| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 17,830 | T→C | A114A (GCT→GCC) | nhaA → | Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 17,830 | 0 | T | C | 97.8% | 142.2 / ‑4.4 | 46 | A114A (GCT→GCC) | nhaA | Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (21/24); total (22/24) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.06e-01 | |||||||||||
CCAGTGGATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTGCCGGCATTACTCTATCTGGCTTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCTTTTGCACTTGGTGTACTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTACT > NC_000913/17589‑18069 | ccAGTGGATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTAt < 1:507176/251‑1 (MQ=255) aGTGGATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATTATTGTTCCGGCATTACTCTATCGGGCCTTTATCTATGc < 2:85633/251‑1 (MQ=255) tGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGccgatcc > 1:385949/1‑251 (MQ=255) ggtattatgacttgttggcgtcgctggTTCAGCTCCGGGTTGGTTCCATCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTGCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCATCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCTCTATTGGGGGGAGGATTGTGCCGGCATTACTCTATCTGGGCTTTAACTATGccgatccg < 2:86043/226‑1 (MQ=255) 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cGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGctc < 1:8056/251‑1 (MQ=255) ggAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGTTCGCTAGCCAGCTTGCGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGACATTTCTCTATCTGGGCTTTAACTATGCCGCGCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGTCTTTGCACTTGGTGTCCTGGCGCTGGTGGGAAGGCGTGTTTCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTAATGGCCCTGGCta < 2:238315/251‑1 (MQ=255) aGTTAAACGTGAACTGTTGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTTTCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGTGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTTTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCtatta < 1:562080/251‑1 (MQ=255) 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CCAGTGGATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTGCCGGCATTACTCTATCTGGCTTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCTTTTGCACTTGGTGTACTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCGCGGCTGTAGCAATTGCGGTACT > NC_000913/17589‑18069 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |