| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,448,304 | C→T | intergenic (+69/‑143) | ytfP → / → chpS | gamma‑glutamylamine cyclotransferase family protein YtfP/ChpS antitoxin of the ChpB‑ChpS toxin‑antitoxin system |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,448,304 | 0 | C | T | 96.3% | 74.4 / NA | 27 | intergenic (+69/‑143) | ytfP/chpS | gamma‑glutamylamine cyclotransferase family protein YtfP/ChpS antitoxin of the ChpB‑ChpS toxin‑antitoxin system |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (15/11); minor base G (0/1); total (15/12) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATTGACAACGCCACGCTGGCCGAACTTGATGCCTTGCGCACCAGGGGCGGTGAATACGCGCGCCAGTTGATTCAGACGCCGTACGGGAGTGCATGGATGTACGTTTATCAACGACCCGTCGATGGATTAAAGCTAATTGAAAGCGGCGACTGGTTAGACAGGGATAAGTAACCATATGCATACGCCACCTTCGGGTGGCGTTGTTTTTTGCGAGACGACTCGCATTCTGTTTTGTAATTCCCTCACCTTTTGCTTTTCTCTCCGAGCCGCTTTCCATATCTATTAACGCATAAAAAACTCTGCTGGCATTCACAAATGCGCAGGGGTAAAACGTTTCCTGTAGCACCGTGAGTTATACTTTGTATAACTTAAGGAGGTGCAGATGCGTATTACCATAAAAAGATGGGGGAACAGTGCAGGTATGGTCATTCCCAATATCGTAATGAAAGAACTTAACTTACAGCCGGGGCAGAGCGTGGAGG > NC_000913/4448065‑4448546 | aTTGACAACGCCACGCTGGCCGAACTTGATGCCTTGCGCACCAGGGGCGGTGAATACGCGCGCCAGTTGATTCAGACGCCGTACGGGAGTGCATGGATGTACGTTTATCAACGACCCGTCGATGGATTAAAGCTAATTGAAAGCGGCGACTGGTTAGACAGGGATAAGTAACCATATGCATACGCCACCTTCGGGTGGCGTTGTTTTTTGCGAGACGACTCGCATTCTGTTTTGTAATTTCCTCACCttt < 2:495448/250‑1 (MQ=255) 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ATTGACAACGCCACGCTGGCCGAACTTGATGCCTTGCGCACCAGGGGCGGTGAATACGCGCGCCAGTTGATTCAGACGCCGTACGGGAGTGCATGGATGTACGTTTATCAACGACCCGTCGATGGATTAAAGCTAATTGAAAGCGGCGACTGGTTAGACAGGGATAAGTAACCATATGCATACGCCACCTTCGGGTGGCGTTGTTTTTTGCGAGACGACTCGCATTCTGTTTTGTAATTCCCTCACCTTTTGCTTTTCTCTCCGAGCCGCTTTCCATATCTATTAACGCATAAAAAACTCTGCTGGCATTCACAAATGCGCAGGGGTAAAACGTTTCCTGTAGCACCGTGAGTTATACTTTGTATAACTTAAGGAGGTGCAGATGCGTATTACCATAAAAAGATGGGGGAACAGTGCAGGTATGGTCATTCCCAATATCGTAATGAAAGAACTTAACTTACAGCCGGGGCAGAGCGTGGAGG > NC_000913/4448065‑4448546 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 29 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |