| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,624,355 | T→C | T145T (ACA→ACG) | ytjB ← | putative inner membrane protein Smp |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,624,355 | 0 | T | C | 98.2% | 145.2 / ‑4.6 | 55 | T145T (ACA→ACG) | ytjB | putative inner membrane protein Smp |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (32/22); total (32/23) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.40e-01 | |||||||||||
ACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCT‑TCCGGCACCGGTTTGCTGGC‑GGTTAACAGGAAGGGCGATTGCTGCCAGCGGGTGCGTTTACCCTGTAGCAGCGTGCGGGTCAGCACTACACCGATTGCCAGTGAGAGCAGCAACATCAGGCGTAAAATGTTAGTGGTGTTATCCACCTGTTGGGCTTCGGTGGCGAGCGTATGGGTGTCGAGTGTCAGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTACCCG‑CAATTGGCTCGACAATCTGCTGGTTAAAATAGCCGCCTGCTTTTTTACCGTCGAGCGCCAGCCGGTCGCGCACTTCGACGCTTTCGCCAGAACGTGCGATAAGATCGCCTTGTTCGTCATACACACCCGCGTCGAGGATACGGCTTTCATCCGTTAACTGATCGAGGATCGCCTGAATGCGTTTTTCATCCGGTGAGTCGGTA > NC_000913/4624114‑4624595 | aCATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCT‑TCCGGCACCGGTTTGCTGGC‑GGTTAACAGGAAGGGCGATTGCTGCCAGCGGGTACGTTTACCCTGTAGCAGCGTGCGGGGCAGCACTACGCCGATTGCCAGTGAAAGCAGCAACATCAGGCGGAAAATGTTTGTGGTGTTATCCACCTGTTGGGCTTCGGTGGCGAGAGTATGGGTGTCGAGCGTCAGgcgc > 1:24576/1‑251 (MQ=255) tGTAGGAATGTGTCACTCTTGTTTCCCGCTTTCTTCCGCG‑TCCGGCACCGGTTTGCTGGC‑GGTTAACAGGAAGGGCGATTGCTGCCAGCGGGTACGTTTACCCTGTAGCAGCGTGCGGGTCAGCACTACGCCGATTGCCAGTGAAAGCAGCAACATCAGGCGTAAAATGTTAGTGGTGTTATCCACCTGTTGGGCTTCGGTGGCGAGCGTATGGGTGTCGAGCGTCAGGCGCAGATAGCCGAGCGGTcc < 2:424871/249‑1 (MQ=255) tagtaATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCT‑TCCGGCACCGGTTTGCTGGC‑GGTTAACAGGGAGGGCGATTGCTGCCAGCGGGTACGTTTACCCTGTAGCAACGGGCGGGTCAGCACTACGCCGATTGCCAGTGAAAGCAGCAACATCAGGCGGAAAATGTTAGTGGTGTTATCCACCTGTTGGGCTTCGGTGGCGAGCGTATGGGGGTAGTGCGTCAGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGttt > 1:387897/1‑251 (MQ=255) agtaAGGGGTCACTCTTCTTACTCGCTCAATTCC‑CTGTCCGGCCCCGGTTTGCTGGC‑GGGTAACATGAAGGGCGATTGATGCCAGCGGGTACGTTTTCCCTGTAGCAGCGGGCGGGGCAGCACTACGCCGATTGCCAGTGAAAGCAGCAACATCAGGCGTAAAATGTTAGTGGTGTTATCCACCTGGTGGGCTTCGGTGGCGAGCGTATGGGTGTCGAGCGTCAGGCGCAGATAGCCGAGCGGCCCGttt < 2:208239/250‑1 (MQ=255) 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ACATAACGATTTCCTTTCTTGTAGTAATGGGTCACTCTTTTTTCTCGCTTTCTTCCTCT‑TCCGGCACCGGTTTGCTGGC‑GGTTAACAGGAAGGGCGATTGCTGCCAGCGGGTGCGTTTACCCTGTAGCAGCGTGCGGGTCAGCACTACACCGATTGCCAGTGAGAGCAGCAACATCAGGCGTAAAATGTTAGTGGTGTTATCCACCTGTTGGGCTTCGGTGGCGAGCGTATGGGTGTCGAGTGTCAGGCGCAGATAGCCGAGCGGTCCGTTTTTACCCG‑CAATTGGCTCGACAATCTGCTGGTTAAAATAGCCGCCTGCTTTTTTACCGTCGAGCGCCAGCCGGTCGCGCACTTCGACGCTTTCGCCAGAACGTGCGATAAGATCGCCTTGTTCGTCATACACACCCGCGTCGAGGATACGGCTTTCATCCGTTAACTGATCGAGGATCGCCTGAATGCGTTTTTCATCCGGTGAGTCGGTA > NC_000913/4624114‑4624595 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |