| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 11,481 | G→A | S102S (AGC→AGT) | yaaI ← | DUF2541 domain‑containing protein YaaI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 11,481 | 0 | G | A | 92.9% | 113.2 / ‑1.5 | 44 | S102S (AGC→AGT) | yaaI | DUF2541 domain‑containing protein YaaI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base A (19/20); total (23/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.85e-01 | |||||||||||
AGAGGCGAGTTTTGCCTTTTTCATTATGGGTGAGCAATCGGGCGAAATTTGCCAACTGTTCCTCACTACAATGCTGAAGAAAATCCAGATCTGAATCATTCAGGTAATTAACATTCATTTTTTGTGGCTTCTATATTCTGGCGTTAGTCGTCGCCGATAATTTTCAGCGTGGCCATATCCGATGAGTTCACCGTATGACCCGAAAAGGTGATTTTTGAGACGCAGCGTTTATTGTCGTTATCGCTGTTAATGTTGATCCAGTCAGTGGTTTGCCCTTCTTTTATTTCTGAAGGAATATTCAGGCTCTGACTGGCGCTACGGGCGGCTTTGAAATAAACCGATGCACCGCTTAACTGTAAATCGCCATGGTCGGCAGAGAGTTGTATGCGTTTCACAATGCGACAAACAGGAAGTTTCAGCGCCAGATCGTTGGTTTCGTTACGCGGCATTGCAATGGCGCCGAGGAGTTTATGGTCGTTTGCCTGCG > NC_000913/11239‑11725 | atagtagAGTTTTGCCTTATTCATTATGGTTGAGCAATCTGGCGAAATTTGCCATCTGTTCTTCACTACAATTCTGAAGAAAAGCCAGATCTGAATCATTCAGGTAATTAACATACATTTTTTGTGGTTTCTATATTCTGGCGTTAGTCGTCGCCTATAATTTTCAGCGTGGCCATATCCGATGAGTTCACCGTATGTCCGGAAAAGGTGATTTTTGAGACGCAGCGTTTATTGTCGTTTTCACTGTTAAt < 2:429904/245‑1 (MQ=255) 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tCAGGTAATTAACATTCATTTTTTGTGGTTTCTATATTCTGGCGTTAGTCGTCGCCGATAATTTTCAGCGTGGCCATATCCGATGAGTTCACCGTATGACCGGAAAAGGTGATTTTTGAGACGCAGCGTTTATTGTCGTTATCACTGTTAATGTTGATCCAGTCAGTGGTTTGCCCTTCTTTTATTTCTGAAGGAATATTCAGACTCTGACTGGCGCTACGGGCGGCTTTGAATTAAACCGATgacccgct > 1:435430/1‑244 (MQ=255) tAATTAACATTAATTTTGTGTGGTTTCTATATTCTGGCGTTAGTCGTAGCCGATAATTTTCAGCGTGTCCATATCCGATGAGTTCACCGTATGAACGGAAAAGGTGTTTTTTGAGACGCAGCGTTTATTGTCGTTATCACTGTTAATGATGCTCCAGTCAGTGGTTTTACCTTCTTTTATTTCTGATGGAATATACAGACTCTGACTGGCGCTACGGGCGGCTTTGACATACACCGATTCACCGTTTAACt > 2:152350/1‑251 (MQ=255) ttAACATTCATTTTTTGTGGCTTCTATATTCTGGCGTTAGTCGTCGCCGATAATTTTCAGCGTGGCCATATCCGATGAGTTCACCGTATGACCCGAAAAGGTGATTTTTGAGACGCAGCGTTTATTGTCGTTATCGCTGTTAATGtt < 1:121627/147‑1 (MQ=255) cattcattTTTTGTGGTTTCTATATTCTGGCGTTAGTCGTCGCCGATAATTTTCAGCGTGGCCAAATCCGATGAGTTCACCGTATGACCGGAAAAGGTGATTTTTGAGACGCAGCGTTTATTGTCGTTATCACTGTTAATGTTGATCCAGTCAGTGGTTTGCCCTTCTTTTATTTCTGAAGGAATATTCAGACTCTGACTGGCGCTACGGGAGGCTTTGAAATAAACCGATGCACCGCTTAACTGTAAATc < 1:433074/251‑1 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ttATTGTCGTTATCACTGTTAATGTTGATCCAGTCAGTGGTTTGCCCTTCTTTTATTTCTGAAGGAATATTCAGACTCTGACTGGCGCTACGGGCGGCTTTGAAATAAACCGATGCACCGCTTAACTGTAAATCGCCATGGTCGGCAGAGAGTTGTATGCGTTTCACAATGCGACAAACAGGAAGTTTCAGCGCCAGATCGTTGGTTTCGTTACGCGGCATTGCAATGACGCCGAGGAGTTTATGGACGtt > 2:672777/1‑251 (MQ=255) ttATTGACGTTATCACTGTTAATGTTGATCCAGTCAGTGGTTTGCCGTTCTTTTATTTCTGATGGAATATTCAGACTCTGACTGGCGCTACGGGAGGCTTTGATATAAACCGATGCACCGCTTAACTGTAAATCGCCATGGTCGGCAGAGAGTTGTATGCGTTTCACAATGCGACAAACAGGAAGTTTCACCGCCAGATCGTTGGTTTCGTTACGCGGCATTGCAAGGAAGCCGAGGAGTTTATGGTCGtt > 2:553861/1‑251 (MQ=255) gTTATCACTGTTAATGTTGATCCAGTCAGTGGTTTGCCCTTCTTTTATTTCTGAAGGAATATTCAGACTCTGACTGGCGCTACGGGCGGCTTTGAAATAAACCGATGCACCGCTTAACTGTAAATCGCCATGGTCGGCAGAGAGTTGTATGCGTTTCACAATGCGACAAACAGGAAGTTTCAGCGCCAGATCGTTGGTTTCGTTACGCGGCATTGCAATGACGCCGAGGAGTTTATGGTCGTTTGCCTgcg > 2:578647/1‑251 (MQ=255) | AGAGGCGAGTTTTGCCTTTTTCATTATGGGTGAGCAATCGGGCGAAATTTGCCAACTGTTCCTCACTACAATGCTGAAGAAAATCCAGATCTGAATCATTCAGGTAATTAACATTCATTTTTTGTGGCTTCTATATTCTGGCGTTAGTCGTCGCCGATAATTTTCAGCGTGGCCATATCCGATGAGTTCACCGTATGACCCGAAAAGGTGATTTTTGAGACGCAGCGTTTATTGTCGTTATCGCTGTTAATGTTGATCCAGTCAGTGGTTTGCCCTTCTTTTATTTCTGAAGGAATATTCAGGCTCTGACTGGCGCTACGGGCGGCTTTGAAATAAACCGATGCACCGCTTAACTGTAAATCGCCATGGTCGGCAGAGAGTTGTATGCGTTTCACAATGCGACAAACAGGAAGTTTCAGCGCCAGATCGTTGGTTTCGTTACGCGGCATTGCAATGGCGCCGAGGAGTTTATGGTCGTTTGCCTGCG > NC_000913/11239‑11725 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |