| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,005,153 | Δ1 bp | coding (634/1779 nt) | ygeV ← | putative sigma(54)‑dependent transcriptional regulator YgeV |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,005,153 | 0 | A | . | 97.8% | 194.2 / ‑1.2 | 45 | coding (634/1779 nt) | ygeV | putative sigma(54)‑dependent transcriptional regulator YgeV |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base . (19/25); total (19/26) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.65e-01 | |||||||||||
CAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCATTTGCTACAGAAAAACTGGTATGCGATTGGTGAAACGCCATTAAAAATAATTGTCGGCCCTGAATGTTATGCAATTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGAAACAATATGCTGCATATGTCCATGGGTAAAATTACTCTCAAATGTTAATGGTCTGAAACGGATAGGTTTCCCAATAATATTATTTTGCACAACACCA‑AGTGTTTTTAAGGCAGTCTGATTAACAAACTGAACCCGATTTTCATCATCTACAACTAATACGCCCTGATCCATATTATCGATCATGGTCGCAAATATTTTACTGATGTTATCTCCTGGCCCCTGATCCTCCAGAAGTTTCGAAACAAAAATGGTGGATATATGGCGAACATAATCAGAAAATTCGCGTA > NC_000913/3004919‑3005398 | cAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTAATCAGGTGCATTTGCTACAGAAAAACTGGTATGCGATTGGTGAAACACCATTAAAAATAATTGTCGGCCCTGAATGTTATGCAATTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGAAACAAAATGCTGCATATGTCCATGGGTAAAATTACTCTCAA‑TGTTAATGGTCTGAAAc > 2:389001/1‑251 (MQ=255) 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1:611112/155‑1 (MQ=255) tGTTATGCAATTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGAAACAATATGCTGCATATGTCCATGGGTAAAATTACTCTCAA‑TGTTAATGGTCTGAAACGGATAGGTTTCCCAATAATATTATTTTGCACAACACCA‑AGTGTTTTTAAgg > 2:611112/1‑155 (MQ=255) gTTATGCAATTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGAAACAATATGCTGCATATGTCCATGGGTAAAATTACTCTCAA‑TGTTAATGGTCTGAAACGGATAGGTTTCCCAATAATATTATTTTGCACAACACCA‑AGTGTTTTTAAGGCAGTCTGATTAACAAACTGAACCCGATTTTCATCATCTACAACTAATACGCCCTGATCCATATTATCGATCATGGTCGCAAATATTTTACTGATGt < 1:159151/250‑1 (MQ=255) aTGCAATTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGAAACAATATGCTGCATATGTCCATGGGTAAAATTACTCTCAA‑TGTTAATGGTCTGAAACGGATAGGTTTCCCAATAATATTATTTTGCACAACACCA‑AGTGTTTTTAAGGCAGTCTGATTAACAAACTGAACCCGATTTTCATCATCTACAACTAATACGCCCTGATCCATATTATCGATCATGGTCGCAAATATTTTACTGATGTTAtc < 1:109753/251‑1 (MQ=255) 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CAATACGGCTAATGAGTCGTTTTAATTGCCGCATAACACGGCACTCGCCAACCAATTGTTCAATATGCGGTTCATCAGGTGCATTTGCTACAGAAAAACTGGTATGCGATTGGTGAAACGCCATTAAAAATAATTGTCGGCCCTGAATGTTATGCAATTGACCAATGATTAATTCACTTTTATCGTCCCATGAAACAATATGCTGCATATGTCCATGGGTAAAATTACTCTCAAATGTTAATGGTCTGAAACGGATAGGTTTCCCAATAATATTATTTTGCACAACACCA‑AGTGTTTTTAAGGCAGTCTGATTAACAAACTGAACCCGATTTTCATCATCTACAACTAATACGCCCTGATCCATATTATCGATCATGGTCGCAAATATTTTACTGATGTTATCTCCTGGCCCCTGATCCTCCAGAAGTTTCGAAACAAAAATGGTGGATATATGGCGAACATAATCAGAAAATTCGCGTA > NC_000913/3004919‑3005398 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |