| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 17,809 | G→T | V107V (GTG→GTT) | nhaA → | Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 17,809 | 0 | G | T | 96.0% | 140.1 / ‑5.2 | 50 | V107V (GTG→GTT) | nhaA | Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base T (22/26); total (23/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.42e-01 | |||||||||||
GATTATGGCCAACAGCGGCGCAACCAGTGGATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTGCCGGCATTACTCTATCTGGCTTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCTTTTGCACTTGGTGTACTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCG > NC_000913/17566‑18047 | gatTATGGCCAATAGCGGCGCAACCAGTGGATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCAt < 1:302690/251‑1 (MQ=255)gatTATGGCCAATAGCGGCGCAACCAGAGGATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGCATTTTTCCTGTTAGTCGGTATGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGGTCGCAAGCCCGCTTACGCCCGGCCGCCTTTCCCATTATCTCCGCTTTTGGGGGGGTGGTTGTTTCGGCAt > 2:489911/1‑251 (MQ=255) atTATGGCCAATAGCGGCGCAACCAGTGGATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGGAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGTTCGCTAGCCAGCTTTCGCCAGGCCGCCTTTCCAGTTATCGCCGCTATTTGGGGGATGTGTGTTCCGGCAtt > 2:8056/1‑251 (MQ=255) ttATGGCCAATAGCGGCGCAACCAGTGGATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCAtt > 1:85633/1‑250 (MQ=255) 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ggAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGTTCGCTAGCCAGCTTGCGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGACATTTCTCTATCTGGGCTTTAACTATGCCGCGCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGTCTTTGCACTTGGTGTCCTGGCGCTGGTGGGAAGGCGTGTTTCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTAATGGCCCTGGCta < 2:238315/251‑1 (MQ=255) aGTTAAACGTGAACTGTTGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTTTCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGTGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTTTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCtatta < 1:562080/251‑1 (MQ=255) gTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCtattat > 1:9131/1‑251 (MQ=255) 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cgcTATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTTATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCctctc < 1:290283/251‑1 (MQ=255) tATTGGTGGGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTg > 1:624202/1‑251 (MQ=255) ggttggATGATTGTTCCTGCATTTCTCTGTCCGGCCTTTAAGTATGCCGATCCGATTACCCGTTGAGGGTGGGCTATCCCGGCTGCTACTGAGATTGCCTTTGCACTTGGTCTGCTGGCTCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTATCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTACCTACGATCTTGGGGCCATCATGATCATCGAATTGTTCTACAATAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCg < 2:176102/246‑1 (MQ=255) tggGATGATTGTTCCGGCATTACTCTATCTGGCCTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCCTTTGCACTTGGTGTGCTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTcg > 1:199864/1‑251 (MQ=255) | GATTATGGCCAACAGCGGCGCAACCAGTGGATGGTATCACGACTTTCTGGAGACGCCGGTTCAGCTCCGGGTTGGTTCACTCGAAATCAACAAAAACATGCTGTTATGGATAAATGACGCGCTGATGGCGGTATTTTTCCTGTTAGTCGGTCTGGAAGTTAAACGTGAACTGATGCAAGGATCGCTAGCCAGCTTACGCCAGGCCGCATTTCCAGTTATCGCCGCTATTGGTGGGATGATTGTGCCGGCATTACTCTATCTGGCTTTTAACTATGCCGATCCGATTACCCGCGAAGGGTGGGCGATCCCGGCGGCTACTGACATTGCTTTTGCACTTGGTGTACTGGCGCTGTTGGGAAGTCGTGTTCCGTTAGCGCTGAAGATCTTTTTGATGGCTCTGGCTATTATCGACGATCTTGGGGCCATCATTATCATCGCATTGTTCTACACTAATGACTTATCGATGGCCTCTCTTGGCGTCG > NC_000913/17566‑18047 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |