| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,441 | 2 bp→AG | coding (708‑709/1287 nt) | thrC → | threonine synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,441 | 0 | G | A | 97.5% | 116.8 / NA | 40 | E236E (GAG→GAA) | thrC | threonine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (20/19); total (20/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 4,442 | 0 | A | G | 97.4% | 113.7 / ‑4.1 | 40 | T237A (ACG→GCG) | thrC | threonine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (19/19); total (20/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.68e-01 | |||||||||||
AGGCAAAATCAGTCCACTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAACTGAAAGTGGCGCTAGGGTTAAACTCGGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCTGT‑TGCGCAGCTGCCGCAGGAGA‑CGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGTTTTATTGCTGCGACCAACGTG‑AACGATACCGTGCCACGTTTCCTGCACGACGGTCAGTGGTCACCCAAAGCGACTCAGGCGACG‑TTATCCAACGCGATGGACGTGAGTCAGCCGAACAACTGGCCGCGTGTGGAAGAGTTGTTC > NC_000913/4210‑4681 || aGGCAAAATCAGTCCACTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGT‑TGCGCAGCTGCCGCAGGAAG‑CGCGCAACCAGCTGGTTg > 1:13772/1‑251 (MQ=255) aaaTCAGTCCACTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGT‑TGCGCAGCTGCCGCAGGAAG‑CGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCg > 1:78451/1‑251 (MQ=255) aaGAAAAGCTGTTCTGGACATTGGGCAGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGGCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGAAAGGGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACCTCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGT‑TGCGCAGCTGCCGCTGGAAC‑CGAGCCACCAGCCGGTTGTCTCGGTGCCAAGCTGAAAc > 2:75739/1‑251 (MQ=255) aaaCTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGT‑TGCGCAGCTGCCGCAGGAAG‑CGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCgg > 1:441408/1‑251 (MQ=255) aaCTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGCTTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGT‑TGCGCAGCTGCCGCAGGAAG‑CGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGc > 1:455692/1‑251 (MQ=255) atggggCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTGCGATGCCTGTCAGGCGCTGGGGAAGCATGCGTTTGATGATGAAGAGCGTAAAGGGGCGCTGGGGTTAAACTCTGGTAACGCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTCGAAGCAGT‑TGCTCAGCTGGCGCAGGAAG‑TGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGAcggcga < 2:285996/248‑2 (MQ=255) ggcggcAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGT‑TGCGCAGCTGCCGCAGGAAG‑CGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCgggggg > 2:119311/1‑248 (MQ=255) cggcAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGT‑TGCGCAGCTGCCGCAGGAAG‑CGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTctgc > 1:499323/1‑251 (MQ=255) ggcAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGT‑TGCGCAGCTGCCGCAGGAAG‑CGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTctgct > 1:283346/1‑251 (MQ=255) cAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGT‑TGCGCAGCTGCCGCAGGAAG‑CGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGtgggcttg > 2:312730/1‑244 (MQ=255) 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1:6450/1‑246 (MQ=255) ggCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCTGAAAGTGGCGCTGGGGTTAACCTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGT‑TGAGCAGCTGCCGCAGGAAG‑CGCGCAACCAGCTGGTTGTCTAGGTGCCAAGCGGCAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTGTGCTGGCgggaggaatcggtctggacgggg > 1:73114/1‑228 (MQ=255) ggCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAGCGGAAAGTGGCGCTGGGGTTAAACTCAGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGT‑TGCGCAGCTGCCGCAGGAAG‑CGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGaa < 2:132463/251‑1 (MQ=255) agggcgtgggagcaGCAGGCTATTGATGATGAAGAGCTGAAAGTGGTGCTGGGGTTAAACGCAGCTAACTCGATGAACATCGGCCGCTTGCTGTCGATGATGTGCTACTACGTTGAAGCAGG‑GGCGCAGTGGACGTAGGAAG‑CGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTGCGGGGAGTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGTTTTATTGCTGCGAc < 2:172250/238‑1 (MQ=255) 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aCTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCTGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGT‑TGCGCAGCTGCCGCAGGAAG‑CGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGTTTTATTGCTGCGACCAACGTG‑AACGATACCGTGCCACGTTTCCTGCACGACGGTCAGTGGTCACCCAAAGCGACTCAGGCg < 1:127871/251‑1 (MQ=255) gtttAACAACAGCCGTTGGCTGGCGCAGATTTGTTACTACTTTGAAGC‑GTCTGCGCGTCGGCCGCAGGAAG‑CGCTCACCCAGCTGGTGGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGTCGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGTTTGATTGCTGCGACCAACGTG‑AACGATACCGTGCCACGTTTCCTGCACGACGGTCAGTGGTCACCCAAAGCGACTCAGGCGa < 2:295475/246‑1 (MQ=255) gATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGT‑TGCGCAGCTGCCGCAGGAAG‑CGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGGGAAGTCACTCGGTATGCCGGCGAAAAGTTTTTTTTATTCGAACAACGTGCAAC‑CTAACGTGCCACGGTTTCTGCCCGGCGGGCAATGGTCCACCAAAGCGAGTCAggagg > 1:295475/1‑245 (MQ=255) ttGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAATCAGT‑TGCGCAGCTGCCGCAGGAAG‑CGCGCAGCCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGTTTTATTGCTGCGACCAACGTG‑AACGATACCGTGCCACGTTTCCTGCACGACGGTCAGTGGTCACCCAAAGCGACTCAGGCGACG‑TTATCCAACGCGATgg < 2:447411/250‑1 (MQ=255) ggCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCAGT‑TGCGCAGCTGCCGCAGGAAG‑CGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTGCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGTTTTATTGCTGCGACCAACGTG‑AACGATACCGTGCCACGTTTCCTGCACGACGGTCAGTGGTCACCCAAAGCGACTCAGGCGACG‑TTATCCAACGCGATGGACGTGa < 1:130441/251‑1 (MQ=255) aTTTGCTACTTCTTGGATGCAGT‑TGCGCAGAGGCCGCAGGAAG‑CGCGCAACCAGCGGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGTTTTATTGCTGCGACCAACGTG‑AACGATACCGTGCCACGTTTCCTGCACGACGGTCAGTGGTCACCCAAAGCGACTCAGGCGACG‑TTATCCAACGCGATGGACGTGAGTCAGcc < 2:78451/251‑1 (MQ=255) ctactaCTTTGAAGCAGT‑TGCGCAGCTGCCGCAGGAAG‑CGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGGCTGCTGGCGAAATCACTCGGTCTGCCGGGGGAACGGTTTATTGTTGCGACCAACGTG‑AAAGCTACCGGGCCCCGCTTCCTTCACGCCGGTCAGTGGTCACCCCAAACGACTCAGGCGACG‑TTCTCCAACGCGAGGGGCGTGAGTCAGCCGaac > 1:278424/1‑250 (MQ=255) tactacTTTGAAGCAGT‑TGCGCAGCTGCCGCAGGAAG‑CGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGGCTGCTGGCGGAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAAAGGTTTTTTTCTGCGACCAACGGG‑AAAGATACCGTGCCACGTTTCCTGCACGACGGGCAGTGGTCACCCCAAACGACTCAGGCGACG‑ATATCCAACGCGAGGGGCGTGGATCAGCCGagac > 1:278361/1‑247 (MQ=255) tGAAGCAGT‑TGCGCAGCTGCCGCAGGAAG‑CGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCCCTCGGTCTGCCGGTGAAAAGGTTTTTTTCTGCGACCCACGTG‑AACGATACCGTGCCACGGTTCCTGCACGACCGTCAGTGGTCACCCAAAGCGACTCCGGCGGCG‑TTATCCAACGCGATGGACGGGGGGCAGCCCAACAACAGGCcgc > 1:250062/1‑251 (MQ=255) 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AGGCAAAATCAGTCCACTGCAAGAAAAACTGTTCTGTACATTGGGCGGCAATATCGAAACTGTTGCCATCGACGGCGATTTCGATGCCTGTCAGGCGCTGGTGAAGCAGGCGTTTGATGATGAAGAACTGAAAGTGGCGCTAGGGTTAAACTCGGCTAACTCGATTAACATCAGCCGTTTGCTGGCGCAGATTTGCTACTACTTTGAAGCTGT‑TGCGCAGCTGCCGCAGGAGA‑CGCGCAACCAGCTGGTTGTCTCGGTGCCAAGCGGAAACTTCGGCGATTTGACGGCGGGTCTGCTGGCGAAGTCACTCGGTCTGCCGGTGAAACGTTTTATTGCTGCGACCAACGTG‑AACGATACCGTGCCACGTTTCCTGCACGACGGTCAGTGGTCACCCAAAGCGACTCAGGCGACG‑TTATCCAACGCGATGGACGTGAGTCAGCCGAACAACTGGCCGCGTGTGGAAGAGTTGTTC > NC_000913/4210‑4681 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |