| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,516,378 | G→A | N100N (AAC→AAT) | fecA ← | ferric citrate outer membrane transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,516,378 | 0 | G | A | 96.5% | 161.6 / ‑3.4 | 60 | N100N (AAC→AAT) | fecA | ferric citrate outer membrane transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base A (27/29); total (30/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.12e-01 | |||||||||||
GATGCCAAAGTTCATCGCCAGGTCGTGGCTGCCGGTGCCGTTGTTTTCCGGCGCGCTGACGCCAGGGATGCGGTTAAGTACCTCACGCATGGTGGTTGCGCCGGTTTTGGCGAAATCCTCACGGCGGATCACGTCACGCGCGCCAGCATGTTCAAATACGTCGTTTTCACGCGCATCACCCAGCCAGTCGCCGACCACGGTCAGGGCATCTTCTTTTGGTGCGGGCGCGGGCTCCAGCGTCCAGCTGTTATTTCCCAGCGGTTTTACCTGCAGTCCGCTGCCGTCCAGCAGTTGTTGCAGGCCGCTCTCGACGTCGTAATCGCCGTGCAGGCCGTTGCTCTGCTTGCCGCGCGTCAGGCTGGCGTCAACCGAGAGGGTAAATCCGCTGTGTGCGGCATACTGATTGAGCGCTTTATCGAGCGATCCCGGTGCGATATTAACCTGTGCAGCAAAAGCGGAAAACGAGAGACCGGCCAGCGGCAGCAGGCTC > NC_000913/4516132‑4516621 | gATGCCAAAGTTCAGGCCCAGGGCGTGGCTGCCGGTGCCGTTGTTGTCCGGCGCGCTGACGCCAGGGATGCGGTTAAGTACCTCACGCATGGTGGTTGCGCCGGTTTTGGCGAAATCCTCACGGCGGATCACGTCACGCGCGCCAGCATGTTCAAATACGTCGTTTTCACGCGCATCACCCAGCCAGTCGCCGACCACGGTCAGGGCATCTTCTTTTGGTGCGGGCGCGGGCTCCAGCGTCCAGCtattat < 2:516/251‑1 (MQ=255) ttCATCGCCAGGTCGTGGCTGCCGGTGCCGTTGTTTTCCGGCGCGCTGACGCCAGGGATGCGGTTAAGTACCTCACGCATGGTGGCTGCGCCGGTTTTGGCGAAATCCTCACGGCGGATAAAGTCACACGCGCCAGCCTGTTCAAATACGTCGTTTTCACGCGCATCACCCAGCCAGTCCCCGACCACGGTCGCGGCATCTTCTTTTGGTGCGGGCGCGGGCTCCAGCGTCCCGCTATTAGTTCCCAGctg > 1:235171/1‑249 (MQ=255) tCATCGCCAGGTCGTGGCTGCCGGTGCCGTTGTTTTCCGGCGCGCTGACGCCAGGGATGCGGATAAGCACCTCACGCATGGTGGTTGCGCCGGTTTTGGCGAAATCCTCACGGCGGCACCCGACACGCGCGCCAGCAAGTTCAAATACGTCGTTTTCACGCCCATTACCCCGCCAGTCGCCGACCACGGTCAGGGCATCTTCTTTTGGGGCAGGCGCCGGCTCCCGCGCCCAGCTATTTTTTCCCGGCGGt > 2:389443/1‑251 (MQ=255) ccagcgccggggcgcggCTGCCGGTGCCGTTGTTTTCCGGGGCGCTGACGCCAGGGATGCGGTTAAGGACCTCACGCATGGTGGTTGCGCCGGTTTTGGCGAAATCCTCACGGCGGATCACGTCACGCGCGCCAGCATGTTCAAATACGTCGTTTTCACGCGCATCTCCCAGCCAGTCGCCGACCACGGTCAGGGCATCTTCTTTTGGTGCGGGCGCTGGCGCCAGCGTCCAGCTATTATTTCCCAGCGGt < 2:289264/236‑1 (MQ=255) 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ggCATCTGCTTTTGGTGCGGGCTCGGGCTCCAGCGTCCAGCTATTATTTCCCAGCGGTTTTACCTGCAGTCCGCTGCCGTCCAGCAGTTGTTGCAGGCCGCTCTCGACGTCGTAATCGCCGTGCAGGCCGTTGCTCTGCTTGCCGCGCGTCAGGCTGGCGTCAACCGAGAGGGTAAATCCGCTGTGTGCGGCATACTGATTGAGCGCTTTATCGAGCGATCCCGGTGCGATATTAACCTGTGCAGCAAAAg < 2:120494/251‑1 (MQ=255) aTCTTCTTTTGGTGCGGGCGCGGGCTCCAGCGTCCAGCTATTATTTCCCAGCGGTTTTACCTGCAGTCCGCTGCCGTCCAGCAGTTGTTGCAGGCCGCTCTCGCCGTCGTAATCGCCGTGCAGGCCGTTGCTCTGCTTGCCGCGCGTCAGGCTGGCGTCAACCGCGAGGGTAAATCTGCTGTGTGCGGCATACTGGTTGGGCGCTTTATCGAGCGCTCCCGGTGCGATATTAAACTGTGCAGCAACAGCgg > 2:489930/1‑251 (MQ=255) gCGTCCAGCTATTATTTCCCAGCGGTTTTACCTGCAGTCCGCTGCCGTCCAGCAGTTGTTGCAGGCCGCTCTCGACGTCGTAATCGCCGTGCAGGCCGTTGCTCTGCTTGCCGCGCGTCAGGCTGGCGTCAACCGAGAGGGTAAATCCGCTGTGTGCGGCATACTGATTGAGCGCTTTATCGAGCGATCCCGGTGCGATATTAACCTGTGCAGCAAAAGCGGAAAACGAGAGACCGGCCAGCGGCAGCAgg < 1:201849/251‑1 (MQ=255) gTCCAGCTATTATTTCCCAGCGGTTTTACCTGCAGTCCGCTGCCGTCCAGCAGTTGTTGCAGGCCGCTCTCGACGTCGTAATCGCCGTGCAGGCCGTTGCTCTGCTTGCCGCGCGTCAGGCTGGCGTCAACCGAGAGGGTAAATCCGCTGTGTGCGGCATACTGATTGAGCGCTTTATCGAGCGATCCCGGTGCGATATTAACCTGTGCAGCAAAAGCGGAAAACGAGAGACCGGCCAGCGGCAGCAGGCt < 1:43914/251‑1 (MQ=255) gTCCAGCTATTATTTCCCAGCGGTTTTACCTGCAGTCCGCTGCCGTCCAGCAGTTGTTGCAGGCCGCTCTCGACGTCGTAATCGCCGTGCAGGCCGTTGCTCTGCTTGCCGCGCGTCAGGCTGGCGTCAACCGAGAGGGTAAATCCGCTGTGTGCGGCATACTGATTGAGCGCTTTATCGAGCGATCCCGGTGCGATATTAACCTGTGCAGCAAAAGCGGAAAACGAGAGACCGGCCAGCGGCAGCAGGCt > 1:8547/1‑251 (MQ=255) ccAGCTATTATTTCCCAGCGGTTTTACCTGCAGTCCGCTGCCGTCCAGCAGTTGTTGCAGGCCGCTCTCGACGTCGTAATCGCCGTGCAGGCCGTTGCTCTGCTTGCCGCGCGTCAGGCTGGCGTCAACCGAGAGGGTAAATCCGCTGTGTGCGGCATACTGATTGAGCGCTTTATCGAGCGATCCCGGTGCGATATTAACCTGTGCAGCAAAAGCGGAAAACGAGAGACCGGCCAGCGGCAGCAGGCt > 1:82729/1‑249 (MQ=255) ccAGCTATTATTTCCCAGCGGTTTTACCTGCAGTCCGCTGCCGTCCAGCAGTTGTTGCAGGCCGCTCTCGACGTCGTAATCGCCGTGCAGGCCGTTGCTCTGCTTGCCGCGCGTCAGGCTGGCGTCAACCGAGAGGGTAAATCCGCTGTGTGCGGCATACTGATTGAGCGCTTTATCGAGCGATCCCGGTGCGATATTAACCTGTGCAGCAAAAGCGGAAAACGAGAGACCGGCCAGCGGCAGCAGGCt < 2:82729/249‑1 (MQ=255) cAGCTGTTATTTCCCAGCGGTTTTACCTGCAGTCCGCTGCCGTCCAGCAGTTGTTGCAGGCCGCTCTCGACGTCGTAATCGCCGTGCAGGCCGTTGCTCTGCTTGCCGCGCGTCAGGCTGGCGTCAACCGAGAGGGTAAATCCGCTGTGTGCGGCATACTGATTGAGCGCTTTATCGAGCGATCCCGGTGCGATATTAACCTGTGTAGCAAAAGCGGAAAACGAGAGACCGGCCAGCGGCAGCAGGCTc > 1:109474/1‑249 (MQ=255) cAGCTATTATTTCCCAGCGGTTTTACCTGCCGTCCGCTGCCGTCCAGCAGTTGTTGCAGGCCGCTCTCGACGTCGTAATCGCCGTGCAGGCCGTTGCTCTGCTTGCCGCGCGTCAGGCTGGCGTCAACCGGGAGGGGAAATCCGCTGTGTGCGGCATACTGCTTGAGCGCTTTATCGCGCGATCCCGGTGCGATATTAACCTGTGCCGCAAAAGCGGAAAAAGAGCAACCGGCCAGCGGCAGCAGGccc > 2:81844/1‑247 (MQ=255) | GATGCCAAAGTTCATCGCCAGGTCGTGGCTGCCGGTGCCGTTGTTTTCCGGCGCGCTGACGCCAGGGATGCGGTTAAGTACCTCACGCATGGTGGTTGCGCCGGTTTTGGCGAAATCCTCACGGCGGATCACGTCACGCGCGCCAGCATGTTCAAATACGTCGTTTTCACGCGCATCACCCAGCCAGTCGCCGACCACGGTCAGGGCATCTTCTTTTGGTGCGGGCGCGGGCTCCAGCGTCCAGCTGTTATTTCCCAGCGGTTTTACCTGCAGTCCGCTGCCGTCCAGCAGTTGTTGCAGGCCGCTCTCGACGTCGTAATCGCCGTGCAGGCCGTTGCTCTGCTTGCCGCGCGTCAGGCTGGCGTCAACCGAGAGGGTAAATCCGCTGTGTGCGGCATACTGATTGAGCGCTTTATCGAGCGATCCCGGTGCGATATTAACCTGTGCAGCAAAAGCGGAAAACGAGAGACCGGCCAGCGGCAGCAGGCTC > NC_000913/4516132‑4516621 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 30 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |