| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,513,044 | T→C | S122S (TCA→TCG) | fecC ← | ferric citrate ABC transporter membrane subunit FecC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,513,044 | 0 | T | C | 98.8% | 262.5 / ‑4.5 | 83 | S122S (TCA→TCG) | fecC | ferric citrate ABC transporter membrane subunit FecC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/1); new base C (35/46); total (36/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.28e-01 | |||||||||||
CCACCGGCAAGAGCTGCCAGACATCCTGCCAGCGGGCGTGGGACACTCCGCCTGCCAGCCAGTAAAAGATGCCGTAAGCATGATCTTCGGCCAGCAGCAGGGTGATGCGGGTAAGGCCCATACAAAAGGCCGACAGCGCGATACCCGCGAGGATCAGTTTGTTTCTGTCATGGGTATGACGAAATCCGCCTCCTGCGGTCATGACCAGCAGCCAGCTCACGCCGCCCCCGCATGCCGCGATGAATGACAGAGAATAGCCTGCAATCGGCGTCGGACTCAGCGCGCTGGTAAGCGCCATAGCCAGCGCCGCGCCGCTGTTAATGCCGAGCAGTGAAGGAGAGGCCATTGGGTTGTGGGTCAGGGTTTGCAGCAGCGTGCCCGCGAGCGCCAGGCTTGCGCCGATCAGAACGGCGACCAGGCTTCGTGGCAAACGAAGGTTTTGCACCAGCGCTTCTGGTAGCGTTGGCGTGTGTCCAGGCAGCAGGGCG > NC_000913/4512800‑4513287 | cccccGGCAAGAGCGGCCAGACATCCTGCCAGCGGGGGGGGGCCACCCCGCCTTCCAGCCAGTAAAAGATGCCGTAAGCATGATCTTCGGCCAGCAGCATGGTGATGCGGGTAAGGCCCATACAAAAGGCCGACAGCGCGATACCCGCGAGGATCAGTTTGTTTCTGTCATGGGTATGACGAAATCCGCCTCCTGCGGTCATGACCAGCAGCCAGCTCACGCCGCCCCCGCATGCCGCGATGAACGACaga < 2:181373/248‑1 (MQ=255) cccGGCAAGAGCTGCCAGACATCCTGCCAGCGGGCGTGGGACACTCCGCCTGCCAGCCAGTAAAAGATGCCGTAAGCATGATCTTCGGCCAGCAGCAGGGTGATGCGGGTAAGGCCCATACAAAAGGCCGACAGCGCGATACCCGCGAGGATCAGTTTGTTTCTGTCATGGGTATGACGAAATCCGCCTCCTGCGGTCATGACCAGCAGCCAGCTCACGCCGCCCCCGCATGCCGCGATGAACGACAgaga < 1:370400/250‑1 (MQ=255) cGGCAAGAGCTGCCAGACATCCTGCCAGCGGGCGTGGGACACTCCGCCTGCCAGCCAGTAAAAGATGCCGTAAGCATGATCTTCGGCCAGCAGCAGGGTGATGCGGGTAAGGCCCATACAAAAGGCCGACAGCGCGATACCCGCGAGGCTCAGTTTGTTTCTGTCATGGGTATGACGAAATCCGCCTCCTGCGGTCATGACCAGCAGCCAGCTCCCGCCGCCCCCGCATGCCGCGATGAACGACAGAGAAt > 2:375134/1‑251 (MQ=255) gCAAGAGCTGCCAGACATCCTGCAAGCGGGCGTGGGACACACCGCATGCCAGCCAGTAAAAGATGACGTAAGCATGATCTTCGGCCAGCAGCAGGGTGATGCGGGGAAGGCACATACAAAAGGCCGACAGGGAGATACCCGCGAGGATCAGTTGGTTTCTGTCATGGGTATGACGAAAGACGCCACCAGCGGTCATGAACAGCAGCCAGTGCAAGCCGCCCCCGCATGCCGCGATGAACAACAGAGAAt > 2:467065/1‑249 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |