| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,518,793 | C→T | R89R (CGC→CGT) | insA7 → | IS1 family repressor protein InsA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,518,793 | 0 | C | T | 98.6% | 211.2 / NA | 73 | R89R (CGC→CGT) | insA7 | IS1 family repressor protein InsA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (38/33); total (39/34) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.81e-01 | |||||||||||
GATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCCTTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCGGTGCTAAATCACGTCAGCGCTGGCTGTTTTACGCGTATGACAGGATACGGAGGAC‑GGTTGTGGCGCACGTCTTCGGTGAACGCACTCTGGCCACACTGGAGCGTCTTCTGAGCCTGCTGTCGGCCTTTGAGGTCGTGGTATAGATGACGGATGGCTGGCCGCTGTATG > NC_000913/4518546‑4519039 | gctGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCATTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGACCATGAATGGCGTCGGATTTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAACAAACTCAGGCCGTAGt > 2:487692/3‑251 (MQ=18) 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aCGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAACCTCAGGCCGTAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCGGTGCTAAATCACGTCAGCGCTGGCTGTTTTACGCGTATGACAGGATACGGAGGAC‑GGTTGTGGCGCAAGTCTTCGGTGAACGCACTCTGGCCACACTGGAGCGTCTTCTGAGCct > 1:376345/1‑251 (MQ=255) gCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTCCGGCCGTAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGAAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCGGGGCTAAATCACGTCAGCGCTGGCTGTTTTACGCGTATGACAGGATACGGAGGAC‑GGTTGGGGCGCACGTCTTCGGTGAACGCACTCTGGCCACAATGTGGCGTCTTCTGGGCCTGCTGTCGGCCt > 2:340989/1‑251 (MQ=21) cGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTCAGGCCGTAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCGGTGCTAAATCACGTCAGCGCTGGCTGTTTTACGCGTATGACAGGATACGGAGGAC‑GGTTGTGGCGCACGTCTTCGGTGAACGCACTCTGGCCACACTGGAGCGTCTTCTGAGCCTGCTGTCGGCCtt > 1:368003/1‑251 (MQ=255) 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acaaaaCTCAGGCAGTAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGAAGAGTTGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCGGTGCTAAATCACGTCAGCGCTGGCTGTTTTACGCGTATGACAGGATACGGAGGAC‑GGTTGTGGCGCACGTCTTCGGTGACCGCACTATGGCCACACTGGAGCGTCTTCTGAACCTGCTGTCGGCCTTTTAGGACGTGCTATGGATTGCGAAtggctg > 2:131512/3‑251 (MQ=18) aaaaCTCAGGCCGTAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCGGTGCTAAATCACGTCAGCGCTGGCTGTTTTACGCGTATGACAGGATACGGAGGAC‑GGTTGTGGCGCACGTCTTCGGTGAACGCACTCTGGCCACACTGGAGCGTCTTCTGAGCCTGCTGTCGGCCTTTGAGGTCGTGGTATAGATGACGGAtggctggc > 1:217101/1‑251 (MQ=255) gCCGTAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCGGTGCTAAATCACGTCAGCGCTGGCTGTTTTACGCGTATGACAGGATACGGAGGAC‑GGTTGTGGCGCACGTCTTCGGTGAACGCACTCTGGCCACACTGGAGCGTCTTCTGAGCCTGCTGTCGGCCTTTGAGGTCGTGGTATAGATGACGGATGGCTGGCCGCTGTATg < 1:149074/251‑1 (MQ=255) | GATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCCTTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCGGTGCTAAATCACGTCAGCGCTGGCTGTTTTACGCGTATGACAGGATACGGAGGAC‑GGTTGTGGCGCACGTCTTCGGTGAACGCACTCTGGCCACACTGGAGCGTCTTCTGAGCCTGCTGTCGGCCTTTGAGGTCGTGGTATAGATGACGGATGGCTGGCCGCTGTATG > NC_000913/4518546‑4519039 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |