| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 11,541 | G→A | S82S (AGC→AGT) | yaaI ← | DUF2541 domain‑containing protein YaaI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 11,541 | 0 | G | A | 95.8% | 140.2 / ‑5.9 | 49 | S82S (AGC→AGT) | yaaI | DUF2541 domain‑containing protein YaaI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); major base A (23/23); minor base C (2/0); total (26/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 | |||||||||||
TGTTCCTCACTACAATGCTGAAGAAAATCCAGATCTGAATCATTCAGGTAATTAACATTCATTTTTTGTGGCTTCTATATTCTGGCGTTAGTCGTCGCCGATAATTTTCAGCGTGGCCATATCCGATGAGTTCACCGTATGACCCGAAAAGGTGATTTTTGAGACGCAGCGTTTATTGTCGTTATCGCTGTTAATGTTGATCCAGTCAGTGGTTTGCCCTTCTTTTATTTCTGAAGGAATATTCAGGCTCTGACTGGCGCTACGGGCGGCTTTGAAATAAACCGATGCACCGCTTAACTGTAAATCGCCATGGTCGGCAGAGAGTTGTATGCGTTTCACAATGCGACAAACAGGAAGTTTCAGCGCCAGATCGTTGGTTTCGTTACGCGGCATTGCAATGGCGCCGAGGAGTTTATGGTCGTTTGCCTGCGCCGTGCAGCACAGCATCAGGCTAATCGCCAGGCTGGCGGAAATCGTAAAAACGGATTTCA > NC_000913/11295‑11785 | tGTTCCTCACTACACTGCTGCCGAAACTCCAGATCTGAATCATTCAGGTCATTAACATTCATTTTTTGTGGTTTCTATATTCTTGCGATAGTCGTCGCCGATAATTTTCAGCGTGGCCATATCCGATGAGTTCACCGTCTGACCGGAAAAGGTGATTTTTGAGACGCAGCGTTTATTGTCGTTATCACTGTTAATGTTGATCCAGTCAGTGGTTTGCCCTTCTTTTATTTCTGTAGGATTATTCAGActct > 2:94184/1‑251 (MQ=255) cTCACTACAATGCTGAAGAAAATCCAGATCTGAATCATTCAGGTAATTAACATTCATTTTTTGTGGTTTCTATATTCTGGCGTTAGTCGTCGCCGATAATTTTCAGCGTGGCCATATCCGATGAGTTCACCGTATGACCGGAAAAGGTGATTTTTGAGACGCAGCGTTTATTGTCGTTATCACTGTTAATGTTGATCCAGTCAGTGGTTTGCCCTTCTTTTATTTCTGAAGGAATATTCAGACTCTGACTg > 1:676304/1‑251 (MQ=255) aaTGCTGAAGAAAATCCAGATCTGAATCATTCAGGTAATTAACATTCATTTTTTGTGGTTTCTATATTCTGGCGTTAGTCGTCGCCGATAATTTTCAGCGTGGCCATATCCGATGAGTTCACCGTATGACCGGAAAAGGTGATTTTTGAGACGCAGCGTTTATTGTCGTTATCACTGTTAATGTTGATCCAGTCAGTGGTTTGCCCTTCTTTTATTTCTGAAGGAATATTCAGACTCTGACTGGCGCTACg < 1:388952/251‑1 (MQ=255) cAGATCGGAATCATTCAAGTAATTAACATTCAGTTTTTGTGGTTTCTATATTCTGGCGTTAGGCGTCGCCGAGAATTTTCAGCGTGTCCATATCCGATGAGTTCACCGTATGACCGGAAAAGGTGATTTTTGAGACGCAGCGTTTATTGTCGTTATCACTGTTAATGTTGATCCAGTTAGTGGTTTGCTCTGCTTTTATTTCTGAAGGAATATTCAGACTCTGACTGGCGTTACGGGCGGCTTTGAAATaa < 2:618039/251‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |