| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,320,543 | G→A | L41F (CTT→TTT) | phnI ← | carbon‑phosphorus lyase core complex subunit PhnI |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,320,543 | 0 | G | A | 96.4% | 241.3 / ‑0.1 | 85 | L41F (CTT→TTT) | phnI | carbon‑phosphorus lyase core complex subunit PhnI |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/1); new base A (47/34); total (50/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.62e-01 | |||||||||||
AGGTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGGCGG‑AGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAGCTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTATCGCCTCGGCGTCGGCTCTCTTGCAGGGCGTGGGCGGCGTCGATCGCCTTCTCGCCCCCTTTCACGGCAACGTACATCAGCACACCTCCACATGAGTGGTTCGCGGAATAGCCAGCAGGCGCTCGCCACAGGTCAGGATCAGGTCGATGCCGAGCGGGAACGGATGCGGGCGCTCGGTGAGTTCGTGCAGAATGCACTCCGGC > NC_000913/4320300‑4320789 | aGGTTGGGCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGACGG‑AGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAActgctg < 1:113479/250‑1 (MQ=255) tGGGCCAAGCATCGGGCCGCCGGGAAGTTATTTATAAACGACGG‑AGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGGCGAGCGGCTCGCTTACCGCTAGCTTCTCCAACGTGATGCGGTAGGCGTGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCTTCACGCGCGCTACCGCGAGGTTAAACTTCTGTTCa < 1:366598/250‑1 (MQ=255) gggCCAAGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGACGG‑AGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAAt > 1:35867/1‑251 (MQ=255) aaGCAGCTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGCCGG‑AGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTggg > 1:392160/1‑251 (MQ=255) agcagcTGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGACGG‑AGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGGCATCTACCGCGGGGTTAAACAGCTGTTCAATCTgggg > 2:386036/1‑250 (MQ=255) tGGCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGACGG‑AGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCt > 1:343039/1‑251 (MQ=255) ggCCGCCGGGAATGTCTTTATAAACGACGG‑AGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTc > 1:302226/1‑251 (MQ=255) gccgccGGGAATGTCTTTATAAACGACGG‑AGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCCGGCCTGTTTCAGCGACAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCCAGGTTAATCTGCTGTTCAACCTGGGCGACGccc > 2:42310/1‑248 (MQ=255) cgccgGGAATGTCTTTATAAACGACGG‑AGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCCGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCCCGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGt > 2:194211/1‑251 (MQ=255) ccgGGAATGTCTTTATAAACG‑CGGTGGGTACGGCGTCCGTGCCGCATCCCGGTGGTTGCGAGCGGCTCGCTTCCCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGCGGTAGGCGCGAAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCGGGCCTGTTTCAGCGCAAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTc < 2:501682/251‑1 (MQ=255) ggAATGCCTTTATAAACGACGG‑AGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCACGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCggg < 1:194920/251‑1 (MQ=255) tcttttATAACCGACGG‑ACATACGGCTTCCGAGACGCATCCCGGTGGTGCCGAGCGGCGCGCCTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCaaa < 2:50629/247‑1 (MQ=255) tttATAAACGACGG‑AGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCaaa > 1:50629/1‑247 (MQ=255) ttATAAACGGCGG‑AGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGGTGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCGCGCGATCTACCGCGAGGTTAAGCTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGt > 1:190061/1‑251 (MQ=255) cgacgg‑AGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTATCGCCt > 1:369583/4‑251 (MQ=255) cgacgg‑AGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCAAGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGtt > 1:347868/4‑210 (MQ=255) cgacgg‑AGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGACAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACAGAGAGGGTAAACTGATGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGACAATCGGTATCGCCt > 1:108009/4‑251 (MQ=255) gcgg‑GGATACGGCGTGCGGGACGCACCCCGGGGGTGTCGAGCGCCCCGCTACCCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCGGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTATCGCCTCg < 2:429627/251‑1 (MQ=255) ggg‑AGATACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCCCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTATCGCCTCgg < 1:378936/250‑1 (MQ=255) gacaTACGGCGTTCAGGCCGCATCCGGGGGGTGGCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTATCGCCTCGGCg < 1:125948/248‑1 (MQ=255) agaTACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGCGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAAAGTGATGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAACTCGGTAACGCCTCGGCGt > 1:216652/1‑251 (MQ=255) agaTACGGCGTTCGAGACGCATCCCGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCACCGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGGCCTCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTATCGCCTCGGCGt > 2:286941/1‑251 (MQ=255) 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cccGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTATCGCCTCGGCGTCGGCTCTCTTGCAGGGCGTggg > 1:121354/1‑251 (MQ=255) cGGTGGTGTCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGTATCGCCTCGGCGTCGGCTCTCTTGCAGGGCGTGggcg > 1:51549/1‑251 (MQ=255) tgtCGAGCGGCTCGCTTACCGCCAGCTTCGCCAACGTGATGCGGTAGGCGCGCAGCAGGAAAATCGCTTCAACGTTATCGCCGCTGGCCTGTTTCAGCGCCAGCGCCGCCAGTTCGCGGTCGGCAATGCCGCCTTCGGTCATCACGCGATCTACCGCGAGGTTAAACTGCTGTTCAATCTGGGCGACGCTCAGTTCGGGCAAATCGGAATCGCCCCGGCGTCGGACCTCTTGCAGGGCGTGGGCGGCGTCg > 2:154006/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 31 ≤ ATCG/ATCG < 38 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |