| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,549,223 | T→G | V139G (GTG→GGG) | fimH → | type 1 fimbriae D‑mannose specific adhesin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,549,223 | 0 | T | G | 93.5% | 112.6 / ‑1.1 | 46 | V139G (GTG→GGG) | fimH | type 1 fimbriae D‑mannose specific adhesin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (2/1); new base G (16/27); total (18/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.84e-01 | |||||||||||
GTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCG‑TGGCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAA‑CTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGAT‑GTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACC‑GTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCTCTCCGGCAC > NC_000913/4548976‑4549469 | gtgtaTCTTTCTACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTATTGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCG‑TGGCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGGGGc < 1:97692/247‑1 (MQ=255)gTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTAGCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACAGCAACGAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAGCGGATAAGCCG‑TGGCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGGGGc < 1:502946/251‑1 (MQ=255) ggATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTACTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAACACGGATAAGCCG‑TGGCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGGGGCgg > 1:115314/1‑250 (MQ=255) gcGACGCAAATCTGTGGCCATATCGATTAGCCGGAAACCATTACAGACTATGTAACACTGCAACGAGGATCGGCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCG‑TGGCCGGTGGCGCTTTATTTTACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGGGGCGATTAAAg < 2:419954/249‑1 (MQ=255) gaaaaTCGTTTTCCCTAACGATTATCCTGAAACCATTACAGACTAGGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCGTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCG‑TGGCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGGGGCGATTAAAGCTGGCt < 2:322959/249‑1 (MQ=255) cAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCG‑TGGCCGGGGGCGCTTTTTTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGGGGCGATTAAAGCTGGCTc > 1:265457/1‑251 (MQ=255) tttGCCATAACTATTATCCGGAAACCATTACAGGCTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTATTGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTTCCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCG‑TGGCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGGGGCGATTAAAGCTGGCTCATTa < 1:85651/248‑1 (MQ=255) tttGCCATAACGATTATCCGGAAACCCTTCCAGCCTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCG‑TGGCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGGGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAAtt > 1:391785/1‑251 (MQ=255) ccATATCGATTATCCGGAAACCATGTCATACTATGTCACACTGCAGCGAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCAATCCATTTCCTGCCACCAGCGAAACGCCTCGCGTTGTTTATAATACGAGAACGGATAAGCCG‑TTTCCGGTGGCGCTTTAGTTGACGCCTTTGAGCAGTGCGGGCGGGGGGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCg < 1:473468/251‑1 (MQ=255) cGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCG‑TGGCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGGGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCg > 1:210117/1‑250 (MQ=255) aaCCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGTCTCGGCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCG‑TGGCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGGGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGa < 2:491116/251‑1 (MQ=255) aCCATTCCAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGGAGGTATCCATTTCATAACACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAACCGGTGGC‑GGTGGCGCCTTATTTTCCGCCTGAGAGCAGGAGGGGGGGGGGGGCGTTTAAAGCTGGATAATTTATTTCAGTGCTTATTTTgttacagg > 2:210822/1‑243 (MQ=255) tGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCCCCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCG‑TGGCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGGGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGGCCAACAA‑CTATAACAGCGATGCTTTACAGtttagttcggaa > 2:105519/1‑241 (MQ=255) 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cgtaaaagtaaGTGGCAGTTGCTTTCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGGTGTTTAGTATTCGAGAACGGATAAGCCG‑TGGCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTACGGGCGGGGGGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAA‑CTATAACAGCGATGATTTCCAGGTTGTGTGGAATATTTCCGCCAATAATGATGTGGTCGTGCCTa < 2:468149/241‑1 (MQ=255) cGTAACATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCG‑TGGCCGGTGGCGCTTTCTTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGGGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAA‑CTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTCAGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCt > 2:36644/1‑250 (MQ=255) ataGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCG‑TGGCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGGGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAAt < 2:16927/148‑1 (MQ=255) ataGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCG‑TGGCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGGGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAAt > 1:16927/1‑148 (MQ=255) 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ttgttTATAATTCGAGAACGGATAAGCCG‑TGGCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGGGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAA‑CTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGAT‑GTTACCGTTAATCTGCCGGACTACCCt > 1:348850/1‑251 (MQ=255) ataATTCGAGAACGGATAAGCCG‑TGGCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGGGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAA‑CTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGAT‑GTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTc < 1:86827/250‑1 (MQ=255) aaTTCGAGAACGGATAAGCCG‑TGGCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGGGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAA‑CTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGAT‑GTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGt < 1:207040/251‑1 (MQ=255) aaTTCGAGAACGGATAAGCCG‑GGGCCGGTGGCGCTTGATTTGGCGCCGGTGAGCAGTGCTGGCGGGGGGGCGATTAAAGCTGGTTCATTAATTGCCGTGCTTATTGTGCGACAGACCAACAA‑CTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGCGCCTACTGGCGGCTGCGAGGTTTCTGCTCGGGAT‑GTCACCGTTACTCTGCCGGACGGCCCTGGTTCAg < 2:168853/250‑1 (MQ=255) aTTCGAGAACGGATAAGCCG‑TGGCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGGGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAA‑CTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGAT‑GTCACCGTTACTCTTCCGGACTACCCTGGTTCAGTg > 1:341738/1‑251 (MQ=255) ggATAAGCCG‑TGGCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGAGCGGGCGGGGGGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGGGCTTATTTTGCGACAGAC‑AACAAACTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCCATAATGATGTGGTGGTTCCTCCTGGCGGCTGGGTTGTTTCTGCTCGTGATTGTCAC‑GTTACTTTACCCGAGTCCCCTGGTTCAggtgacatttccc > 2:375239/1‑239 (MQ=255) 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ccG‑TGGCCGGTGGCTCTTTATTTGACGACTGTGCGCAGTGCGTGCGGGGGGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAA‑CTATAACAGCGATGATTTCCAGGTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTTGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGAT‑GTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACC‑Gt < 2:426371/251‑1 (MQ=255) g‑TGGCCGGTGGCGCTGTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGTCGATTAAAGCTTGCGCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGCCCAACAA‑CTATAACAGCGAGGATGTCCAGTTTTTGTGGAATATTTACGTCAATAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGAT‑GTCACCGTTACTCTGCCGGACTTCCCTGGTTCAGTGCCAATTTCTCTTACC‑Gttt < 1:41067/251‑1 (MQ=255) ggTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAA‑CTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGAT‑GTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACC‑GTTTATtgtg > 1:232413/1‑251 (MQ=255) 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gcgggcggGGGGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAA‑CTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGAT‑GTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACC‑GTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCtctc < 1:248208/251‑1 (MQ=255) ggggggGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAA‑CTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGAT‑GGCACCGTTAATCTGGCGGAATACCCTGGGTCAGTGCCAATTCCTCTTAAC‑GTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGGATTAACTCTCCGGcac > 1:363811/1‑251 (MQ=255) | GTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTGTTATCTAATTTTTCCGGGACCGTAAAATATAGTGGCAGTAGCTATCCATTTCCTACCACCAGCGAAACGCCGCGCGTTGTTTATAATTCGAGAACGGATAAGCCG‑TGGCCGGTGGCGCTTTATTTGACGCCTGTGAGCAGTGCGGGCGGGGTGGCGATTAAAGCTGGCTCATTAATTGCCGTGCTTATTTTGCGACAGACCAACAA‑CTATAACAGCGATGATTTCCAGTTTGTGTGGAATATTTACGCCAATAATGATGTGGTGGTGCCTACTGGCGGCTGCGATGTTTCTGCTCGTGAT‑GTCACCGTTACTCTGCCGGACTACCCTGGTTCAGTGCCAATTCCTCTTACC‑GTTTATTGTGCGAAAAGCCAAAACCTGGGGTATTACCTCTCCGGCAC > NC_000913/4548976‑4549469 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |