| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,636,513 | A→G | S169S (TCA→TCG) | creB → | DNA‑binding transcriptional regulator CreB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,636,513 | 0 | A | G | 97.1% | 96.2 / ‑4.3 | 36 | S169S (TCA→TCG) | creB | DNA‑binding transcriptional regulator CreB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base G (21/13); total (22/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.77e-01 | |||||||||||
CGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATT‑GAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCT‑GGTTTGACACGCCATTAGCGCTGACTCG‑GTATGAGTTTTTATTGTTGAAGACGTTACTCAAGTCACCGGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTGATGGATAGCGTATGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTCGATACCCACATTAAAACGCTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTCACCGATTAATACTCATCGCGGCATGGGATATAGCCTGAGGGGCCTGTAATGCGTATCGGCATGCGGTTGTTGCTGGGCTATTTTTTACTGGTGGCGGTGGCAGCCTGG > NC_000913/4636274‑4636755 | cGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGCCGACTATGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGTCGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATT‑GAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCT‑GGTTTGACACGCCCTTAACGCTGACGCG‑GTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTAATCAAGTCGCCAGGCCGCGt > 2:492715/1‑251 (MQ=255) ccTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGTCTATGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGTCGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATT‑GAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCT‑GGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCG‑GTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCt < 1:346616/251‑1 (MQ=255) gggCTGGAAATTGGTGCTGACGACTATGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGTCGCCGGCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATT‑GAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCT‑GGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCG‑GTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTccc < 1:492715/250‑1 (MQ=255) ggCTGGAAATTGGTGCTGACGACTATGTGGCTAAACCGTTTTCCCCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGTCGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATT‑GAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCT‑GGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCG‑GTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGc < 1:374008/251‑1 (MQ=255) ggAAATTGGTGCTGACGACTATGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGTCGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATT‑GAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCT‑GGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCG‑GTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCcgcg > 1:138445/1‑236 (MQ=255) ggAAATTGGGGCTGACGACTATGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGTCGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATT‑GAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCT‑GGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCG‑GTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCcgcg < 2:138445/236‑1 (MQ=255) ggCTAAACCGCTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCAAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGTCGCCGACTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATT‑GAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCT‑GGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCG‑GTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTATGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCATGTGGGa > 1:181492/1‑249 (MQ=255) ttttCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGTCGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATT‑GAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCT‑GGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCG‑GTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGACTGGTCCCGCCCGCAACTAATGGATAGCGGGTGGGAAGATgcgccgg > 2:413571/1‑247 (MQ=255) cACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGTCGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATT‑GAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCT‑GGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCG‑GTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACAcc > 1:167717/1‑251 (MQ=255) ggggcgcCAGGGTGCGCACTTTACTGCGTCGGGTGAAGAATTTCTCGTCGCCTTCCCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATT‑AAATGACCCCGCGGCGCAGATCAGCT‑GGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCG‑GTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCAcc < 1:262215/248‑1 (MQ=255) aGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGTCGACGTCTCCCGTCATACGTATTGGTCATTTTGAATT‑GAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCT‑GGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCG‑GTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATAc > 1:197167/1‑251 (MQ=255) tGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGTCGCCGTCTCCCGTCATCCTTATTGGTCATTTTGAATT‑GAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCT‑GGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCG‑GTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCACGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGAGCAGGACACCCACGAACGCACCGTTGATCCCcac > 2:419354/1‑251 (MQ=255) tGCGCACCTTACTGCGTAGGGTGAAGAAGTTCTCGTCGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATT‑GAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCT‑GGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCG‑GTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACCCCTACGAACGCACCGTTGATACCcac > 2:326222/1‑251 (MQ=255) aCTGCGTCGGGTGAAGAAATTCTCGTCGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATT‑GAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCT‑GGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCG‑GTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAAcct > 2:167476/1‑249 (MQ=255) gCGTGGGGGGAAGAAGTTCTCTTCGCCGCCCCCCTTCCTCCGTTTTGGTCATTT‑GAATTTGAAGGACCCCGCGGCGCAGACCAGCT‑GGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCG‑GTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACgttg < 1:394652/250‑4 (MQ=255) cGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCAGTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATT‑GAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGAT‑GGATTGACACGCCATTAACGCTGACGCG‑GTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTAGCCAGTCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGGTACCGGGGGGGAAGATGCGAAGGACCCCTAAGATAGCACAGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCg > 2:387618/1‑251 (MQ=255) gtggggtaaaaaagttccggaggcggTCTCCCGTCACCCGTGTGGGAAATTTTAAATG‑AAATGACCCCGGGGCGCAGA‑CAACTTGGTTGGACACGCCATTAGCGCTGACTCGTGT‑TGAGTTTTTATTGGGGAAGCCGTTCCTCAAGTCCCCGGGCCGCGTTGGGTCCCGCCAGCAACTGATGGATAGCGTATGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTCGATACCCACATTAAAACGCTGCGt < 2:73296/226‑1 (MQ=255) caccccccttttccgatctgtcccccGTCATCCGTTTTGGTAATTTGAAATT‑AAATAAACCCGGGGCGCATATCAGCT‑GTTTTGCCACGCCATTAACGCTGACGCG‑GTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAg < 2:202321/228‑1 (MQ=255) gCCGTCTCCCGTCCTCCGTATTGGTCATTTTGAATT‑GAATGAACCAGCGGCGCAGATCAGCT‑GGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCG‑GAATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTAAAGTCGCCAGGCCGCGTATGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCCGGACACCTACGATCGACCCGTTGATCCCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAGCGGCGCGCCATCAAcc > 2:448636/1‑251 (MQ=255) gTCTCCCGTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATT‑GAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCT‑GGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCG‑GTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAg > 1:202321/1‑232 (MQ=255) aTCCGTATTGGACATTTTGAATT‑GAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCT‑GGTTTGACACGCCATTAGCGCTGACTCG‑GTATGAGTTTTTATTGTTGAAGACGTTACTCAAGTCACCGGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTGATGGATAGCGTATGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTCGATACCAACATTAAAACGCTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCCTCAACCCCGCTCTTTCAcc > 2:450372/1‑251 (MQ=255) ggtcATTTTGAATT‑GAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCT‑GGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCG‑GTATGCGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTCACCGATTAATAc > 1:288939/4‑251 (MQ=255) gaagt‑gaatgaaCCCGCGGCACAGATCGGCG‑GGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCG‑GTTTGATTTTTTATTGCGGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTCACCGATTAATACTCATcgcg < 1:342061/246‑1 (MQ=255) aatgaaCCCGCGGCGCAGATCAGCT‑GGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCG‑GTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTAACCGATTAATACTCATCGCGGCATggg > 1:278632/1‑251 (MQ=255) accccGCGGCGCAGATCAGTT‑GGTTTGACACGCCATTAACGCTGCCGCG‑TTATGATTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGCCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTCACCGATTAATACTCATCGCGGCATGGGatat < 1:257047/249‑1 (MQ=255) aTCAGCT‑GGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCG‑GTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTCACCGATTAATACTCATCGCGTCATGGGGTCTAGCCTGGGGGGCCt > 2:178870/1‑251 (MQ=255) aagttggttggccacGCCATTAACGCGGACGGG‑GTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTCCTCAAGCCGCGAGGCCGCGTCTGGCCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTCACCGATTAATACTCATCGCGGCATGGGATATAGCCTGAGGGGCCTGt < 1:167476/239‑1 (MQ=255) gacgcG‑GTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCACGATCTTTCACCGATTAATACTCATCGCGGCATGGGATATAGCCTGAGGGGCCTGTAATGCGTCTCGGCATGCGGTTgctgct > 1:72510/5‑251 (MQ=255) ttATTGCTAAAGACTTTCCTCAAGTCGCCGGGCCGGGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTCACCGATTAATACTCATCGCGGCATGGGATATAGCCTGAGGGGCCTGTAATGCGTATCGGCATGCGGTTGCTGCTGGGCTATTTTTTACt < 1:329550/250‑1 (MQ=255) aTTGCTGAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTCACCGATTAATACTCATCGCGGCATGGGATATAGCCTGAGGGGCCTGTAATGCGTATCGGCATGCGGTTGCTGCTGGGCTATTTTTTACtggt > 2:465967/1‑251 (MQ=255) gctgAAGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTCACCGATTAATACTCATCGCGGCATGGGATATAGCCTGAGGGGCCTGTAATGCGTAACGGCATGCGGTTCCTGCTGGGCTATTTTTTACtggtggg > 2:103341/3‑250 (MQ=255) aaGACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACAGTTGCTACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTCACCGATTAATACTCATCGCGGCATGGGATATAGCCTGAGGGGCCTGAAATGCGTATCGGCATGCGGTTGCTGCTGGGCAATTTTTTACTggtggaggtg > 1:321551/1‑251 (MQ=255) gACGTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTCACCGATTAATACTCATCGCGGCATGGGATATAGCCTGAGGGGCCTGTAATGCGTATCGGCATGCGGTTGCTGCTGGGAGTTTTTTTACTggtggcggtggg > 2:89134/1‑250 (MQ=255) gTTACTCAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTCACCGATTAATACTCATCGCGGCATGGGatat > 2:164229/1‑178 (MQ=255) gTTACTAAAGTCGCCAGGCGGCGTCGGGCCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTGTCACCGATTAATACTCATCGCGGCATGGGatat < 1:164229/178‑1 (MQ=255) cAAGTCGCCAGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTCACCGATTAATACTCATCGCGGCATGGGATATAGCCTGAGGGGCCTGTAATGCGTATCGGCATGCGGTTGCTGCTGGGCTATTTTTTACTGGTGGCGGTGGCGGCCTgg < 1:15205/249‑1 (MQ=255) | CGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTGCTGACGACTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATT‑GAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCT‑GGTTTGACACGCCATTAGCGCTGACTCG‑GTATGAGTTTTTATTGTTGAAGACGTTACTCAAGTCACCGGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTGATGGATAGCGTATGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTCGATACCCACATTAAAACGCTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTCACCGATTAATACTCATCGCGGCATGGGATATAGCCTGAGGGGCCTGTAATGCGTATCGGCATGCGGTTGTTGCTGGGCTATTTTTTACTGGTGGCGGTGGCAGCCTGG > NC_000913/4636274‑4636755 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |