| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,518,681 | A→C | K52T (AAG→ACG) | insA7 → | IS1 family repressor protein InsA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,518,681 | 0 | A | C | 98.4% | 183.0 / NA | 63 | K52T (AAG→ACG) | insA7 | IS1 family repressor protein InsA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); new base C (35/27); total (36/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.92e-01 | |||||||||||
TCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCCTTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCGGTGCTAAATCACGTCAGCGCTGGCTGTTTTACGCGTATGACAGGATACGG > NC_000913/4518443‑4518921 | tCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCATTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTACGCACCAGAAAAt > 1:337143/1‑251 (MQ=255) 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ctctCAGCCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTCAGGCCGTAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCGGTGCTAAATCACGTCAGCGCTGGCTGTTTTACGCGTATGACCGGAt > 2:453519/1‑251 (MQ=255) ctctCAGCCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTCAGGCCGTAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCGGTGCTAAATCACGTCAGCGCTGGCTGTTTTACGCGTATGACAGGAt > 2:192907/1‑251 (MQ=255) ctctCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATCTGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCGGTGCTAAATCTCGTCAGCGCTGGCTGTTTTTCGCGTATGACAGGAt > 2:69524/1‑251 (MQ=255) cAGCCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTCAGGCCGTAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCGGTGCTAAATCACGTCAGCGCTGGCTGTTTTACGCGTATGACAGGATACgg < 1:210797/251‑1 (MQ=255) cAGCCCGGTACGCACCAGAAAATCATTGATATGGACATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTCAGGCCGTAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCGGTGCTAAATCACGTCAGCGCTGGCTGTTTTACGCGTATGACAGGATa < 2:38325/248‑1 (MQ=255) | TCCTCACTGCCCTAAAGGATGGGGATTTCGGTAATGCTGCCAACTTACTGATTTAGTGTATGATGGTGATTTTAAGGTGCTTGCGTGGCTTCCATTTCCATCAGATGTCCTTCCTGCTCCGCTACTGAAGGCGTGGTGCGTAACGGCAAAAGCACTGCCGGACATCAGCGCTATCTCTGCTCTCCTTGCCGTAAAACATGGCAACTACAGTTCACTTACACCGCCTCTCAGCCCGGTAAGCACCAGAAAATCATTGATATGGCCATGAATGGCGTCGGATGTCGCGCCAGTGCACGCATTATGGGCGTTGGCCTCAACACGGTTTTACGTCACTTAAAAAACTCAGGCCGCAGTCGGTAACCTCGCGCATACAACCGGGCAGTGATGTGATTGTCTGCGCTGAAATGGACGAACAGTGGGGCTACGTCGGTGCTAAATCACGTCAGCGCTGGCTGTTTTACGCGTATGACAGGATACGG > NC_000913/4518443‑4518921 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |