| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,636,466 | G→A | A154T (GCG→ACG) | creB → | DNA‑binding transcriptional regulator CreB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,636,466 | 0 | G | A | 95.0% | 109.0 / ‑3.6 | 41 | A154T (GCG→ACG) | creB | DNA‑binding transcriptional regulator CreB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base A (19/19); total (21/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.26e-01 | |||||||||||
CCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTG‑CTGACGACTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATT‑GAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCT‑GGTTTGACACGCCATTAGCGCTGACTCG‑GTATGAGTTTTTATTGTTGAAGACGTTACTCAAGTCACCGGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTGATGGATAGCGTATGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTCGATACCCACATTAAAACGCTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTCACCGATTAATACTCATCGCGGCATGGGATATAGCCTGAGGGGCCTGT > NC_000913/4636222‑4636694 | ccttCCGGCTTTACCTGTACTTTTCCTGACGGCCCGATGTGAAGAGGTCGACCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGGG‑CGGACGTCTATGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGTTGCGCCCCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGTCGCCGTCCCCCGTCATCCGTATTGGTAATTTTGAATT‑GAATGACCCCGCGGCGAAGATCAGCT‑GGTTTGACACGCCATTAACGCTg < 1:265946/247‑1 (MQ=255) ccgtcgttactggttcTGTACCTGACGCCCTGATGGGAAGAGGTCGAGCGCCTGCTTGGGCTGGAAAT‑GGTGGCTGACGACTTTGTGGCTAACCCGTTTTCGCCCGGCGAAGTGTGCGCCGGGGTTCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGTCGCCGTCTCCCGTCATCCGTAGTGGTCATTTTGAATT‑GAATGAACCCGCGGCGCAGACCAGCG‑GGTTTGACACGCCATTAACGCTGAcgcg < 2:350709/236‑4 (MQ=255) ccttGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGGGAGGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAAGTGGTG‑CTCACGCATATGTGGCTAAACCTTTTTCCCCCCGCTAAGTTTGCCCCAGGTGGCGCACTTTACTGCGTCGGTTGAAGAATTTCTCGTCGCCGTCTCCCGTCATCCTTTTTGTTCATTTTGAATT‑GAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCT‑GGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCG‑GTATGAGt < 2:342039/248‑1 (MQ=255) cctgtatggTTCCTGTCGGCCCGAAGGGAAGAGGCCGAGCGCCTGCTTGGGTTGGAAATGGGTG‑CTGACGACTATGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGAGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCCCCTTACTGCGGCGGGTGAAGAAGTTCTCGTCGCCGTCCCCCTTCATCCGTATTGGTCATTTTGAATT‑GAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCT‑GGTTTGACACGCCATTAACGCTGACGCG‑GTATGAGtt < 2:429059/243‑1 (MQ=255) 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aagttggttggccacGCCATTAACGCGGACGGG‑GTATGAGTTTTTATTGCTGAAGACGTTCCTCAAGCCGCGAGGCCGCGTCTGGCCCCGCCAGCAACTAATGGATAGCGTGTGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTTGATACCCACATTAAAACGTTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTCACCGATTAATACTCATCGCGGCATGGGATATAGCCTGAGGGGCCTGt < 1:167476/239‑1 (MQ=255) | CCATCCGGCGTTACCTGTACTGTTCCTGACGGCCCGAAGTGAAGAGGTCGATCGCCTGCTTGGGCTGGAAATTGGTG‑CTGACGACTACGTGGCTAAACCGTTTTCACCCCGCGAAGTGTGCGCCAGGGTGCGCACCTTACTGCGTCGGGTGAAGAAGTTCTCGACGCCGTCTCCCGTCATCCGTATTGGACATTTTGAATT‑GAATGAACCCGCGGCGCAGATCAGCT‑GGTTTGACACGCCATTAGCGCTGACTCG‑GTATGAGTTTTTATTGTTGAAGACGTTACTCAAGTCACCGGGCCGCGTCTGGTCCCGCCAGCAACTGATGGATAGCGTATGGGAAGATGCGCAGGACACCTACGATCGCACCGTCGATACCCACATTAAAACGCTGCGTGCCAAGCTGCGCGCCATCAACCCCGATCTTTCACCGATTAATACTCATCGCGGCATGGGATATAGCCTGAGGGGCCTGT > NC_000913/4636222‑4636694 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |