| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,942,663 | G→A | intergenic (‑96/‑33) | gcvA ← / → gcvB | DNA‑binding transcriptional dual regulator GcvA/small regulatory RNA GcvB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,942,663 | 0 | G | A | 80.7% | 68.9 / 8.8 | 31 | intergenic (‑96/‑33) | gcvA/gcvB | DNA‑binding transcriptional dual regulator GcvA/small regulatory RNA GcvB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/3); new base A (11/14); total (14/17) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.42e-01 | |||||||||||
TTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGTGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGCGGTGGTAATCGTTTAGACATGGCTATTAAACTTTGATGTTAAATGAATTTAACAATTAGATCACACTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGTTGTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGCTTTTTTTTACCTT > NC_000913/2942448‑2942906 | ttgatGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGTGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGCGGTGGTAATCGTTTAGACATGGCTATTAAACTTTGATGTTAAATGAATTTAACAATTAGATCACACTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTAAGCTTCt > 1:17435/1‑223 (MQ=255)ttgatGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGTGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGCGGTGGTAATCGTTTAGACATGGCTATTAAACTTTGATGTTAAATGAATTTAACAATTAGATCACACTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTAAGCTTCt < 2:17435/223‑1 (MQ=255) 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2:282749/1‑202 (MQ=255) tttttAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTAAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGTTGTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAATTGGTCTGCGATTCa < 1:234675/172‑1 (MQ=255) tttttAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTAAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGTTGTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAATTGGTCTGCGATTCa > 2:234675/1‑172 (MQ=255) tAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCCAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGGGCCGGAACGAAAAGTTTTCTCGGGATGCGTGTTCTGGTGGACTTTTGGCTTACGGTTGTGGTGTTGTGTTGTTGTGGTTGCAATTGGTCTGc > 1:329237/1‑162 (MQ=255) tAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATTCCTATAGGGGCGGCCCTCCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTTTTGAACTTTTGGCTTACGGTTGTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAATTGGTCTGc < 2:329237/162‑1 (MQ=255) 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TTGATGACTTACTGCGGCTTGGGTCACAAAAAGCTCTTCTGCTGCGCGAGTGAAACTTAAATGGCGTGCTGCGGCATCAAAAACTCGTAAGGCATTTAGCGGTGGTAATCGTTTAGACATGGCTATTAAACTTTGATGTTAAATGAATTTAACAATTAGATCACACTATGTAACCTATTAGTTTTTTTAATCTGAGCCATTATAAATTGTCCGTTGAGCTTCTACCAGCAAATACCTATAGTGGCGGCACTTCCTGAGCCGGAACGAAAAGTTTTATCGGAATGCGTGTTCTGGTGAACTTTTGGCTTACGGTTGTGATGTTGTGTTGTTGTGTTTGCAATTGGTCTGCGATTCAGACCATGGTAGCAAAGCTACCTTTTTTCACTTCCTGTACATTTACCCTGTCTGTCCATAGTGATTAATGTAGCACCGCCTAATTGCGGTGCTTTTTTTTACCTT > NC_000913/2942448‑2942906 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |