| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,553,609 | T→A | L237I (TTA→ATA) | uxuB → | D‑mannonate oxidoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,553,609 | 0 | T | A | 95.8% | 216.8 / NA | 74 | L237I (TTA→ATA) | uxuB | D‑mannonate oxidoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/2); major base A (39/29); minor base C (3/0); total (43/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GCCGAAGTCCGCGATTGGTTACATCGTCGAAGCGTTGCGTCTGCGTCGTGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTCCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTGGGATAAAGTGGGCGCACAGTTCGTTGCAGACGTTGTGCCGTTCGAAATGATGAAGCTGCGTATGCTGAACGGCAGCCACTCTTTTCTGGCGTACCTCGGTTACCTCGGCGGCTATGAAACCATTGCCGACACCGT > NC_000913/4553371‑4553853 | gcCGAAGTCCGCGATTGGTTACATCGTCGAAGCGTTGCGTCTGCGTCGGGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGAGCTGGCTCAGGAGCGTGACCCGCCGCTGGCGGCATGGATTGAAGAACATGTCACCTTCACGTGAACCCTGGTTAGCCGCATAGTTCCGGCGGCATAGCCAGCAACCCCACAGGAAAtgg > 2:264868/1‑249 (MQ=255) cGAAGTCCGCGATTGGTTACATCGTCGAAGCGGTGCGTCTGCGTCGTGAAAAAGGGTTGAAATCGTTTACGGGGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGGCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGTCCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCATACAGGAAATTGCt < 2:301320/251‑1 (MQ=255) cGAAGTCCGCGATTGGTTACAGCGTCGAAGCGTTTCGTCTGCGTCGTGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGGCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCATACAGGAAATTGCt < 1:355070/251‑1 (MQ=255) gcgATTGGTTACATCGTCGAAGCGTTGCGTCTGCGTCGTGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCATACAGGAAATTGCTGACCAGCt < 1:9966/251‑1 (MQ=255) tgTTACATCGTCGAAGCGTTGCGTCTGCGTCGTGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCATACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGgtg < 1:357400/249‑1 (MQ=255) ggTTACATCGTCGAAGCGTTGCGTCTGCGTCGTGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCATACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGgtgt < 1:44855/251‑1 (MQ=255) ggTTACATCGTCGAAGCGTTGCGTCTGCGTCGTGAAAAAGGGTTGAAAGCGTTTACGGTGATGTCCTGCGATAACGTGCGTGAAAACGGTCATGTGGCGAAGGTCGCGGTACTGGGGCTGGCTCAGGCGCGTGACCCGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCATACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGgtg < 1:245689/250‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |