| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,626,042 | T→C | M44T (ATG→ACG) | radA → | DNA recombination protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,626,042 | 0 | T | C | 94.8% | 162.9 / ‑0.3 | 59 | M44T (ATG→ACG) | radA | DNA recombination protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base C (36/19); total (39/20) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.14e-01 | |||||||||||
ATCCGTCACGCTGACCTGATGGGGGTATTCTGCATCCTCTCAGGCAGCCTGAATCAGAAGTAATTGCTCGCCCGCCATCCTGCGGGCGGCACAGCATTAACGAGGTACACCGTGGCAAAAGCTCCAAAACGCGCCTTTGTTTGTAATGAATGCGGGGCCGATTATCCGCGCTGGCAGGGGCAGTGCAGTGCCTGTCATGCCTGGAACACCATCACCGAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCCAATGGTGGCGCGTAACGAGCGTCTCAGCGGCTATGCCGGTAGCGCCGGGGTGGCAAAAGTCCAGAAACTCTCCGATATCAGCCTTGAAGAGCTGCCGCGTTTTTCCACCGGATTTAAAGAGTTCGACCGCGTACTAGGCGGCGGCGTGGTGCCAGGAAGTGCCATTCTGATTGGCGGTAACCCTGGTGCGGGGAAATCCACGCTGCTACTGCAAACGCTGTGCAAACTGGCCCAGCAGATGAA > NC_000913/4625801‑4626282 | aTCCGTCACGCTGACCTGATGGGGGTATTCTGCATCCTCTCAGGCAGCCTGAATCAGAAGTAATTGCTCGCCCGCCATCCTGCGGGCGGCACAGCATTAACGAGGTACACCGTGGCAAAAGCTCCAAAACGCGCCTTTGTTTGTAATGAATGCGGGGCCGATTATCCGCGCTGGCAGGGGCAGTGCAGTGCCTGTCATGCCTGGAACACCATCACCGAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCCAACGGTGGcgcg > 2:128097/1‑251 (MQ=255) cACGCTGACCTGATGGGGGTATTCTGCATCCTCTCAGGCAGCCTGAATCAGAAGTAATTGCTCGCCCGCCATCCTGCGGGCGGCACAGCATTAACGAGGTACACCGTGGCAAAAGCTCCAAAACGCGCCTTTGTTTGTAATGAATGCGGGGCCGATTATCCGCGCTGGCAGGGGCAGTGCAGTGCCTGTCATGCCTGGAACACCATCACCGAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCCAACGGGGGCGCGTAACg > 2:386978/1‑250 (MQ=255) ctgctGGGGGGATTCTGCATCATCTCAGACAGCCTGCATCAGAAGTAATTGCTAACCCGCCATACTGCGGGCGGCACAGCATTAACGAGGTACACCGTGTCAGAAGCGCCAAACCGCGCCTTTGTTTGTAATGAATGCGGAGCCGAATATCCACGCTGCGAGGGGCCGTGCAATGCCTGACATGACTGGCATACAATCCCCGAGTGGCCACTTGTTGCGTAGCCAACGGTGGCGCGTAACAAGCGtctcc > 2:480184/5‑249 (MQ=255) aTGGGGGTATTCTGCATCCTCTCAGGCAGCCTGAATCAGAAGTAATTGCTCGCCCGCCATCCTGCGGGCGGCACAGCATTAACGAGGTACACCGTGGCAAAAGCTCCAAAACGCGCCTTTGTTTGTAATGAATGCGGGGCCGATTATCCGCGCTGGCAGGGGCAGTGCAGTGCCTGTCATGCCTGGAACACCATCACCGAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCCAACGGTGGCGCGTAACGAGCGTCTCAGCgg > 1:61006/1‑251 (MQ=255) ggggTATTCTGCATCCTCTCAGGCAGCCTGAATCAGAAGTAATTGCTCGCCCGCCATCCTGCGGGCGGCACAGCATTAACGAGGTACACCGTGGCAAAAGCTCCAAAACGCGCCTTTGTTTGTAATGAATGCGGGGCCGATTATCCGCGCTGGCAGGGGCAGTGCAGTGCCTGTCATGCCTGGAACACCATCACCGAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCCAACGGTGGCGCGTAACGAGCGTCTCAGCGGCTa < 1:491361/251‑1 (MQ=255) ggTATTCTGCATCCTCTCAGGCAGCCTGAATCAGAAGTAATTGCTCGCCCGCCATCCTGCGGGCGGCACAGCATTAACGAGGTACACCGTGGCAAAAGCTCCAAAACGCGCCTTTGTTTGTAATGAATGCGGGGCCGATTATCCGCGCTGGCAGGGGCAGTGCAGTGCCTGTCATGCCTGGAACACCATCACCGAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCCAACGGTGGCGCGTAACGAGCGTCTCAGCGGCTATg > 1:408585/1‑251 (MQ=255) tATTCTGCATCCTCTCAGGCAGCCTGAATCAGAAGTAATTGCTCGCCCGCCATCCTGCGGGCGGCACAGCATTAACGAGGTACACCGTGGCAAAAGCTCCAAAACGCGCCTTTGTTTGTAATGAATGCGGGGCCGATTATCCGCGCTGGCAGGGGCAGTGCAGTGCCTGTCATGCCTGGAACACCATCACCGAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCCAACGGTGGCGCGTAACGAGCGTCTCAGCGGCTATGcc > 1:224043/1‑251 (MQ=255) 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cATGCCTGGAACACCATCACCGAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCCAACGGTGGCGCGTAACGAGCGTCTCAGCGGCTATGCCGGTAGCGCCGGGGTGGCAAAAGTCCAGAAACTCTCCGATATCAGCCTTGAAGAGCTGCCGCGTTTTTCCACCGGATTTAAAGAGTTCGACCGCGTACTAGGCGGCGGCGTGGTGCCAGGAAGTGCCATTCTGATTGGCGGTAACCCTGGTGCGGGGAAATCCACgctgtt > 2:393101/1‑249 (MQ=255) ccATCCCCGAGTTGCGTCTTGCTGCGTCTCCAACGGTGGCGCTTACCGTGCGTCTCAGCGGCTATGCCGGTAGCGCCGGGGTGGCAAAAGTCCAGAAACGCTCCGAGATCCGCCGTGAAGAGCTGCCGCGTTTTTCCACCGGATTTAAAGAGTGCGACCGCGTACTAGGCGGCGGCGTGGTGCCAGGAAGTGCCATTCTGATTGGCGGTAACCCTGGTGCTGGGAAATCCACGCTGTTGCTGCCAACGCtg < 2:369179/251‑1 (MQ=255) ccGAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCCAACGGTGGCGCGTAACGAGCGTCTCAGCGGCTATGCCGGTAGCGCCGGGGTGGCAAAAGTCCAGAAACTCTCCGATATCAGCCTTGAAGAGCTGCCGCGTTTTTCCACCGGATTTAAAGAGTTCGACCGCGTACTAGGCGGCGGCGTGGTGCCAGGAAGTGCCATTCTGATTGGCGGTAACCCTGGTGCGGGGAAATCCACGCTGTTGCTGCAAACGCTGTGCaaa < 1:373779/251‑1 (MQ=255) tGCGTCTTGCTGCGTCGCCAACGGTCGCGCGTAACGAGCGTCTCAGCGGCTATGCCGGTAGCGCCGGGGTGGCAAAAGTCCAGAAACTCTCCGATATCAGCCTTGAAGAGCTGCCGCGTTTTTCCACCGGATTTAAAGAGTTCGACCGCGTACTAGGCGGCGGCGTGGTGCCAGGAAGTGcc > 1:141681/1‑182 (MQ=255) tgctgcGTCGCCAACGGTGGCGCGTAACGAGCGTCTCAGAGGCTATGCCGGTAGCGCCGGGGTGGCAAAAGTCCAGAAACTCTCCGATATCAGCCTTGAAGAGCTGCTGCGTTTTTCCACCGGATTTAAAGAGTTCGACCGCGTACTAGGCGGCGGCGTGGTGCCAGGAAGTGCCATTCTGATTGGCGGTAACCCTGGTGCGGGGAAATCCACGCTGTTGCTGCAAACGCTGTGCAAACTGGCCcagc > 1:414208/1‑248 (MQ=255) tgcGTCGCCAACGGTGGCGCGTAACGAGCGTCTCAGCGGCTATGCCGGTAGCGCCGGGGTGGCAAAAGTCCAGAAACTCTCCGATATCAGCCTTGAAGAGCTGCCGCGTTTTTCCACCGGATTTAAAGAGTTCGACCGCGTACTAGGCGGCGGCGTGGTGCCAGGAAGTGCCATTCTGATTGGCGGTAACCCTGGTGCGGGGAAATCCACGCTGTTGCTGCAAACGCTGTGCAAACTGGCCcagcagctg > 2:4909/1‑247 (MQ=255) gcGTCGCCAATGGTGGCGCGTAACGAGCGTCTCAGCAGCAATGCCGGTAGCGCCGGGGTGGCAAAAGTCCAGAAACTCTCCGATATCAGCCTTGAAGAGCTGCCGCGTTTTTCCACCGGATTTAAAGAGTTCGACCGCGTACTAGGCGGCGGCGTGGTGCCAGGAAGTGCCATTCTGATTGGCGGTAACCCTGGTGCGGGGAAATCCACGCTGCTACTGCAAACGCTGTGCAAACGGGCCCAGCAGATGa > 2:141425/1‑250 (MQ=255) gcGTCGCCAACGGTGGCGCGTAACGAGCGTCTCAGCGGCTTTGCCGGTAGCGCCGGGGTGGCAAAAGTCCAGAAACTCTCCGATATCAGCCTTGAAGAGCTTCCGCGTTTTTCCACCTTATTTAAAGATTTCGACCGCGTACTAGGCTGCGGCGTGGTGCCAGGAAGTGCCATTCTGATTGGCGGTAACCCTGGTGCGGGGAAATCCACGCTGTTGCTGCAAACGCTGTGCAAACTGGCCCAGCAGATGaa < 1:225868/251‑1 (MQ=255) gcGTCGCCAACGGTGGCGCGTAACGAGCGTCTCAGCGGCTATGCCGGTAGCGCCGGGGTGGCAAAAGTCCAGAAACTCTCCGATATCAGCCTTGAAGAGCTGCCGCGTTTTTCCACCGGATTTAAAGAGTTCGACCGCGTACTAGGCGGCGGCGTGGTGCCAGGAAGTGCCATTCTGATTGGCGGTAACCCTGGTGCGGGGAAATCCACGCTGTTGCTGCAAACGCTGTGCAAACTGGCCCAGCAGATGa < 1:8155/250‑1 (MQ=255) | ATCCGTCACGCTGACCTGATGGGGGTATTCTGCATCCTCTCAGGCAGCCTGAATCAGAAGTAATTGCTCGCCCGCCATCCTGCGGGCGGCACAGCATTAACGAGGTACACCGTGGCAAAAGCTCCAAAACGCGCCTTTGTTTGTAATGAATGCGGGGCCGATTATCCGCGCTGGCAGGGGCAGTGCAGTGCCTGTCATGCCTGGAACACCATCACCGAGGTGCGTCTTGCTGCGTCGCCAATGGTGGCGCGTAACGAGCGTCTCAGCGGCTATGCCGGTAGCGCCGGGGTGGCAAAAGTCCAGAAACTCTCCGATATCAGCCTTGAAGAGCTGCCGCGTTTTTCCACCGGATTTAAAGAGTTCGACCGCGTACTAGGCGGCGGCGTGGTGCCAGGAAGTGCCATTCTGATTGGCGGTAACCCTGGTGCGGGGAAATCCACGCTGCTACTGCAAACGCTGTGCAAACTGGCCCAGCAGATGAA > NC_000913/4625801‑4626282 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |