| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 17,085 | T→C | intergenic (+75/‑404) | sokC → / → nhaA | small regulatory RNA antitoxin SokC/Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 17,085 | 0 | T | C | 92.3% | 33.4 / ‑4.9 | 13 | intergenic (+75/‑404) | sokC/nhaA | small regulatory RNA antitoxin SokC/Na(+):H(+) antiporter NhaA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (9/3); total (10/3) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCCTCGGGTTGA‑TGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGGCCTAACAAGCATCGCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTT > NC_000913/16847‑17314 | cgcgggggtaaatcggATGACCATCAGGGCTACATTCACCTCCTTCTGTTGCTTCATTCCCCTCTTCCCCTTCATCTCCCGGTCGGAAAGGGCCCCTCTACATGTTTTCAGTAGATGGGGGGCCTCGG‑TTGAATAGAAAAATATCCCCCGGGTTTTTTTTCTATCTCCCGTTCAGATAATCCCTAAGACATATAGCCAAAACCTCCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTCTGTTTTATCGAt < 1:522452/236‑1 (MQ=255) ggcggTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTTGA‑TAGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGATAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCt > 1:204489/1‑251 (MQ=255) aCAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGATATCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTTGA‑TAGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGATAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGACAACGCCTCGCAtttttttg > 2:395651/1‑248 (MQ=255) cATTGCTCTCTTCTACGTGAACTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACCTGTGTTCAGCATATAGAGGGCCTCGGGTTGA‑TAGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGATAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTACTCCTGAAGACGCATCGCATATCTGAGGCGTAATTTTTTGATGATTTAat > 2:470459/1‑251 (MQ=255) ctctTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTTGA‑TAGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGATAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTa > 1:300693/1‑250 (MQ=255) gagGCACTCTTCATGTGGTCAGCATATAGGGGGCCTCGGGTTGA‑TAGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCATGAGCCAGATAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATCTCGCTCTCTTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGCCGCCGCATCGAATTCTTGTGGCGAATTTTTTTACTGCTTTAATTATTTAACTTTATTTTATATCtttatagtaatttt > 2:150418/1‑239 (MQ=255) ttGA‑TAGTAAAAAATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGATAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTGTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCATAGCATTTTTGTGGCGTACTTTTTTCATGGTTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTTATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGaaaacttgtcttaac > 2:249995/1‑238 (MQ=255) cTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGATAGCCTCAAGAACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAAACCATTCTGTTTTATCGATTCTATTCCTGAAGACGCATCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTTATCGCAATTATTGACACCAAGCTGGCTTATTTTTGAAATATTGTCCTAACAAATACCGACGACTGACAAGAAATTAATTATTACtt > 2:8731/1‑251 (MQ=255) tGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGATAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTTATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGTCCTAACAAATAACGCCGACTGACAAGAAATTAATTATTACttt > 1:161050/1‑251 (MQ=255) agCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCTTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGGCCTAACAAGCATCGCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCAc > 2:12808/1‑251 (MQ=255) aacacACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTTATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGTCCTAACAAATAACGCCGACTGACAAGAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGAAATCCTCACCTTaa < 1:547729/247‑1 (MQ=255) ccgccgCTATTATATCGCCCTCGTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAATACGCCGCGCAATTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTTATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGTCCTAACAAATAACGCCGACTGACAAGAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGAAATCCTCACCTTAAGCTAt < 2:6746/249‑1 (MQ=255) tCGCTCTCTTTAACCCATTCTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTTATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGTCCTAACAAATAACGCCGACTGACAAGAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGAAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTGGGCtt > 1:225794/1‑249 (MQ=255) | TACGGCGGTGATACAGATGACGATCAGGGCGACAATCATCGCCTTATGCTGCTTCATTGCTCTCTTCTCCTTGACCTTACGGTCAGTAAGAGGCACTCTACATGTGTTCAGCATATAGGAGGCCTCGGGTTGA‑TGGTAAAATATCACTCGGGGCTTTTCTCTATCTGCCGTTCAGCTAATGCCTGAGACAGACAGCCTCAAGCACCCGCCGCTATTATATCGCTCTCTTTAACCCATTTTGTTTTATCGATTCTAATCCTGAAGACGCCTCGCATTTTTGTGGCGTAATTTTTTAATGATTTAATTATTTAACTTTAATTTATCTCTTCATCGCAATTATTGACGACAAGCTGGATTATTTTTGAAATATTGGCCTAACAAGCATCGCCGACTGACAACAAATTAATTATTACTTTTCCTAATTAATCCCTCAGGAATCCTCACCTTAAGCTATGATTATCTAGGCTT > NC_000913/16847‑17314 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |