| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,630,022 | T→C | E167E (GAA→GAG) | ettA ← | energy‑dependent translational throttle protein EttA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,630,022 | 0 | T | C | 92.3% | 158.5 / 3.3 | 65 | E167E (GAA→GAG) | ettA | energy‑dependent translational throttle protein EttA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/3); new base C (31/29); total (33/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.72e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.89e-01 | |||||||||||
CAGGAGGAGTAGTTACCTTCCCACGGAATACCTTCACCGCGGTCAAGTTCGAGGATCCAGCCTGCAACGTTATCGAGGAAGTAACGGTCGTGGGTAATCGCCACAACGGTGCCTTCGAAGTCGTGCAGGAAGCGTTCCAGCCAGGCCACGGATTCGGCATCCAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCATGTCTGGTTTTTCCAGCAGCAGGCGGCACAAC‑GCTACGCGACGACGTTCACCACCGGAGAGGTTAGCGATTTTCGCGTCCCAGTCCGGCAGACGTAGCGCATCCGCCGCACGCTCCAGCTGTACGTTCAGATTATGACCGTCGTGAGCCTGAATGATCTCTTCCAGACGGCCTTGTTCAGCGGCCAGCTTGTCAAAATCGGCATCCGGATCGGCGTACAGCGCATACACTTCATCCAGGCGTTTCAGGGCGTTAACCACTTCTGAAACCGCTTCTTC > NC_000913/4629783‑4630252 | cagGAGGAGTAGTTGCCTTCCCACGGAATACCTTCACCGCGGTCAAGTTCGAGGATCCAGCCTGCAACGTTATCGAGGAAGTAACGGTCGTGGGTAATCGCCACCACGGTGCCCTCGAAGTCGTGCAGGAAGCGTTCCAGCCAGGCCACGGATTCGGCATCCAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCATGTCTGGTTTTTCCAGCAGCAGGCGGCACAAC‑GCTACGCGACGACGCTCACCACCgg > 1:176659/1‑250 (MQ=255) 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(MQ=255) aGTAACGGTCGTGGGTAATCGCCACCACGGTGCCCTCGAAGTCGTGCAGGAAGCGTTCCAGCCAGGCCACGGATTCGGCATCCAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCATGTCTGGTTTTTCCAGCAGCAGGCGGCACAAC‑GCTACGCGACGACGCTCACCACCGGAGAGGTTAGCGATTTTCGCGTCCCAGTCCGGCAGACGTAGCGCATCCGCCGCACGCTCCAGCTGTACGTTCAGGTTATGa < 1:448331/251‑1 (MQ=255) cGGTCGTGGGTAATCGCCACCACGGTGCCCTCGAAGTCGTGCAGGAAGCGTTCCAGCCAGGCCACGGATTCGGCATCCAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCATGTCTGGTTTTTCCAGCAGCAGGCGGCACAAC‑GCTACGCGACGACGCTCACCACCGGCGAGGTTAGCGCTTTTCGCGTCCCAGTCCGGCAGACGTAGCGCATCCGCCGCACGCTCCAGCTGTACGTTCCGGTTCTGACcgtc > 2:29368/1‑251 (MQ=255) ggTCGTGGGTAATCGCCACCACGGTGCCCTCGAAGTCGTGCAGGCAGCGTTCCAGCCAGGCCACGGATTCGGCATCCAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCATGTCTGGTTTTTCCAGCAGCAGGCGGCACAAC‑GCTACGCGACGACGCTCACCACCGGAGAGGTTAGCGATTTTCGCGTCCCAGTCCGGCAGACGTAGCGCCTCCGCCGCACGCTCCAGCTGTACGTTCAGGTAAGGACcgtcg > 1:6931/1‑251 (MQ=255) 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ttCGTCGAGCAGCAGCATGTCTGGTTTTTCCAGCAGCAGGCGGCACAAC‑GCTACGCGACGACGCTCACCACCGGAGAGGTTAGCGATTTTCGCGTCCCAGTCCGGCAGACGTAGCGCATCCGCCGCACGCTCCAGCTGTACGTTCAGGTTATGACCGTCGTGAGCCTGAATGATCTCTTCCAGACGGCCTTGTTCAGCGGCCAGCTTGTCAAAATCGGCCTCCGGATCGGCGTACCGCGCATACACTTCAt > 2:260506/1‑251 (MQ=255) tcgcggaggagcggcaTGGCTGGTTTTCCCAGCAGGCGGCGGCACAAC‑GCTTCGCGACGACGCTCCCCACCGGAGAGGTTAGCGAGTTGCGCGTCCCAGCCCGGCAGACGTAGCGCATCCGCCGCACGCTCCAGCTGTACGTTCAGGTTATGACCGTCGTGAGCGTGAATGATCTCTTCCAGACGGCCGTGTTCAGCGGCCAGCTTGTCAAAAGCGGCAGCCGGATCGGCGTACAGCGCATactcgtcat < 2:233067/237‑8 (MQ=255) gtcgAGCAGCAGCATGTCTGGGTTTTCCAGCAGCAGGCGGCACAAC‑GCTACGCGACGACGCTCACCACCGGAGAGGTTAGCGATTTTCGCGTCCCAGTCCGGCAGACGTAGCGCATCCGCCGCACGCTCCAGCGGTACGTTCAGGTTATGACCGTCGTGAGCCTGAATGATCTCTTCCAGACGGCCTTGTTCAGCGGCCAGCTTGTCAAAATCGGCATCCGTATCGGCGTACAGCGCATACACTTCATCCa < 1:386209/251‑1 (MQ=255) gTCTGTTTTTTCCAGGAGCGGGCGG‑ACAACCTCTACGCGACGCCGCCCACCCCCGGAGAGGTTAGCGATTTTCGCGTCCCAGTCCGGCAGACGTAGCGCATCCGCCGCACGCTCCAGCTGTACGTTCAGGTTAAGACCGGCGTGAGCCTGAATGATCTCTTCCAGACGGCCTTGTTCAGCGGCCAGCTTGTCAAAATCTGCATCCGGATCGGCGTACAGCGCATACACTTCATCCAGGCGTTTCAGGGCg < 2:41996/250‑1 (MQ=255) gTCTGGTTTTTCCAGCAGCAGGCGGCACAAC‑GCTACGCGACGACGCTCACCACCGGAGAGGTTAGCGATTTTCGCGTCCCAGTCCGGCAGACGTAGCGCATCCGCCGCACGCTCCAGCTGTACGTTCAGGTTATGACCGTCGTGAGCCTGAATGATCTCTTCCAGACGGCCTTGTTCAGCGGCCAGCTTGTCAAAATCGGCATCCGGATCGGCGTACAGCGCATACACTTCATCCAGGCGTTTCAGGGCGt > 1:409157/1‑251 (MQ=255) ggTTTTTCCTGCAGCGGGCGGCACAAC‑GCGACGCGCCGACTCTCCCCACCGGAGAGTTTAGCGATTTTCGCGTCCCAGTCCGGCAGACGAAGCGCATCCGCCGCACGCTCCAGCTGTACGTTCAGGTTATGACCGTCGTGAGCCTGAATGATCTCTTCCAGACGGCCTTGTTCAGCGGCCAGCTTGTCAAAATCGGCATCCGGATCGGCGTACAGCGCATACACTTCATCCAGGCGTTTCAGGGCGTTaa < 2:296444/250‑1 (MQ=255) ggTTTTCCCAGCAGCAGGCGGCACAAC‑GCTACTCGACGACGCTCACAACCGGAGAGGTTAGCGATTTTCGCGTCCCAGTCCGGCAGACGTAGCTCATCCGCCGCACTCTCCAGCTGTACGTTCAGGTTATGACCGTCGTGAGCCTGAATGATCTCTTCCAGACGGCCTTGTTCAGCGGCCAGCTTGTCAAAATCGGCATCCGGATCGGCGTACAGCGCATACACTTCATCCAGGCGTTTCAGGGCGTTAAc < 1:381376/251‑1 (MQ=255) cccgcagatggcggcACAAC‑GCTACGCGTCGACGCTCACCACCGGAGAGGTTAGCGATTGTCGCGTCCCAGTCCGGCAGACGTAGCGCATCCGCCGCACGCTCCAGCTGTACGTTCAGGTTATGACCGTCGTGAGCCTGAATGATCTCTTCCAGACGGCCTTGTTCAGCGGCCAGCTTGTCAAAATCGGCATCCGGATCGGCGTACAGCGCATACACTTCATCCAGGCGTTTCAGGGCGTTAACCACTTca < 2:478320/242‑2 (MQ=255) cagcagcagGCGGCACAAC‑TCTACGCGACGACGCTCACCACCGGAGAGGTTAGCGATTTTCGCGTCCCAGTCCGGCAGACGTAGCGCATCCGCCGCACGCTCCAGCTGTACGTTCAGGTTATGACCGTCGTGAGCCTGAATGATCTCTTCCAGACGGCCTTGTTCAGCGGCCAGCTTGTCAAAATCGGCATCCGGATCGGCGTACAGCGCATACACTTCATCCAGGCGTTTCAGGGCGTTAACCACTTcag < 1:416181/251‑3 (MQ=255) gcagGCGGCACAAC‑GCTACGCGACGACGTTCACCACCGGAGAGGTTAGCGATTTTCGCGTCCCAGTCCGGCAGACGTAGCGCATCCGCCGCACGCTCCAGCTGTACGTTCAGATTATGACCGTCGTGAGCCTGAATGATCTCTTCCAGACGGCCTTGTTCAGCGGCCAGCTTGTCAAAATCGGCATCCGGATCGGCGTACAGCGCATACACTTCATCCAGGCGTTTCAGGGCGTTAACCACTTCTGAAAcc < 1:112306/251‑1 (MQ=255) gcagGCGGCACAAC‑GCTACGCGACGACGCTCACCACCGGAGAGGTTAGCGATTTTCGCGTCCCAGTCCGGCAGACGTAGCGCATCCGCCGCACGCTCCAGCTGTACGTTCAGGTTATGACCGTCGTGAGCCTGAATGATCTCTTCCAGACGGCCTTGTTCAGCGGCCAGCTTGTCAAAATCGGCATCCGGATCGGCGTACAGCGCATACACTTCATCCCGGCGTTTCAGGGAGTTAACCACTTCAGAAAcc > 1:138832/1‑251 (MQ=255) cagGCGGCACAAC‑GCTACGCGACGACGCTCACCACCGGAGAGGTTAGCGATTTTCGCGTCCCAGACCGGCAGACGTAGCGCATCCGCCGCACGCTCCAGCTGTACGTTCAGGTTATGACCGTCGTGAGCCTGAATGATCTCTTCCAGACGGCCTTGTTCAGCGGCCAGCTTGTCAAAATCGGCATCCGGATCGGCGTACAGCGCATACACTTCATCCAGGCGTTTAAGGGCGTTACCCACTTcagcaac > 2:21304/1‑243 (MQ=255) ggcACAAC‑GCTACGCGACGACGCTCACCACCGGCGAGGTTAGCGATTTTCGCGTCCCAGTCCGGCAGACGTAGCGCATCCGCCGCACGCTCCAGCTGTACGTTCAGGTTATGACCGTCGTGAGCCTGAATGATCTCTTCCAGACGGCCTTGTTCAGCGGCCAGCTTGTCAAAATCGGCATCCGGATCGGCGTACAGCGCATACACTTCATCCAGGCGTTTCAGGGCGTTAACCACTTCAGAAACCGcttct > 1:194252/1‑251 (MQ=255) cacaAC‑GCTACGCGACCACGCTCCCCACCGGAGAGGTTAGCGATTTTCGCGTCCCAGTCCGGCAGACGTAGCGCATCCGCCGCACGCCCCAGCTGTACGTTCAGGTTATGACCGTCGTGAGCCTGAATGATCTCGTCCAGACGGCCTTGTTCAGCGGCCAGCTTGTCAAAATCGGCATCCGGATCGGCGTACAGCGCATACACTTCATCCAGGCGTTTCAGGGCGTTAACCACTTCAGAAACCGCttcttc < 2:223627/251‑1 (MQ=255) | CAGGAGGAGTAGTTACCTTCCCACGGAATACCTTCACCGCGGTCAAGTTCGAGGATCCAGCCTGCAACGTTATCGAGGAAGTAACGGTCGTGGGTAATCGCCACAACGGTGCCTTCGAAGTCGTGCAGGAAGCGTTCCAGCCAGGCCACGGATTCGGCATCCAGGTGGTTGGTCGGTTCGTCGAGCAGCAGCATGTCTGGTTTTTCCAGCAGCAGGCGGCACAAC‑GCTACGCGACGACGTTCACCACCGGAGAGGTTAGCGATTTTCGCGTCCCAGTCCGGCAGACGTAGCGCATCCGCCGCACGCTCCAGCTGTACGTTCAGATTATGACCGTCGTGAGCCTGAATGATCTCTTCCAGACGGCCTTGTTCAGCGGCCAGCTTGTCAAAATCGGCATCCGGATCGGCGTACAGCGCATACACTTCATCCAGGCGTTTCAGGGCGTTAACCACTTCTGAAACCGCTTCTTC > NC_000913/4629783‑4630252 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |