| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,514,983 | A→C | V565V (GTT→GTG) | fecA ← | ferric citrate outer membrane transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,514,983 | 0 | A | C | 98.7% | 236.4 / NA | 74 | V565V (GTT→GTG) | fecA | ferric citrate outer membrane transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base C (34/39); minor base G (0/1); total (34/40) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
GTTCACATACGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCAACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCAACGCCGGAAGCGGTGCGTTAT‑AGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGAT > NC_000913/4514737‑4515216 | gTTCACATACGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGGCGTCGTAGCGGGTACCGAGCTCCCCGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACAt > 2:264814/1‑251 (MQ=255)gTTCACATACGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGCGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGTGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACAt < 1:55742/251‑1 (MQ=255) acaTACGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGcc < 1:369192/251‑1 (MQ=255) caTACGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCg < 1:100175/251‑1 (MQ=255) cGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGGGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCCGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTTCCGCttt > 2:443996/1‑251 (MQ=255) tAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCCGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGcac > 1:341243/1‑251 (MQ=255) tGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGAAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGACGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGCGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCTCGCCGTCGTCGCAGAGGGTACCGAGGTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCACGTTCCACAATGCCGCTTTgacccgac > 2:291175/1‑244 (MQ=255) gCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCtt < 1:310873/251‑1 (MQ=255) tGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGAGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGTGTTCCCAGGGTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAAtt > 2:156382/1‑250 (MQ=255) gAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCTGACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGGATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTGCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTg < 1:471141/251‑1 (MQ=255) gAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTAGCGCTTTTTCCGGTTCCCCATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTg > 2:330720/1‑251 (MQ=255) aaCGTTATCAAGCGTTTGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGc < 1:333406/251‑1 (MQ=255) gTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTTGctgt > 1:103113/1‑251 (MQ=255) 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tACCCAGATCGTCACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGTTTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGTTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTACCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCt > 2:369420/1‑251 (MQ=255) ccccAGACCGTAACGTGCCTGGGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCTCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTTGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCtt < 2:367400/250‑1 (MQ=255) cAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGGGCCTTc > 2:65523/1‑249 (MQ=255) cAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTAGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAg < 1:322360/251‑1 (MQ=255) aGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTccgt > 2:255007/1‑248 (MQ=255) gATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGGACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCCGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCAAATTGCCGCTTTGCACAGCCATGCCCAACTGGCTGTCATGTACGTAGCCTAACGCGCCTTCAggg > 2:374674/1‑249 (MQ=255) 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aTTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCACCGCCGGAAGCGGTGAGTTAT‑AGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGGTCTGGAATGACTc > 1:229035/1‑251 (MQ=255) tttCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCAACGCCGGAAGCGGTGCGTTAT‑AGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCg > 2:189575/1‑251 (MQ=255) ccgccgTCCGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGGTCCCAGGTTCTCGCTTTTTCCGGTTCCCCATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCGGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCAACGCCGGAAGCGGTGCGTTAT‑AGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGata < 1:374674/251‑1 (MQ=255) cgccgTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGAGTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCAACGCCGGAAGCGGTGCGTTAT‑AGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGatat < 1:474407/251‑1 (MQ=255) gTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTg > 1:179589/1‑147 (MQ=255) gTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTg < 2:179589/147‑1 (MQ=255) cgcgccgggtgcgtAGCGGGTACCGAGTTCCCCGGTTCGCTCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTCTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCAACGCCGGAAGCGTTGCGTTAT‑AGCTCACTTCTGCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAAc < 2:206186/240‑1 (MQ=255) 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aGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCAACGCCGGAAGCGGTGCGTTAT‑AGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGtt < 1:369420/251‑1 (MQ=255) tCCCAGGGTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGTCTGTACTGCACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAACGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCCCGTTCAACGCCGGAAGCGGTGCGTTAT‑AGCTCCCTTCTTCGTGCGTGCCTGTGTTGGCGTTGTTCTGGTATGTCTCATTATGTGCGACACGCATACCCGGCGAGATAGTGCAGTTGcc > 2:40258/1‑251 (MQ=255) cccAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCCACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCAACGCCGGAAGCGGTGCGTTAT‑AGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTAGGACGCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCg < 1:425913/251‑1 (MQ=255) 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GTTCACATACGCATAGCTGGCGTAGATGGAAACGTTATCAAGCGTTGGCGTTAGCGTACCCAGATCGTAACGTGCCTGCGTTTCCAGCCCGGTATGGCGCGTTTTGCCACGTGCAGTGACGGTGTCGTTGGTCTGGTTGGAGTCGTACTGATTGTTAAAGTTAATCAGGAACAGCCCCATTTCCGCCGTCAGCGCGCCGTCGTCGTAGCGGGTACCGAGTTCCCAGGTTCGCGCTTTTTCCGGTTCAACATTGCCGCTTTGCACAGCCTTGCCAATCTGGCTGTACTGTACGGTGCCGAACGAGCCTTCAGTGTTTGCATAAAGATTCCAGCTGTCAGTCAGGTGATAGAGCACGTTCAACGCCGGAAGCGGTGCGTTAT‑AGCTCACTTCTTCGTGCGTGCCTGTGATGGCGTTGTTCTGGTATGACTCGATATGTTCGAAACGCATACCCGGCGTGATGGTCCAGTTGCCGATGTCGAT > NC_000913/4514737‑4515216 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |