| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 968,837 | G→A | D158N (GAT→AAT) | lpxK → | tetraacyldisaccharide 4'‑kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 968,837 | 0 | G | A | 91.2% | 104.4 / ‑1.6 | 35 | D158N (GAT→AAT) | lpxK | tetraacyldisaccharide 4'‑kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base A (11/20); total (14/21) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTT‑GCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAAT‑CCCCATG‑CATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGC‑GTTGTGACGTTGCTCAGCTTGAACATGTAGTG > NC_000913/968599‑969064 | cgTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGGGATGAACCTGTGTTTATTTATCAACACACTGATGCGCCCGTTTGTGGTTT‑TCCCCTTCGTTTTGATGCGGTAAAAACCATTCTGGCGCAACACCCCGTGGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGGTTACAACATTACCGCCTGGCGCCTAATGTGGACATTg > 2:332124/1‑251 (MQ=255) gTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAAACTGTGTTTATTTTTCACCGCACTTATGCGCCTGTT‑GGGGGTTTTCCCGTTCGTTTTGATGGGGGAAAAACCATTCTGGCGCCACACCCTGGTGTGCAAATCATCGTAAACGGCGCCGGGTTTCCTCATTACCCTCTGGAGCGTCATGTGGAAATTGtacttatttt > 1:118471/1‑242 (MQ=255) gggATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGTTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTT‑GCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCTTAATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGc < 1:337012/251‑1 (MQ=255) gtAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTT‑GCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTAATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGc < 1:189557/251‑1 (MQ=255) 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cgacgaCGGTTTTCAGCATTACCGTCTGGCGCGTAATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAAT‑CCCCATG‑CATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGC‑GTTGTGACGTTGCTCAGCTTg < 2:326626/251‑1 (MQ=255) cgacgGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTAATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGACGGTTGATGCGGAAATCGTCAACGGCGGGGCGCCCCCCAGCGGGGGAAT‑ACCCCTGACACTTGCTGC‑GGGTCACGCGGTGAATTTACCATCCAGTACGCCGTTGTGA‑GGTGCGCAGCTTGaa > 1:257185/1‑250 (MQ=255) aCAGCATTACCGTCTGGCGCGTAATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAAT‑CCCCATG‑CATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGC‑GTTGTGACGTTGCTCAGCTTGAACATGTAGTg < 1:113988/250‑1 (MQ=255) | CGTGGGGGTCGTATCGCGGGGATATGGTGGTAAGGCTGAATCTTATCCGCTGTTATTGTCGGCAGATACCACAACAGCACAGGCGGGTGATGAACCTGTGTTGATTTATCAACGCACTGATGCGCCTGTT‑GCGGTTTCTCCCGTTCGTTCTGATGCGGTAAAAGCCATTCTGGCGCAACACCCTGATGTGCAGATCATCGTAACCGACGACGGTTTACAGCATTACCGTCTGGCGCGTGATGTGGAAATTGTCGTTATTGATGGTGTGCGTCGCTTTGGCAATGGCTGGTGGTTGCCGGCGGGGCCAATGCGTGAGCGAGCGGGGCGCTTAAAGTCGGTTGATGCGGTAATCGTCAACGGCGGTGTCCCTCGCAGCGGTGAAAT‑CCCCATG‑CATCTGCTGCCGGGTCAGGCGGTGAATTTACGTACCGGTACGC‑GTTGTGACGTTGCTCAGCTTGAACATGTAGTG > NC_000913/968599‑969064 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |