250 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 18 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |